Functional analysis of a splice site mutation in GABRG2 gene and its effect on gabaa receptor
GABRG2 geninde bulunan bir kırpılma bölge mutasyonunun fonksiyonel analizi ve gabaa reseptörüne etkisi
- Tez No: 387426
- Danışmanlar: PROF. DR. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Nöroloji, Genetics, Molecular Medicine, Neurology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Epilepsi, nüfusun yüzde ikiden fazlasını etkileyen, kontrol edilemeyen nöron deşarjları şeklinde ortaya çıkan bir hastalıktır ve bazı formları genetik belirleyiciler içermektedir. Kalıtsal epilepsilerin ana grubu genetik jeneralize epilepsi (GJE) dir ve çocukluk çağı epilepsisi (ÇÇE), GJE'nin yaygın olan bir alt grubudur. Gama-aminobütirik asit (GABA), memeli beynindeki temel inhibitör nörotransmitterdir. Bu reseptör GABAA ve GABAB olmak üzere iki reseptör sınıfıyla görev yapar. GABAerjik iletimin genetik mutasyonlarla bozulması epileptik nöbetlere sebep olmaktadır. Beşinci kromozomun uzun kolunun 34. bölgesinde bulunan GABAA reseptör gama 2, GABRG geni tarafından kodlanır. GABRG2 geninin kodlayıcı kısmında bulunan mutasyonların yanı sıra, bu genin intronik kısmında da mutasyonlar gözlenmektedir. T-G transversiyonunun (IVS6+2T-G) GABRG2'da 6. intronun kırpılma donör bölgesini değiştirdiği, kriptik kırpılma bölgesini aktive ettiği ve parsiyel intron eklenmesi yarattığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı CAE hastasında tespit edilen GABRG2 geni kırpılma varyantının GABAA reseptörüne etkisinin incelenmesidir. In silico kırpılma bölgesi araçları bu mutasyonun kriptik kırpılma bölgesi yaratabileceğini göstermiştir. Yer yönlendirmeli mutagenez ile GABRG2 geninde bilinen mutasyon yaratılmış ve hastadaki varyantla beraber klonlanarak mini genler yaratılmıştır. Transfeksiyon sonrası ekspresyonlar RT-PCR ile incelenmiştir. İlgili mutasyonun kırpılmaya etkisi benzer deneysel koşullarda daha önce gösterilmemiş olup ÇÇE hastasındaki GABRG2 varyantının sessiz bir varyant olduğu ve kırpılma işlemini değiştirmediği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Epilepsy is a group of diseases produced by non-controlled discharge of neurons affecting more than 2% of the population and some forms include genetic determinants. The principal group of inherited epilepsy is Genetic Generalized Epilepsies (GGE) and Childhood Absence Epilepsy (CAE) is a common subtype of GGE. Gamma-Aminobutyric acid (GABA) is the main inhibitory neurotransmitter in the mammalian brain. It acts through two classes of receptors: GABAA and GABAB receptors. Impairment of GABAergic transmission by genetic mutations cause epileptic seizures. GABAA receptor, gamma 2 which is located on 5q34, is encoded by GABRG gene. Besides mutations which are in coding region in GABRG2 gene, mutations in intronic sites of the gene are also observed. It has been shown that a T-G transversion (IVS6+2T-G) mutation altered the GABRG2 intron 6 splice donor site sequence, activated a cryptic splice site and generated partial intron retention. The aim of this study was to investigate the effect of an other splice site variant of GABRG2 gene detected in a CAE patient on GABAA receptor. Scores of splice site tools showed that this mutation could create cryptic splice site. By site directed mutagenesis, the known mutation was created and cloned with the GABRG2 variant in the patient by creating minigenes. After transfection, expressions were checked by RT- PCR. Under similar experimental conditions while the splicing defect of the known mutation was observed, GABRG2 splice site variant in the CAE patient had no effect on splicing suggesting that it was a silent variant of the gene.
Benzer Tezler
- Molecular genetic analysis of benign epilepsy syndromes
Selim epilepsi sendromlarının moleküler genetik analizi
MELEK ASLI KAYSERİLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. HANDE ÇAĞLAYAN
- Fenilalanin hidroksilaz enzim eksikliğine moleküler gen analizleri metoduyla tanı konulması
To diagnose the phenylalanine hydroxylase enzyme deficiency with the method of molecular gene analysis
DEMET ALGAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Tıbbi BiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MUNİS DÜNDAR
- Alternative splicing regulation ofdrosophila down syndrome celladhesion molecule gene
Başlık çevirisi yok
PINAR USTAOĞLU
- Kolon kanseri tanılı olgularda PCR-RFLP metodu ile p53 gen mutasyonlarının saptanması
Detection of p53 gene mutations by using PCR-RFLP method in cases of colon cancer
EMİNE DURHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
BiyolojiAfyon Kocatepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. SERAP TUTGUN ONRAT
- Primer immün yetersizlik hastalarında belirlenen yeni varyantların validasyonu
Validation of new variants identified in primer immune deficiency patients
MERVE SARITAŞ