Determination of the effect of polyadenylation SLR values on microarray data classification
Mikroçip verisinin sınıflandırılması üzerinde çoklu adenin olayı SLR değerlerinin etkisinin tespit edilmesi
- Tez No: 385051
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: mikrodizi, gen ifade değeri, alternatif çoklu adenin olayı, sınıflandırma, destek vektör makinesi, karar ağacı, rastgele orman, tümör, metastaz, Destek vektör makineleri, Mikrodizilim analizi, microarray, gene expression data, alternative polyadenylation, classification, support vector machines, decision tree, random forest, tumor, metastasis, Microarray analysis
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mikroçip veri sınıflandırılması genel olarak, gen ifade değerlerini içeren önceden işlenmiş ve kategorize edilmiş mikroçip verisinin kullanılmasıyla oluşturulan modellerin yardımı ile bilinmeyen örnek sonuçlarının tahmin edilmesinde kullanılmaktadır. Mikroçip deneylerinin hazırlanışı, Affymetrix çiplerinin tasarımı ve önceki mikroçip deneylerinin kullanılabilirliği, alternatif çoklu adenin olaylarının (APA) tahmin edilmesinde kullanılan yeni bir çeşit veri olan yakın ve uzak ölçüm uçlarının diferansiyel ifadelerinin (Kısadan Uzuna Oran -SLR- değerlerinin) çıkarımı fırsatını sunmaktadır. Bu tezde, gen ifade değerlerini bu SLR değerleri ile birleştirmeyi ve ardından bu birleştirme işlemi sonrası mikroçip veri sınıflandırılmasının nasıl etkilendiğini belirlemeyi amaç edindik. APA olaylarının tahmin edilmesi esnasında uygulanan filtreleme operasyonları sebebiyle, bir mikroçip örneği üzerinde bulunan bütün ölçüm uçları için SLR değerleri mevcut değildir. Bu eksik değerler, sadece verilerin birleştirilmesinde değil sınıflandırma tekniklerinin uygulanması esnasında da dışarıda tutulmamaktadır. Destek Vektör Makinesi (SVM), Karar Ağacı (J48) ve Rastgele Orman olmak üzere üç tip sınıflandırma tekniği, birincil meme tümörü mikroçip verisine gene ifade değerleri ile SLR değerlerinin birleştirilmesi öncesi ve sonrası uygulandı ve metastazların sınıflandırma doğrulukları bulundu. Sonuçlar gösteriyor ki; APA olayları gen ifade sınıflandırılması üzerinde yadsınamaz bir etkiye sahiptir ve bu etki çoğunlukla doğrulukların gelişmeleri yönündedir.
Özet (Çeviri)
Microarray data classification is generally used to predict unknown sample outcomes by the help of models created using the preprocessed and categorized microarray data that includes gene expression values. Preparation of microarray experiments, design of Affymetrix chips and availability of previous microarray experiments give the opportunity to extract a new kind of data; differential expressions of proximal and distal probes (Short to Long Ratio -SLR- values), which is used to predict the alternative polyadenylation (APA) events. In this thesis, we aim to integrate gene expression data and these SLR values and then determine how the microarray data classification is affected after this integration process. Because of the filtering operations applied while predicting the APA events, SLR values are not available for all the probe sets on a microarray sample. These missing values are not left out not only while integrating the data, but also while applying the classification techniques. Three types of classification techniques, Support Vector Machines (SVM), Decision Tree (J48) and Random Forest are applied to primary breast tumor microarray data before and after integration of gene expression values with SLR values and the classification accuracies of metastasis are found out. The results show that; APA events have incontrovertible impact on gene expression classifications and mostly towards improvement of accuracies.
Benzer Tezler
- Dekonvolüsyon yöntemi ile akciğer kanseri hücre türü kompozisyonunun belirlenmesi ve hasta prognozunun incelenmesi
Determination of lung cancer cell type composition and patient prognosis analysis using deconvolution method
ÖZLEM TUNA
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. YASİN KAYMAZ
- Determination of the effect of temperature and carbon dioxide concentratıon on the physical properties of garzan crude oil
Sıcaklık ve karbon dioksit konsantrasyonunun garzan ham petrolünün fiziksel özellikleri üzerindeki etkilerinin saptanması
SAHLU DEMBU MARUTA
Yüksek Lisans
İngilizce
1993
Petrol ve Doğal Gaz MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiPetrol Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TANJU MEHMETOĞLU
- Determination of the effect of blasting on the overburden waste
Yeryüzünde patlamanın etkisinin araştırılması
MEHMET MÜJDAT ŞEN
Yüksek Lisans
İngilizce
1997
Maden Mühendisliği ve MadencilikDokuz Eylül ÜniversitesiPROF. DR. HALİL KÖSE
- Determination of the effect of viscoelasticity on the bond strength of a dental metal-ceramic system using finite element method
Viskoelastisitenin dental metal-seramik bağ kuvvetine etkisinin sonlu elemanlar metodu kullanılarak belirlenmesi
UTKU CEMAL ÜNLÜ
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
Makine MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ŞEBNEM ÖZÜPEK
- Determination of the effect of accelerator type and accelerator/sulfur ratio on the vulcanization kinetics and aging properties of natural rubber/chloroprene based rubber compounds
Doğal kauçuk/kloropren kauçuk esaslı karışımların vulkanizasyon kinetiğine ve yaşlanma özelliklerine hızlandırıcının tipinin ve hızlandırıcı/kükürt oranının etkisinin belirlenmesi
FARZAD AHMADZADEH NOBARI AZAR
Doktora
İngilizce
2017
Polimer Bilim ve TeknolojisiHacettepe ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURAT ŞEN