Development of diagnostic platforms for single nucleotide polymorphism detection
Tek nükleotit polimorfizmi tespitine yönelik tanı platformlarının geliştirilmesi
- Tez No: 383252
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 202
Özet
Bu çalışmada, tek nükleotit farklılıklarını ayırt etme yeterliliğinin geliştirilmesi amacıyla kullanılan farklı tipteki basit ve uygun maliyetli yaklaşım ve platformlar ile farklı malzeme ve ortamların sisteme uygulanabilirlik araştırmalarının sonuçları sunulmaktadır. Dizi platformlarında destek yüzey olarak, hem amaca özel olarak epoksi ve amin kombinasyonu ile fonksiyonelleştirilen hem de ticari olarak satılan poli-L-lizin ile kaplanan malzemeler kullanıldı. Yüzey-oligonükleotit dizisi (prob) etkileşimleri ve yüzeye bağlanma etkinlikleri araştırıldı ve polietilenglikol aralayıcı ile modifiye edilen yüzey oligonükleotit dizilerinin (yüzey probları) heterobifonksiyonel çapraz bağlayıcı aracılığıyla gerçekleştirilen yüzeye tutunma çalışmalarından olumlu sonuçlar alındı. Ayrıca tek nükleotit polimorfizmlerini oligonükleotit ligasyon reaksiyonu aracılığıyla tespit edebilen, kısmi çözelti tabanlı bir yaklaşım geliştirmek için kapiler cam tüpler de kullanıldı. Oluşturulan sistem, işaretlenmemiş hedef oligonükleotitler kullanarak yanlış eşleşmeleri tek nükleotit seviyesinde ayırt edebilmiştir. Tek nükleotit polimorfizmi tespiti için yeni bir platform geliştirmek amacıyla ayrıca mezoporlu yapıda silika nanoparçacıklar ve nitroselüloz membran yapıları kullanıldı. Silika nanoparçacıkların porlarının içindeki kromojen moleküllerin kontrollü salınımı, özgün tamamlayıcı dizilerin hibridizasyonu ile ilişkili olarak gerçekleştirildi. İşaretlenmemiş hedef oligonükleotit dizilerinin sandviç hibridizasyon formatında kullanımı çalışma boyunca farklı tipteki tespit sinyal oligonükleotit dizilerinin (sinyal probları) kullanımına imkân vermiştir. 3' ucu 6-karboksifloresan veya biyotin ile işaretlenen sinyal dizileri, deneysel sonuçların basit UV ışıklandırma kullanılarak ya da renk oluşumunu izleyerek görüntülenmesinde başarılı şekilde kullanıldı. Platformun çıplak gözle izlenebilme özelliği, sistemi hasta-başı tespit amaçlı çalışmalar için ideal bir aday haline getirmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, we report the results of different simple and cost effective approaches and platforms which were used to improve single nucleotide mismatch discrimination ability and investigation of the applicability of various materials and environments for the system. As the solid support of the array platform both customly functionalized epoxy and amine combination and commercially purchased poly-L-lysine modified materials were used. Surface-probe interactions and immobilization efficiencies were investigated and affirmative results are gained with heterobifunctional cross linker mediated immobilization of polyethyleneglycol spacer functionalized surface probes. Glass capillary tubes were also used to develop a partially solution based approach that can detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) through the Oligonucleotide Ligation Reaction. The established sytem was capable of discriminating mistmatches at single nucleotide level by using unlabeled targets. Mesoporous silica nanoparticles and nitrocellulose membrane strips were also used to develop a novel platform for SNP detection. Controlled release of chromogen molecules inside the pores of the silica nanoparticles were achieved related with the specific complementary probe hybridization events. Use of unmodified target sequences in sandwich hybridization format permitted the usage of different detection signal probes throughout the study. Signal probes modified with 6-carboxyfluorescein or biotin at 3' ends were successfully used to visualize the experimental results by using simple UV illumination and of color formation. This enables the platform to be followed by unaided eyes which makes it an ideal candidate for point of care detection purposes.
Benzer Tezler
- Development of microRNA-based lab-on-a-chip biosensor platforms with direct electrical readout for screening of colorectal cancer biomarkers
Kolorektal kanser biyobelirteçlerinin taraması için doğrudan elektriksel okuma özellikli mikroRNA tabanlı çip-üstü-laboratuvar biyosensör platformlarının geliştirilmesi
OSMAN ŞAHİN
Doktora
İngilizce
2024
BiyoteknolojiSabancı ÜniversitesiElektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT KAYA YAPICI
- Development of viscoelastic particle migration for microfluidic flow cytometry applications
Mikroakışkan akış sitometrisi uygulamarında viskoelastik parçacık hizalama tekniğinin geliştirilmesi
MURAT SERHATLIOĞLU
Doktora
İngilizce
2020
Biyofizikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇAĞLAR ELBÜKEN
- DNA functionalized nanoparticles in nanobiosensor and sensor array development for molecular diagnostics and in vitro identification of biomolecules
Başlık çevirisi yok
MUSTAFA SALİH HIZIR
Doktora
İngilizce
2018
BiyolojiUniversity at Albany, State University of New YorkProf. Dr. MEHMET YİĞİT
- MEMS sensor platform for vital monitoring under mri and intraocular pressure measurement
Yaşamsal işaretlerin ve göz içi basıncın ölçülmesine yönelik MEMS basınç ölçer platformunun geliştirilmesi
PARVIZ ZOLFAGHARI
Doktora
İngilizce
2023
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ONUR FERHANOĞLU
- Mission critical safe and reliable controller design with consideration human and occupational safety and health
Görev kritik emniyetli ve güvenilir kontrolör tasarımı ve iş sağlığı ve güvenliğinin de göz önünde bulundurulması
ERSİN HASAN DOĞRUGÜVEN
Doktora
İngilizce
2018
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiYıldız Teknik ÜniversitesiKontrol ve Otomasyon Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İLKER ÜSTOĞLU