Characterization of interferon regulatory factor 4 (İRF4) target genes in melanoma cell lines
Interferon regulatory factor 4 (İRF4) hedef genlerinin melanoma hücre hatlarında belirlenmesi
- Tez No: 387428
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 186
Özet
IRF4, bağışıklık hücrelerinin gelişiminde ve işlevlerinde öneme sahip bir transkripsiyon faktörüdür. IRF4 regülasyonunun çeşitli miyeloid ve lenfoid malignansilerde bozulduğu bilinmektedir. IRF4 anlatımının sadece bağışıklık hücreleri ile sınırlı olduğu sanılmaktayken, yakın zamandaki çalışmalar, IRF4 anlatımının melanosit hücreleri gibi, bağışıklık hücresi olmayan hücrelerde de gerçekleştiğini göstermiştir. Önceki çalışmalarımızda, belirli melanoma hücre hatlarında IRF4 anlatımının olduğu ve bu anlatımın B-hücrelerinde olduğu gibi, melanoma hücrelerinin de canlılığı için önemli olduğu gözlemlenmiştir. Melanomada IRF4'un rolü ile ilgili bilgi eksikliği olduğu için, IRF4'un transkripsiyonel hedef genlerini tespit etmek amacıyla yeni nesil dizileme yaptık. Hedef genleri belirlemek, IRF4'un hangi yolaklarda yer aldığını ve hangi biyolojik süreçleri düzenlediğini anlamamıza yardımcı olacaktır. Bunun için ilk adım olarak, analiz için en uygun koşulları belirledik. Sonra, IRF4'u susturulmuş hücreler ile kontrol hücrelerin gen anlatım profillerini yeni nesil cDNA dizilemesi (RNA-seq) ile karşılaştırdık. Biyo-informatik analizler yaparak, farklı anlatımı olan genleri belirledik. Seçilen aday genlerin RNA-dizileme sonuçlarının doğrulamasını gerçek zamanlı yarı kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile gerçekleştirdik. Daha sonra, gen ontolojisi analizi yaparak farklı anlatımı olan genlerin, zenginleştirilmiş fonksiyonel sınıflarının karakterizasyonunu gerçekleştirdik. Analizlerimiz, IRF4'ün özellikle hücre bölünmesi ile ilişkili genleri ağırlıklı olarak aktifleştirdiğini, lipit metabolizmasını ile ilişkili genleri baskıladığını göstermiştir. Ek olarak, RNA-dizileme sonucu elde ettiğimiz veriler ışığında, IRF4'ün, öne çıkan bir melanosit transkripsiyon faktörü üzerinde etkisini ve belirli melanoma hücre hatlarındaki yaşamsal yolaktaki rolünü belirlemiş olduk.
Özet (Çeviri)
IRF4 is a critical transcription factor in the development and function of immune cells, and additionally, it is deregulated in certain myeloid and lymphoid malignancies. Until recently, IRF4 expression was thought to be restricted to immune cells; however, recent studies showed its expression in non-immune cells, such as melanocytes. We observed that certain human melanoma cell lines also have IRF4 expression and its expression appears critical for the viability of melanoma cells as in the case of B-cell origin malignancies. As there is a relative lack of understanding about IRF4 in melanoma we set out to identify its downstream transcriptional target genes using high-throughput sequencing in order to identify the pathways and biological processes IRF4 regulates in human melanoma cells. For this purpose, as a first step, we determined the optimal conditions for the expression profiling analysis. Then, we compared gene expression profiles of IRF4 knock down cells with control by high-throughput cDNA sequencing (RNA-seq). We analyzed the sequencing data via a bioinformatics pipeline to find the significantly differentially expressed genes upon IRF4 knock-down. We validated the results of RNA-seq by real-time semi-quantitative polymerase chain reaction for selected genes. Subsequently, we performed characterization of enriched functional classes of the differentially expressed genes by gene enrichment analysis of gene ontology terms. Our analysis indicates that IRF4 predominantly activates genes related to proliferation, and represses genes linked with lipid metabolism in human melanoma cell lines. Additionally, following leads from the results of RNA-seq analysis we showed the role of IRF4 on the transcriptional regulation of a prominent melanocyte master regulator and a key survival pathway in certain melanoma cell lines.
Benzer Tezler
- NFAT and IRF4: The characterization of a new regulatory AXİS in SK-MEL-28 melanoma cell line
NFAT ve İRF4: SK-MEL-28 melanom hücre hattında yenı bir yolak tanımlanması
NALAN YILDIZ AYHAN
Doktora
İngilizce
2023
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
- Investigation of IRF4-MEF2D protein-protein interaction inmelanoma cells
Melanoma hücrelerinde IRF4-MEF2D protein-protein etkileşiminin incelenmesi
LAILA SAMIR ABED HEDAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyokimyaBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
- Characterization of IRF4 dependency in melanoma cell lines
Melanoma hücre hatlarında IRF4 bağımlılığının karakterizasyonu
MUSTAFA CAN AYHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NESRİN ÖZÖREN
- Molecular characterization of Helicobacter-activated B cells
Helıcobacter-aktive B hücrelerinin moleküler karakterizasyonu
NESTEREN MANSUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- The effect of Helicobacter felis on macrophage polarization
Helicobacter felis'in makrofaj polarizasyonu üzerine etkisi
ASLI KORKMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN