Studies of gas-phase fragmentation mechanisms of peptide b ions by mass spectrometry
Peptit b iyonlarının gaz-fazı parçalanma mekanizmalarının kütle spektrometresi ile çalışılması
- Tez No: 387152
- Danışmanlar: PROF. DR. TALAT YALÇIN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 164
Özet
Bu tez düşük-enerjili çarpışmayla-indüklenmiş ayrışma (CID) altında peptit b iyonlarının gaz-fazı parçalanma mekanizmalarının detaylı çalışmalarını göstermektedir. b iyonlarının gaz-fazı yapılarının ve parçalanma mekanizmalarının anlaşılması özellikle peptit kütle spektrumlarının yorumlanması için önemlidir. Son zamanlarda, büyük bn (n = 5, 6, 7...) iyonlarının makrohalkalı yapı oluşturduğu ve bu yapının bilinmeyen peptitlerin sekanslanmasında hataya yol açabileceği gösterilmiştir. Bu nedenle, tezin ilk bölümünde çeşitli hepta- ve oktapeptiler kullanılarak asidik amino asitin (glutamik veya aspartik asit) makrohalkalı yapının oluşmasına olan etkisi araştırılmıştır. Sonuçlar göstermiştir ki, peptitlerdeki ne asidik amino asitlerin varlığı ne de pozisyonları b iyonlarının makrohalkalaşmasını engellemiştir. Buna ek olarak, asidik amino asitlerin tercihli bölünmesinin uygulanan çarpışma enerjisine olan bağlılığı makrohalkalı b iyonları için incelenmiştir. İkinci bölümde, peptinin N-ucu asetillenmiş olsa bile lizin amino asitinin yan zincirindeki ?-amin grubun b iyonlarının makrohalkalaşmalasına olan etkisi incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, makrohalkalaşmanın N-ucu asetillenmiş olan peptitteki lizinin ?-amin grubu ile okzazolon yapısı arasında gerçekleştiği ortaya koymuştur. Diğer taraftan, N-ucu asetillenmiş peptitlerdeki lizinin pozisyonu b iyonlarının makrohalkalaşma için önemli bir parametredir. Tezin üçünçü ve dördüncü bölümlerinde ise, asetillenmiş lizin veya yan zincirlerinde hidroksil grubu içeren model peptitlerden elde edilen b iyon serilerinin CID kütle spektrumlarında yeni parçalanma iyonlarının varlığı saptanmıştır. Bu yeni oluşan iyonların gaz-fazı yapıları ve parçalanma mekanizmaları çok-aşamalı ikili kütle spektrometresi (MS4) deneyleri ile çalışılmıştır. Sonuç olarak, bu çalışmalarda gösterilen sonuçlar peptit sekanslarının doğru ve güvenilir bir şekilde açıklamak için kullanılabilinir ve bu durum proteomik çalışmalar için gerekli olan protein tanımlama stratejilerini geliştirebilir.
Özet (Çeviri)
This dissertation presents detailed studies of gas-phase fragmentation mechanism of peptide b ions under low-energy collision-induced dissociation (CID). Understanding the gas-phase structures and fragmentation mechanisms of the b ions is especially important for interpretation of peptide mass spectra. Recently, larger bn (n = 5, 6, 7...) ions are shown to form macrocyclic structures which can lead to erroneous in sequencing of unknown peptides. Therefore, in the first part of thesis, the effect of acidic amino acid residues (glutamic or aspartic acid) on the formation of macrocyclic structure is probed using various model hepta- and octapeptides. The results indicate that neither the presence nor the positions of acidic residues in peptides prevents macrocyclization of b ions. In addition, the dependence of preferential cleavage of acidic residues on applied collision energy is investigated for macrocyclic b ions. In the second part, the effect of ?-amine group of lysine residue is examined for the macrocyclization of b ions even if the N-terminal of the peptide is acetylated. The obtained results reveal that the macrocyclization is accomplished between ?-amine group of lysine and the oxazolone structure in the N-terminal acetylated peptide. Moreover, the lysine position is important parameter for the macrocyclization of b ions for N-terminal acetylated peptide. In the third and fourth parts of the thesis, the novel rearranged fragment ions are detected in the CID mass spectra of b ion series of acetylated lysine and side chain hydroxyl group containing model peptides, respectively. The gas-phase structures and fragmentation mechanisms of these novel fragment ions are investigated via multi-stage tandem mass spectrometry (MS4) experiments. In conclusions, the results presented in this dissertation can be used to elucidate the correct and reliable peptide sequences, and this improve protein identification strategies which is required for high-throughput proteomic studies.
Benzer Tezler
- Investigation of gas-phase fragmentation mechanism of doubly charge a ions by mass spectrometry
Çifte protonlanmış a iyonlarının gaz fazı parçalanma mekanizmalarının kütle spektrometre ile incelenmesi
DOĞACAN KIZILKOCA
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyokimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TALAT YALÇIN
DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU
- A computational study on the structures of protonated peptides
Protonlanmış peptitlerin yapıları üzerine hesapsal bir çalışma
SILA KARACA
Doktora
İngilizce
2014
Kimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAN ELMACI IRMAK
- Kovalent olmayan komplekslerin stokiyometri ve kararlılıklarının kütle spektrometresi ile incelenmesi
Determination of stoichiometry and stability of the non-covalent complexes by mass spectrometry
AYŞEGÜL ÖZGEN
- Kömürün mineral içeriğinin yanma özelliklerine etkisi
The Effect of mineral matter content of coal on its combustion properties
HANZADE AÇMA
