Geri Dön

Identification of cytosolic sialidase neu2 associated proteins by mass spectrometric analysis

Kütle spektrometresi analizi ile sitozolik sialidaz neu2 ile ilişkili proteinlerin tanımlanması

  1. Tez No: 387151
  2. Yazar: SEÇİL AKYILDIZ DEMİR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. VOLKAN SEYRANTEPE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 66

Özet

Sialidazlar (nörominidazlar) glikoprotein, oligosakkarit ve glikolipitlerden sialik asit adlı şekerli uzaklaştıran enzimlerdir. Lizozomal sialidaz (Neu1), sitoplazmik sialidaz (Neu2), hücre zar sialidazı (Neu3) ve lizozomal/mitokondrial sialidazdır (Neu4) olarak dört tane memeli sialidaz enzimi tanımlanmıştır. Bu enzimlerin hücre içindeki yerleri, hücrede ve dokuda ifade ediliş miktarları, substratları ve aktivite gösterdikleri pH aralıkları farklılık göstermektedir. Sitozolik NEU2 enzimi oligosakkaritler, glikopeptidler ve gangliosidleri içeren geniş bir yüzey yelpazesi üzerinde aktif olarak rol oynamaktadır. Ayrıca yapılan çalışmalarda Neu2 enziminin kanser metabolizması, nöron farklılaşması ve myoblast çoğalması, farklılaşması ve hipertropisi gibi farklı hücresel olaylarda görev yaptığı tespit edilmiştir. Fakat Neu2 enzimi hücre içerisindeki hangi proteinlerle etkileşime girdiği tam olarak tanımlanmamıştır. Biz bu çalışmamızda InterPlay Mammalian TAP System ve ESI-LC-MS/MS analizi kullanılarak Neu2 enziminin hücre içinde ilişkilide olduğu proteinler tespit edilmek amaçlanmıştır. Neu2 protein kompleksi içerisindeki proteinler PGLS, Mascot ve X!Tandem olmak üzere üç farklı veritabanı araştırma yazılımı ile tanımlanmıştır. Deneyin sonucu olarak Aktin proteinleri (Alfa Aktin, Gama Aktin ve Beta Aktin) ve Calsyntenin-2 proteini aday protein olarak bulunmuştur. Neu2 ile β-Aktin proteinleri arasındaki ilişki western blot analizi ile doğrulanmıştır.

Özet (Çeviri)

Sialidases (Neuraminidases) are the enzymes which remove sialic acids from glycoproteins, oligosacharides and glycolipids. Four mammalian sialidases have been identified which are lysosomal sialidase (Neu1), cytosolic sialidase (Neu2), plasma membrane sialidase (Neu3), and mitochondrial/lysosomal sialidase (Neu4). These enzymes differ in their subcellular localizations, expression levels in different cells and tissues, substrate specificities and optimum pH levels. Cytosolic Neu2 enzyme has an active role on a wide range of subtances including oligosaccharides, glycopeptides and gangliosides. Studies on the Neu2 enzyme also showed that this enzyme is involved in different cellular events including cancer metabolism, neuronal differentiation and myoblast differentiation, proliferation and hypertrophy. However, it has not been shown whether Neu2 interacts with other proteins within the cell. Therefore, in this study we aimed to identify Neu2 associated proteins by using InterPlay Mammalian TAP System and ESI-LC-MS/MS analysis. Proteins in the Neu2 protein complex were identified by three different database search software such as PGLS, Mascot and X!Tandem. As a result of experiment Actin proteins (Alpha Actin, Gamma Actin and Beta Actin), and Calsyntenin-2 protein were found as a candidate protein for Neu2 association. The interaction between Neu2 and β-Actin proteins was confirmed by western blot analysis.

Benzer Tezler

  1. Identification of surface proteome of B cell lymphoblastic leukemia cell line

    B hücreli akut lenfoblastik lösemi hücre hattında yüzey proteomunun belirlenmesi

    DUDU BOYVAT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiAbdullah Gül Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞERİFE AYAZ GÜNER

  2. Identification of ABE2A as a circadian amplitude enhancer with drug-like potency

    Bir sirkadiyen saat genliği arttırıcısı olarak potansiyel bir ilaç adayı olan ABE2A'nın tanımlanması

    BAŞAK VELİOĞLU ULUBAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyokimyaKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM HALİL KAVAKLI

  3. Miyokardiyal iskemi/reperfüzyon hasarının indüklediği apoptozda HMGB-1/TLR2 aksının hücre içi sinyal yolağının belirlenmesi

    The identification of intracellular signalling pathway through HMGB-1/TLR2 axis on myocardial ischemia/reperfusion injury-induced apoptosis

    EYLEM TAŞKIN GÜVEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyofizikÇukurova Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYKUT PELİT

  4. Rhodobacter capsulatus bakterisinde Sitokrom C oksidaz biyogenesiz'inde rol alan genlerin belirlenmesi ve fonksiyonlarının tanımlanması

    Identification of genes involved in biogenesis of Cytochrome C oxidase from rhodobacter capsulatus and determination of their functions

    SEMRA AYGÜN SUNAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    BiyokimyaUludağ Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEVNUR MANDACI

    PROF. DR. RAHMİ BİLALOĞLU

  5. Meme kanseri tedavisine yönelik potansiyel ribozomal protein S6 kinaz (RSK) inhibitörlerinin ın siliko tarama ile belirlenmesi ve ın vitro etkinlik incelenmesi

    Identification of potential ribosomal protein S6 kinase (RSK) inhibitors for breast cancer therapy with in silico screening and investigation of in vitro activity

    SEVİL KALIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyofizikÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Tıbbi Sistem Biyolojisi Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FERAH CÖMERT ÖNDER