Geri Dön

Targeting transcription factor binding sites of the interleukin 7 receptor gene using CRISPR/Cas9 genome editing

CRISPR/Cas9 genom mühendisliği ile interlökin 7 reseptör genini kontrol eden transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin hedeflenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 478667
  2. Yazar: RONAY ÇETİN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 92

Özet

IL-7R geninin kodladığı reseptör (IL-7 almacı, IL-7R) proteini, bağışıklık sistemi hücrelerinde ifade edilerek bu hücrelerin hayatta kalması için gerekli olan IL-7 sitokini tarafından sinyallenmelerine neden olur. IL-7R sinyal yolağındaki mutasyonlar primer immün yetmezliklere neden olmaktadır. Bu proteini kodlayan gendeki polimorfizmler, multipl skleroz (MS) ve T-hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) gibi hastalıklar ile yakından bağlantılıdır. Bu bulgular IL-7R sinyalinin sağlık için önemini vurgular. Amacımız, IL-7R geninin transkripsiyon kontrol bölgelerine bağlanan transkripsiyon faktörlerini detaylı çalışmaktır. CRISPR/Cas9 genom mühendisliği tekniği ile IL-7R gen kontrol bölgesindeki Gfi1, RORgT ve NF-kB transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerini hedefleyerek mutasyonlar yarattık. Bu mutasyonların IL-7R gen ifadesi üzerindeki etkilerini belirledik. IL-7R kontrol bölgelerine bağlanan transkripsiyon faktörlerinin DNA bağlanma özelliklerini belirlemek amacıyla kromatin immün çökeltme (ChIP) tekniğini kullandık. Bu çalışmalar ile lenfosit hücrelerinin hayatta kalımlarını etkileyen önemli transkripsiyon faktörlerinin belirledik.

Özet (Çeviri)

The interleukin 7 cytokine receptor protein (IL-7R) encoded by the il-7r gene is expressed in immune system cells and it allows these cells to be signaled by the IL-7 survival factor. Mutations in the IL-7R pathway are associated with primary immunodeficiency diseases. Polymorphisms in the IL-7R gene are directly linked to T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) and multiple sclerosis (MS). These findings point to the importance of this receptor in health. We have assessed the transcription mechanism of the IL-7R gene in T lymphocytes. We identified the functional significance of transcription factors that bind to IL-7R gene control elements. To this end, we generated mutations in the IL- 7R gene by using CRISPR/Cas9 mediated genome editing. We targeted NF-kB binding site in the enhancer and RORgT and Gfi1 binding sites in intron 2 of the IL-7R gene. We identified the significance of these mutations on IL-7R expression. We performed chromatin immunoprecipitation (ChIP) experiments to reveal the binding abilities of transcription factors to the IL-7R gene targeted with CRISPR/Cas9. In this study, we identified important transcription factors that control the survival of lymphocytes of the immune system.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    392290

    Generation of Xanthomonas derived TALE proteins that inhibit gene transcription

    Gen transkripsiyonunu baskılayan Xanthomonas kökenli TALE proteinlerinin oluşturulması

    ŞEYDA ŞAZİYE TEMİZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET BATU ERMAN

  2. Tez No

    473977

    Lncrna Erıcd'nin düzenlenmesinde arıd3a'nın rolü

    Role of arid3A in the regulation of LNCRNA Ericd

    MOHAMMAD KAIFEE ARMAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    GenetikGaziantep Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ECİR ALİ ÇAKMAK

  3. Tez No

    392258

    Genome editing of the IL-7 receptor gene locus using talens

    Il-7 almaç geni̇nde talen protei̇nleri̇ i̇le genom mühendi̇sli̇ği̇

    GÜLPERİ YALÇIN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyokimyaSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET BATU ERMAN

  4. Tez No

    519769

    Suppression of NFIb expression by gene targeting strategies

    NFIb ifadesinin gen hedefleme stratejileriyle baskılanması

    İBRAHİM OGUZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR

  5. Tez No

    905004

    Structural investigations of the kelch-like-ECH-associated protein 1 at near-physiological conditions and computational analysis for new therapeutics discovery

    Kelch benzeri ECH ilişkili protein 1'in fizyolojik şartlara yakınkoşullarda yapısal incelemeleri ve yeni terapötik keşifler için hesaplamalı analizleri

    MERVE YILMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyofizikKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ

Geri Dön