Geri Dön

Development of a quick molecular based technique for identification of zooplankton in the Turkish coast of Black Sea

Karadeniz'in Türkiye kıyılarındaki zooplankton türlerinin tanımlanması için moleküler tabanlı hızlı bir yöntem geliştirilmesi

  1. Tez No: 392202
  2. Yazar: İBRAHİM HALİL MİRALOĞLU
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BAHAR İNCE, DR. MUSTAFA KOLUKIRIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilim ve Teknoloji, Deniz Bilimleri, Genetik, Science and Technology, Marine Science, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 146

Özet

Bu tezde yeni bir tür tayini yöntemi geliştirilmiştir. Bu yöntem için Karadeniz'in Türkiye kıyılarından alınan balık ve Zooplankton organizmaları kullanılmıştır. Yöntem Yüksek Çözünürlüklü Erime (HRM) eğrilerini kullanarak türleri ayırt etmektedir. Karadenizde bir çok türün neslinin istilacı türler ve beşeri etkenlerden dolayı tükenme eşiğine geldiği bilinmektedir. Bu durum, Karadenizdeki ekosistemin sağlığını etkileyerek, hem ekonomik anlamda hemde doğal biyolojik mirasımızın kaybı konusunda endişe yaratmaktadır. Bu sebeple, Karadenizin sürekli kontrol edilerek, türlerin belirlenmesi gerekmektedir. Zooplankton denizdeki yaşam için son derece önemli organizmalardır. Beslenme zincirinde ara basamağı oluşturarak üreticilerle tüketiciler arasındaki enerji akışını sağlamaktadırlar. Bu nedenle Karadenizin ekosistemini gözlemlemek için en uygun canlı grubu Zooplankton türleridir. Fakat, Zooplankton türlerinin morfolojik yöntemlerle belirlenmesi uzmanlık, emek ve zaman gerektiren bir süreçtir. Morfolojik yöntemin alternatifi olarak kullanılabilecek olan DNA barkodlama ise görece pahallı ve zaman alan bir metot olup, ilgili veritabanındaki bilgilerle sınırlıdır. Bu çalışmadaki amaç Karadenizdeki Zooplankton türlerini belirlemek ve daha hızlı, ekonomik, uzmanlık gerektirmeyen yeni bir uygulama geliştirmektir. Yüksek çözünürlüklü erime eğrilerini kullanabilen bir yazılım oluşturularak, bu eğrilerin türleri ayıran bir çeşit dijital imza gibi kullanılması hedeflenmiştir. Erime eğrisi verilerini bu şekilde çok yüksek sayılarda gruplandırabilmesi ve bir veribankası ile karşılaştırması yönünden bu çalışma bir ilki teşkil etmektedir. Sonuçlar, HRM yazılımının çalıştığını ve gerçekten uygulanabilir olduğunu göstermiştir. Bu yeni yaklaşımın bazı yazılımsal ve deneysel eksikliklerin çözülmesi durumunda Tür tanımlaması konusunda geniş çaplı bir etki yaratması olasıdır. HRM yazılımı ile Zooplankton dışında da birçok farklı organizma grubu tanımlanabilecektir

Özet (Çeviri)

A new species identification method is introduced in this thesis. For this method, Zooplankton and fish species from the Turkish coast of Black Sea are used as a dataset. The method uses High Resolution Melting (HRM) curves to identify species. Zooplankton are essential for marine ecosystems. These organisms form a middle ground in the food chain, which sustain the energy flow between producers and consumers. Therefore, as a candidate, the most suited organism group for monitoring the Black Sea marine ecosystem is Zooplankton. However, identifying the Zooplankton species with conventional morphological methods needs time, expertise and effort. DNA barcoding can be considered as a good alternative for conventional morphology-based identification. On the other hand, it is time consuming, expensive and also limited to the information recorded in the universal DNA databases. The goals of this study were to identify Zooplankton species in Black Sea and develop a new identification methodology which is not only cost and time effective but also do not require expertise. Expediently, new software created which could use the HRM curves as a specific signature to identify or categorize the samples according to their species. In terms of high grouping capacity, this study represents a first comparison of melt curves with a specific database. The results indicate that HRM based identification is working and quite feasible. The created HRM software is managed to identify the samples as predicted in our hypothesis.

Benzer Tezler

  1. Development of fast and economic QPCR-based method for meat species detection

    Hızlı ve ekonomik et tür tayini için QPCR tabanlı bir yöntem geliştirilmesi

    EDA ÇİFTÇİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Bölümü

    DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

    DR. MUSTAFA KOLUKIRIK

  2. Detection of bacterial spores using fluorescent silica nanoparticles and development of a new horizontal flow test platform

    Bakteri sporlarının floresan özellikteki silika nanoparçacıklar kullanılarak belirlenmesi ve yeni bir yatay akış test platformunun geliştirilmesi

    YAĞMUR NUR ÇETİNKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Bilim ve TeknolojiKonya Gıda ve Tarım Üniversitesi

    Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHMUT DENİZ YILMAZ

  3. Kardiyovasküler hastalıklarda fragman analizi yöntemine dayalı genetik yatkınlık tanı kiti geliştirilmesi

    Development of genetic predisposition diagnostic kit based on fragment analysis in cardiovascular diseases

    SELİN GÜL ÜNSAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikGebze Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YELDA ÖZDEN ÇİFTÇİ

  4. Development and structural determination of antiangiogenic recombinant antibody structures for cancer treatment

    Kanser tedavisine yönelik antianjiogenik rekombinant antikor yapılarının geliştirilmesi ve yapısal tayini

    MELİS DENİZCİ ÖNCÜ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

    DR. AYLİN ÖZDEMİR BAHADIR

  5. A review and evaluation of development in exploration, production, reserves estimation, and research efforts for shale gas and oil

    Şeyl gazı ve petrolü için arama, üretim, rezerv kestirimive araştırma çalışmalarının incelenmesi ve değerlendirilmesi

    OSMAN MOHAMMED

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Petrol ve Doğal Gaz Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Petrol ve Doğal Gaz Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM METİN MIHÇAKAN