The role of PATZ1 transcription factor in the dna damage response
Patz1 transkri̇psi̇yon faktörünün DNA hasar yanıtlarındaki̇ rolü
- Tez No: 389495
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET BATU ERMAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biyomühendislik, Biochemistry, Biology, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 131
Özet
PATZ1 (MAZR), N ucunda protein-protein etkileşimlerinde görevli BTB bölgesi, C ucunda ise çinko parmak ve AT-hook motifleri olan bir transkripsiyon faktörüdür. Son zamanlarda bulunan bilgilere göre, PATZ1, p53 yolağında ve tümör gelişimi sırasında kritik rollere sahiptir. PATZ1 proteini p53 proteinine bağlanır, çeşitli kanser tiplerinde yüksek miktarda ifade edilir ve PATZ1'in yokluğunda lenfoma gelişimi kolaylaşır. Biz, PATZ1'i tümör baskılayıcı p53 proteininin düzenleyicisi olarak belirledik. Doksorubisin ilacı ile indüklediğimiz DNA hasarı sonucunda, hücre içerisinde p53 proteini birikirken, PATZ1 proteininin azaldığını bulduk. PATZ1 ve p53 miktarlarının değişimindeki ters ilişki bizi bu iki proteinin biyolojik etkileşimlerini araştırmaya teşvik etti. PATZ1'in aşırı miktarda ifadesinin çeşitli hücre tiplerinde bölünmeyi hızlandırdığını, ifadesinin düşük olmasının ise hücre bölünmesini yavaşlattığını bulduk. Yaptığımız lusiferaz aktivitesi deneyleri sonucunda, PATZ1'in p53'ün transkripsiyon etkinleştirici fonksiyonunu engellediğini kanıtladık. Normalde, p53, p21 ve Puma genlerinin ifadelerini arttırmasına rağmen, PATZ1'i aşırı miktarda ifade eden hücrelerin bu genleri normal durumdaki kadar arttıramadığını gösterdik. Son olarak, PATZ1'in yeterli veya yetersiz ifade ediliği fare embriyo fibroblastlarını doksorubisin ile muamele ederek genom çapında RNA-Seq ve mikroarray analizleri gerçekleştirdik ve PATZ1'in yetersiz olduğu durumdalarda p53 hedeflerinin ifadelerinde farklılaşmalar olduğunu bulduk. Bu sonuçlar ile PATZ1'in p53 temelli hücre stresi ve DNA hasar yolaklarını düzenlediğini kanıtladık.
Özet (Çeviri)
PATZ1 (MAZR) is a transcription factor composed of an N-terminal BTB protein-protein interaction domain and a C-terminal zinc finger and AT-hook DNA binding domain. Recent findings indicate that PATZ1 has a crucial role in the p53pathway and during tumorigenesis. PATZ1 interacts with p53, is upregulated in various cancers and its absence favors lymphomagenesis. We identified a role for PATZ1 as a regulator of the p53 tumor suppressor protein. We found that upon doxorubicin induced DNA damage, the protein level of PATZ1 decreases, as the p53 protein accumulates. This inverse correlation between PATZ1 and p53 protein levels led us to investigate the biological relevance of these two proteins. We found that PATZ1 loss resulted in decreased proliferation rates in various cell types; while its overexpression accelerated proliferation. We demonstrate that PATZ1 inhibits the transcription activation function of p53 by luciferase reporter assays. While p53 is responsible for inducing the expression of the target genes p21 and Puma, we show that PATZ1 overexpressing cells cannot induce the expression of these genes as effectively as wild type cells. Finally, we performed genome scale RNA-Seq and microarray analysis on doxorubicin treated mouse embryo fibroblasts sufficient or deficient for PATZ1 and found that the absence of PATZ1 results in an alteration of the expression of p53 target genes. These results demonstrate that PATZ1 modulates p53-dependent cellular stress and DNA damage pathways.
Benzer Tezler
- The role of BTB/Zinc finger transcription factor Patz1/MAZR in the regulation of p53-mediated dna damage response during t cell development
T hücresi gelişimi sırasında BTB/Zinc finger transkripsiyon faktörü Patz1/MAZR'ın p53 regülasyonlu dna hasarına tepki mekanizmasındaki rolü
MANOLYA ÜN
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMühendislik Bilimleri Bölümü
DOÇ. DR. BATU ERMAN
- Identification of the targets of the human transcription factor PATZ1
İnsan transkripsiyon faktörü PATZ1 proteinin hedeflerinin belirlenmesi
MELİKE GEZEN
Doktora
İngilizce
2022
GenetikSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER
- Characterization of the PATZ1 BTB domain
PATZ1 BTB alanının karakterizasyonu
SOFIA PIEPOLI
Doktora
İngilizce
2020
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN
PROF. DR. CANAN ATILGAN
- Isolation and characterization of nanobodies that bind the BTB domain of PATZ1 transcription factor
PATZ1 transkripsiyon faktörünün BTB domainine bağlanan nanokorların izolasyonu ve karakterizasyonu
SARAH BARAKAT
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER
- Investigation into the role of PATL1 gene in neurodevelopment using Drosophila melanogaster as model organism
Drosophila melanogaster'ı model organizma olarak kullanarak PATL1 geninin nörogelişimdeki rolünün araştırılması
BERFİN DAĞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU ÇELİK FUSS