Geri Dön

Genome editing of the IL-7 receptor gene locus using talens

Il-7 almaç geni̇nde talen protei̇nleri̇ i̇le genom mühendi̇sli̇ği̇

PDF İndir

  1. Tez No: 392258
  2. Yazar: GÜLPERİ YALÇIN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET BATU ERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biyomühendislik, Biochemistry, Biology, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 127

Özet

IL-7 sinyallemesi memeli bağışıklık sisteminde lenfosit gelişimi ve fonksiyonu için anahtar konumundadır. Bu çalışmanın ilk bölümünde IL-7R alfa gen bölgesini hedefleyip gen ifadesini kontrol eden faktörleri tespit etmeyi amaçladık. Transcription activator-like effector nükleaz (TALEN) proteinleri ile enhancer bölgesindeki iki transkripsiyon faktör bağlanma bölgesinde mütasyonlar oluşturduk. Glukokortikoid almacı (GR) ve Notch bağlanma bölgelerini hedefleyen iki çift TALEN ile birlikte 2. ve 3. ekzon bölgelerini hedefleyen TALEN'ler oluşturup aralarındaki intron bölgesindeki transkripsiyon kontrol elementlerini genomdan silmeyi planladık. Bu TALEN'leri fare RLM11 (IL-7R+) hücre hattında ifade edip RFLP yöntemi ve DNA sekanslaması ile oluşturduğumuz mütasyonları tespit ettik. Mutant hücre hatlarının IL-7R ifadelerini analiz ederek Notch bağlanma bölgesindeki mütasyonların gen ifadesinde azalmaya yol açtığını, fakat GR bağlanma bölgesindeki mütasyonların bu ifade seviyesini düşüremediğini gözlemledik. Çalışmanın ikinci bölümünde doğrudan GR transkripsiyon faktörünün gen bölgesini hedefledik. Translasyon başlangıç bölgesinde çift sarmallı kesik oluşturacak bir TALEN çifti tasarlayıp gen“knockout”yapmayı amaçladık. Bu TALEN'leri insan HCT116 hücre hattında ifade edip RFLP ile mütasyonları tespit ettik. Deneylerimiz TALEN teknolojisi ile genomun modifiye edilip gen ifadesini kontrol eden faktörlerin çalışılabileceğini göstermektedir.

Özet (Çeviri)

IL-7 signaling is key to lymphocyte development and function in the mammalian immune system. In the first part of this study, we targeted the IL-7R alpha gene locus, encoding the IL-7 receptor protein, to identify its transcriptional control elements. We mutated two transcription factor binding sites in an evolutionarily conserved region containing a putative transcriptional enhancer by generating transcription activator like effector nucleases (TALENs) targeting these sites. We designed and constructed two pairs of TALENs targeting the glucocorticoid receptor (GR) and Notch binding sites in this region. We also targeted the exon 2 and exon 3 of IL-7R to delete a transcriptional control element in intron 2. We expressed these TALENs in the murine RLM11 (IL-7R positive) cell line and generated insertion and deletion mutations in the targeted sites. We used restriction fragment length polymorphism (RFLP) assays and DNA sequencing to detect the induced mutations and assessed their effects on IL-7R gene expression. We demonstrate that mutations induced in the GR transcription factor binding site do not reduce IL-7R gene expression, while mutations in the Notch binding site lower expression. In the second part of the study we directly targeted the gene encoding the GR transcription factor. We designed a TALEN pair targeting the translation start site to knockout gene expression. We introduced these TALENs into the human HCT116 cell line and performed RFLP assays to detect mutations. Our experiments demonstrate that TALENs can be used for genome editing to study gene transcription regulatory regions.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    478667

    Targeting transcription factor binding sites of the interleukin 7 receptor gene using CRISPR/Cas9 genome editing

    CRISPR/Cas9 genom mühendisliği ile interlökin 7 reseptör genini kontrol eden transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin hedeflenmesi

    RONAY ÇETİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN

  2. Tez No

    762057

    The use of CRISPR/DCAS9 engineered mscs to prevent cisplatin-induced cellular damage in human granulosa cells

    Sisplatin ile indüklenen insan granüloza hücrelerinde ki hücre hasarini önlemek için CRİSPR/DCAS9 tasarlanmiş MSC'lerin kullanimi

    MEHMET YUNUS ÇOMAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Üreme Biyolojisi Ana Bilim Dalı

    DR. SERÇİN KARAHÜSEYİNOĞLU

  3. Tez No

    826033

    Characterization of inherited IRAK-4 deficiency in a patient with acute HHV-6 encephalitis

    Akut hHHV-6 ensefaliti görülen bir hastada kalıtsal IRAK-4 eksikliğinin karakterizasyonu

    ZEYNEP GÜNEŞ TEPE DEMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Genetikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SERKAN BELKAYA

  4. Tez No

    672486

    COX-2 Geninin CRISPR/Cas9 aracılı düzenlenmesi için polimerik nanopartikül temelli transfeksiyon ajanının kullanılabilirliğinin araştırılması

    Investigation of the usability of polymeric nanoparticle based transfection agent for CRISPR/CAS9-mediated editing of COX-2 gene

    RİZVAN İMAMOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    BiyomühendislikTokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSA GÖKÇE

    DOÇ. DR. MEHMET KORAY GÖK

  5. Tez No

    795291

    Eggplant genome editing using CRİSPR Cas9 technology

    CRISPR Cas9 teknolojisini kullanarak patlıcan genomunun düzenlenmesi

    VESE PAKASHTICA

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyoteknolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEDİM MUTLU

Geri Dön