Determination of the effect of polyadenylation SLR values on microarray data classification
Mikroçip verisinin sınıflandırılması üzerinde çoklu adenin olayı SLR değerlerinin etkisinin tespit edilmesi
- Tez No: 385051
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: mikrodizi, gen ifade değeri, alternatif çoklu adenin olayı, sınıflandırma, destek vektör makinesi, karar ağacı, rastgele orman, tümör, metastaz, microarray, gene expression data, alternative polyadenylation, classification, support vector machines, decision tree, random forest, tumor, metastasis
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
Mikroçip veri sınıflandırılması genel olarak, gen ifade değerlerini içeren önceden işlenmiş ve kategorize edilmiş mikroçip verisinin kullanılmasıyla oluşturulan modellerin yardımı ile bilinmeyen örnek sonuçlarının tahmin edilmesinde kullanılmaktadır. Mikroçip deneylerinin hazırlanışı, Affymetrix çiplerinin tasarımı ve önceki mikroçip deneylerinin kullanılabilirliği, alternatif çoklu adenin olaylarının (APA) tahmin edilmesinde kullanılan yeni bir çeşit veri olan yakın ve uzak ölçüm uçlarının diferansiyel ifadelerinin (Kısadan Uzuna Oran -SLR- değerlerinin) çıkarımı fırsatını sunmaktadır. Bu tezde, gen ifade değerlerini bu SLR değerleri ile birleştirmeyi ve ardından bu birleştirme işlemi sonrası mikroçip veri sınıflandırılmasının nasıl etkilendiğini belirlemeyi amaç edindik. APA olaylarının tahmin edilmesi esnasında uygulanan filtreleme operasyonları sebebiyle, bir mikroçip örneği üzerinde bulunan bütün ölçüm uçları için SLR değerleri mevcut değildir. Bu eksik değerler, sadece verilerin birleştirilmesinde değil sınıflandırma tekniklerinin uygulanması esnasında da dışarıda tutulmamaktadır. Destek Vektör Makinesi (SVM), Karar Ağacı (J48) ve Rastgele Orman olmak üzere üç tip sınıflandırma tekniği, birincil meme tümörü mikroçip verisine gene ifade değerleri ile SLR değerlerinin birleştirilmesi öncesi ve sonrası uygulandı ve metastazların sınıflandırma doğrulukları bulundu. Sonuçlar gösteriyor ki; APA olayları gen ifade sınıflandırılması üzerinde yadsınamaz bir etkiye sahiptir ve bu etki çoğunlukla doğrulukların gelişmeleri yönündedir.
Özet (Çeviri)
Microarray data classification is generally used to predict unknown sample outcomes by the help of models created using the preprocessed and categorized microarray data that includes gene expression values. Preparation of microarray experiments, design of Affymetrix chips and availability of previous microarray experiments give the opportunity to extract a new kind of data; differential expressions of proximal and distal probes (Short to Long Ratio -SLR- values), which is used to predict the alternative polyadenylation (APA) events. In this thesis, we aim to integrate gene expression data and these SLR values and then determine how the microarray data classification is affected after this integration process. Because of the filtering operations applied while predicting the APA events, SLR values are not available for all the probe sets on a microarray sample. These missing values are not left out not only while integrating the data, but also while applying the classification techniques. Three types of classification techniques, Support Vector Machines (SVM), Decision Tree (J48) and Random Forest are applied to primary breast tumor microarray data before and after integration of gene expression values with SLR values and the classification accuracies of metastasis are found out. The results show that; APA events have incontrovertible impact on gene expression classifications and mostly towards improvement of accuracies.
Benzer Tezler
- Çiftlik gübresi ve yeşil gübre kullanımının taze ve kuru börülce yetiştiriciliğinde verim ve kalite üzerine etkilerinin belirlenmesi
Determination of the effect of farm and green manure utilizationon yield and quality in green and dry cowpea production
DİDEM TOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
ZiraatSüleyman Demirel ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSNÜ ÜNLÜ
- Solunum yolu semptomları gösteren danalarda umckaloabo/EPS®7630 sıvı ekstratının tedavi amaçlı kullanımı sonrası etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of the umckaloabo/EPS®7630 liquid extract after therapeutic use in calves with showing respiratory symptoms
AHMET AK
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Eczacılık ve FarmakolojiMehmet Akif Ersoy ÜniversitesiViroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET KALE
- Gökkuşağı alabalığı (oncorhynchus mykiss)'nın sperm kriyoprezervasyonunda (dondurulması) antioksıdanların kullanılması
Determination of the effect of antioxidants on the quality of cryopreserved semen in rainbow trout (oncorhynchus mykiss)
FİLİZ KUTLUYER
- Çiçek ballarının fenolik bileşikleri ve antioksidan kapasiteleri üzerine farklı ısıl işlemlerin etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of different heat treatments on phenolic compounds and antioxidant capacity of flower honeys
BURCU AYDOĞAN COŞKUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Gıda MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HACER ÇOKLAR
- Maternal diyetle alınan yüksek fruktozlu mısır şurubunun insulin ve bazı lipid parametreleri açısından anne ve yavru ratlar üzerine olası etkileri
Determination of the effect of maternal dietary high fructose corn syrup intake on mother rats and pups in terms of insulin and lipid parameters
YAĞMUR KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Beslenme ve DiyetetikHacettepe ÜniversitesiDiyetetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. REYHAN NERGİZ ÜNAL