Determination of the effect of polyadenylation SLR values on microarray data classification
Mikroçip verisinin sınıflandırılması üzerinde çoklu adenin olayı SLR değerlerinin etkisinin tespit edilmesi
- Tez No: 385051
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: mikrodizi, gen ifade değeri, alternatif çoklu adenin olayı, sınıflandırma, destek vektör makinesi, karar ağacı, rastgele orman, tümör, metastaz, microarray, gene expression data, alternative polyadenylation, classification, support vector machines, decision tree, random forest, tumor, metastasis
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 117
Özet
Mikroçip veri sınıflandırılması genel olarak, gen ifade değerlerini içeren önceden işlenmiş ve kategorize edilmiş mikroçip verisinin kullanılmasıyla oluşturulan modellerin yardımı ile bilinmeyen örnek sonuçlarının tahmin edilmesinde kullanılmaktadır. Mikroçip deneylerinin hazırlanışı, Affymetrix çiplerinin tasarımı ve önceki mikroçip deneylerinin kullanılabilirliği, alternatif çoklu adenin olaylarının (APA) tahmin edilmesinde kullanılan yeni bir çeşit veri olan yakın ve uzak ölçüm uçlarının diferansiyel ifadelerinin (Kısadan Uzuna Oran -SLR- değerlerinin) çıkarımı fırsatını sunmaktadır. Bu tezde, gen ifade değerlerini bu SLR değerleri ile birleştirmeyi ve ardından bu birleştirme işlemi sonrası mikroçip veri sınıflandırılmasının nasıl etkilendiğini belirlemeyi amaç edindik. APA olaylarının tahmin edilmesi esnasında uygulanan filtreleme operasyonları sebebiyle, bir mikroçip örneği üzerinde bulunan bütün ölçüm uçları için SLR değerleri mevcut değildir. Bu eksik değerler, sadece verilerin birleştirilmesinde değil sınıflandırma tekniklerinin uygulanması esnasında da dışarıda tutulmamaktadır. Destek Vektör Makinesi (SVM), Karar Ağacı (J48) ve Rastgele Orman olmak üzere üç tip sınıflandırma tekniği, birincil meme tümörü mikroçip verisine gene ifade değerleri ile SLR değerlerinin birleştirilmesi öncesi ve sonrası uygulandı ve metastazların sınıflandırma doğrulukları bulundu. Sonuçlar gösteriyor ki; APA olayları gen ifade sınıflandırılması üzerinde yadsınamaz bir etkiye sahiptir ve bu etki çoğunlukla doğrulukların gelişmeleri yönündedir.
Özet (Çeviri)
Microarray data classification is generally used to predict unknown sample outcomes by the help of models created using the preprocessed and categorized microarray data that includes gene expression values. Preparation of microarray experiments, design of Affymetrix chips and availability of previous microarray experiments give the opportunity to extract a new kind of data; differential expressions of proximal and distal probes (Short to Long Ratio -SLR- values), which is used to predict the alternative polyadenylation (APA) events. In this thesis, we aim to integrate gene expression data and these SLR values and then determine how the microarray data classification is affected after this integration process. Because of the filtering operations applied while predicting the APA events, SLR values are not available for all the probe sets on a microarray sample. These missing values are not left out not only while integrating the data, but also while applying the classification techniques. Three types of classification techniques, Support Vector Machines (SVM), Decision Tree (J48) and Random Forest are applied to primary breast tumor microarray data before and after integration of gene expression values with SLR values and the classification accuracies of metastasis are found out. The results show that; APA events have incontrovertible impact on gene expression classifications and mostly towards improvement of accuracies.
Benzer Tezler
- Diyabet oluşturulan ratlarda triticum vulgare bazlı krem ile birlikte kullanılan terapötik ultrasonun yara iyileşmesi üzerine etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of therapeutic ultrasound used in combination with triticum vulgare based CREAM on wound healing in diabetic rats
AYŞE GÖLGELİ BEDİR
Doktora
Türkçe
2022
Veteriner HekimliğiAtatürk ÜniversitesiCerrahi (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LATİF EMRAH YANMAZ
- Zeytin budama ve sera domates artıklarının peletlenmesinde sıcak buhar uygulaması ve pelet torefikasyon işleminin pelet kalite parametrelerine etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of steam conditioning and torrefaction process on pellet quality parmeters in olive pruning residues and greenhouse tomato residues
HASAN YILMAZ
Doktora
Türkçe
2022
EnerjiAkdeniz ÜniversitesiTarım Makineleri ve Teknolojileri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET TOPAKCI
- İnhibitörlü gübrelerin çilek bitkisinde verim ve kalite parametreleri üzerine etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of inhibitor fertilizers on the production and quality parameters of strawberry plant
ESRA PAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatErciyes ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ADEM GÜNEŞ
- 36 stator oluklu, 2 kutuplu uzay harmonik etkisi azaltılmış asenkron makina başarımında rotor oluk sayısı etkisinin tespiti
Determination of the effect of the number of rotor slots on the performance of induction machines with 36 stator slots, 2 poles having reduced space harmonic effect
MUHAMMETNUR ERCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DERYA AHMET KOCABAŞ
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET ONUR GÜLBAHÇE
- Determination of the effect of kif3a gene polymorphism in children with atopic dermatitis
Atopik dermatitli çocuklarda kıf3a gen polimorfizminin etkisinin belirlenmesi
HÜLYA ERCAN SARIÇOBAN
Doktora
İngilizce
2023
Moleküler TıpYeditepe ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURGAY İSBİR