Development of a quick molecular based technique for identification of zooplankton in the Turkish coast of Black Sea
Karadeniz'in Türkiye kıyılarındaki zooplankton türlerinin tanımlanması için moleküler tabanlı hızlı bir yöntem geliştirilmesi
- Tez No: 392202
- Danışmanlar: PROF. DR. BAHAR İNCE, DR. MUSTAFA KOLUKIRIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Deniz Bilimleri, Genetik, Science and Technology, Marine Science, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Çevre Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 146
Özet
Bu tezde yeni bir tür tayini yöntemi geliştirilmiştir. Bu yöntem için Karadeniz'in Türkiye kıyılarından alınan balık ve Zooplankton organizmaları kullanılmıştır. Yöntem Yüksek Çözünürlüklü Erime (HRM) eğrilerini kullanarak türleri ayırt etmektedir. Karadenizde bir çok türün neslinin istilacı türler ve beşeri etkenlerden dolayı tükenme eşiğine geldiği bilinmektedir. Bu durum, Karadenizdeki ekosistemin sağlığını etkileyerek, hem ekonomik anlamda hemde doğal biyolojik mirasımızın kaybı konusunda endişe yaratmaktadır. Bu sebeple, Karadenizin sürekli kontrol edilerek, türlerin belirlenmesi gerekmektedir. Zooplankton denizdeki yaşam için son derece önemli organizmalardır. Beslenme zincirinde ara basamağı oluşturarak üreticilerle tüketiciler arasındaki enerji akışını sağlamaktadırlar. Bu nedenle Karadenizin ekosistemini gözlemlemek için en uygun canlı grubu Zooplankton türleridir. Fakat, Zooplankton türlerinin morfolojik yöntemlerle belirlenmesi uzmanlık, emek ve zaman gerektiren bir süreçtir. Morfolojik yöntemin alternatifi olarak kullanılabilecek olan DNA barkodlama ise görece pahallı ve zaman alan bir metot olup, ilgili veritabanındaki bilgilerle sınırlıdır. Bu çalışmadaki amaç Karadenizdeki Zooplankton türlerini belirlemek ve daha hızlı, ekonomik, uzmanlık gerektirmeyen yeni bir uygulama geliştirmektir. Yüksek çözünürlüklü erime eğrilerini kullanabilen bir yazılım oluşturularak, bu eğrilerin türleri ayıran bir çeşit dijital imza gibi kullanılması hedeflenmiştir. Erime eğrisi verilerini bu şekilde çok yüksek sayılarda gruplandırabilmesi ve bir veribankası ile karşılaştırması yönünden bu çalışma bir ilki teşkil etmektedir. Sonuçlar, HRM yazılımının çalıştığını ve gerçekten uygulanabilir olduğunu göstermiştir. Bu yeni yaklaşımın bazı yazılımsal ve deneysel eksikliklerin çözülmesi durumunda Tür tanımlaması konusunda geniş çaplı bir etki yaratması olasıdır. HRM yazılımı ile Zooplankton dışında da birçok farklı organizma grubu tanımlanabilecektir
Özet (Çeviri)
A new species identification method is introduced in this thesis. For this method, Zooplankton and fish species from the Turkish coast of Black Sea are used as a dataset. The method uses High Resolution Melting (HRM) curves to identify species. Zooplankton are essential for marine ecosystems. These organisms form a middle ground in the food chain, which sustain the energy flow between producers and consumers. Therefore, as a candidate, the most suited organism group for monitoring the Black Sea marine ecosystem is Zooplankton. However, identifying the Zooplankton species with conventional morphological methods needs time, expertise and effort. DNA barcoding can be considered as a good alternative for conventional morphology-based identification. On the other hand, it is time consuming, expensive and also limited to the information recorded in the universal DNA databases. The goals of this study were to identify Zooplankton species in Black Sea and develop a new identification methodology which is not only cost and time effective but also do not require expertise. Expediently, new software created which could use the HRM curves as a specific signature to identify or categorize the samples according to their species. In terms of high grouping capacity, this study represents a first comparison of melt curves with a specific database. The results indicate that HRM based identification is working and quite feasible. The created HRM software is managed to identify the samples as predicted in our hypothesis.
Benzer Tezler
- Development of fast and economic QPCR-based method for meat species detection
Hızlı ve ekonomik et tür tayini için QPCR tabanlı bir yöntem geliştirilmesi
EDA ÇİFTÇİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiBiyoloji Bölümü
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. MUSTAFA KOLUKIRIK
- Detection of bacterial spores using fluorescent silica nanoparticles and development of a new horizontal flow test platform
Bakteri sporlarının floresan özellikteki silika nanoparçacıklar kullanılarak belirlenmesi ve yeni bir yatay akış test platformunun geliştirilmesi
YAĞMUR NUR ÇETİNKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Bilim ve TeknolojiKonya Gıda ve Tarım ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT DENİZ YILMAZ
- Kardiyovasküler hastalıklarda fragman analizi yöntemine dayalı genetik yatkınlık tanı kiti geliştirilmesi
Development of genetic predisposition diagnostic kit based on fragment analysis in cardiovascular diseases
SELİN GÜL ÜNSAL
Doktora
Türkçe
2024
GenetikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YELDA ÖZDEN ÇİFTÇİ
- Development and structural determination of antiangiogenic recombinant antibody structures for cancer treatment
Kanser tedavisine yönelik antianjiogenik rekombinant antikor yapılarının geliştirilmesi ve yapısal tayini
MELİS DENİZCİ ÖNCÜ
Doktora
İngilizce
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
DR. AYLİN ÖZDEMİR BAHADIR
- A review and evaluation of development in exploration, production, reserves estimation, and research efforts for shale gas and oil
Şeyl gazı ve petrolü için arama, üretim, rezerv kestirimive araştırma çalışmalarının incelenmesi ve değerlendirilmesi
OSMAN MOHAMMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Petrol ve Doğal Gaz Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPetrol ve Doğal Gaz Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM METİN MIHÇAKAN