Identification of complexes that interact with tRNA-derived small RNAs by gene expression methods.
tRNA kökenli küçük RNA'larla etkileşen komplekslerin gen ekspresyonu yöntemleriyle belirlenmesi.
- Tez No: 387156
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 36
Özet
tRNA, hayatın yaşamsal bir molekülü ve bir süredir biyokimyasal araştırmaların hedefi olmuştur. Son zamanlarda tRNA biyolojisinin yeni yönleri açığa çıkarılmaktadır. Biriken datalar, tRNA'nın amino asit kodlamak gibi bilinen rolünün yanında farklı biyolojik fonksiyonlarda da rolleri olduğunu göstermektedir. tRNA yarıları, tRNA molekülünün antikodon bölgesinin angiogenin tarafından kesilmesiyle üretilirler ve olgun tRNA'nın 5' ve 3' uçlarından üretilen daha küçük olan RNA fragmentleri (tRFs) de protein sentezinin inhibisyonu gibi en belli başlı biyolojik fonksiyonları da göstermektedirler. Çalışmamızda, tRF'ler ve RNA'ya bağlanan proteinler arasındaki etkileşimin gösterilmesi amaçlandı. Bu sebeple, insanlardaki TIA-1 ve LA proteinlerinin Drosophila homologu olan iki proteine (Rox8 ve La) karar verildi. Çalışmanın başında bu proteinlerin FLAG-işaretli versiyonları S2 hücrelerinde aşırı-ifade edildi. Sonrasında bu işaretli proteinler sayesinde immunopresipitasyon deneylerini gerçekleştirildi. Çalışmamızın sonunda tRF'ler ve tRF'lerle ilişkili proteinler arasındaki potansiyel ilişki meydana çıkarıldı.
Özet (Çeviri)
tRNA is a vital molecule of life and has been a focus of biochemical research since long. New aspects of tRNA biology have been drawn to light recently. Accumulating data indicates that tRNA has many diverse biological functions other than its canonical role in coding for amino acids. tRNA halves are produced by cutting the tRNA molecule from its anti-codon loop by angiognenin and even smaller RNA fragments (tRFs) produced from 5' or 3' ends of mature tRNA have been shown to have biological functions, most notable of which is the inhibition of the initiation of protein synthesis. In our study, the aim was to show the interaction between tRFs and RNA binding proteins. For this reason, two proteins were determined: Rox8 and D-La which are Drosophila homologs of human TIA-1 and La. In the beginning of study, we overexpressed FLAG-tagged versions of these proteins in S2 cells. Then immunoprecipitation experiments were performed with the tagged proteins. At the end of our research the potential interaction between tRFs and tRF related proteins are demonstrated.
Benzer Tezler
- Investigation of tRNA-derived small RNAs in Drosophila melenogaster
Drosophila melanogaster' de tRNA kaynaklı küçük RNA'ların araştırılması
ÇAĞDAŞ GÖKTAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
Genetikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- CCDC84'ün RNA kırpılması (Splicing) sürecindeki rolünün araştırılması
Investigation of the role of CCDC84 in splicing process
İDRİS ER
Doktora
Türkçe
2022
Tıbbi BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERSAN KALAY
- The role of CD3 delta interacting proteins in T cell receptor assembly and signaling
CD3 delta ile etkileşimde bulunan proteinlerin T hücresi reseptörü oluşumu ve sinyallemesindeki rolü
ŞAFAK IŞIL ÇEVİK
Doktora
İngilizce
2010
BiyomühendislikSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BATU ERMAN
- Synthesis, characterization, electronic structure and DNA binding abilities of platinum(II) complexes containing 2,3-di(2-thienyl)-quinoxaline ligand
2,3-di(2-tiyenil)-kuinoksalin ligantı içeren platin(II) komplekslerininsentezi, karakterizasyonu, elektronik yapıları ve DNA'ya bağlanma kabiliyetleri
WADAD S. S. FADEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
KimyaAtılım ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞENİZ ÖZALP YAMAN