Targeting transcription factor binding sites of the interleukin 7 receptor gene using CRISPR/Cas9 genome editing
CRISPR/Cas9 genom mühendisliği ile interlökin 7 reseptör genini kontrol eden transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerinin hedeflenmesi
- Tez No: 478667
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET BATU ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
IL-7R geninin kodladığı reseptör (IL-7 almacı, IL-7R) proteini, bağışıklık sistemi hücrelerinde ifade edilerek bu hücrelerin hayatta kalması için gerekli olan IL-7 sitokini tarafından sinyallenmelerine neden olur. IL-7R sinyal yolağındaki mutasyonlar primer immün yetmezliklere neden olmaktadır. Bu proteini kodlayan gendeki polimorfizmler, multipl skleroz (MS) ve T-hücreli akut lenfoblastik lösemi (T-ALL) gibi hastalıklar ile yakından bağlantılıdır. Bu bulgular IL-7R sinyalinin sağlık için önemini vurgular. Amacımız, IL-7R geninin transkripsiyon kontrol bölgelerine bağlanan transkripsiyon faktörlerini detaylı çalışmaktır. CRISPR/Cas9 genom mühendisliği tekniği ile IL-7R gen kontrol bölgesindeki Gfi1, RORgT ve NF-kB transkripsiyon faktörü bağlanma bölgelerini hedefleyerek mutasyonlar yarattık. Bu mutasyonların IL-7R gen ifadesi üzerindeki etkilerini belirledik. IL-7R kontrol bölgelerine bağlanan transkripsiyon faktörlerinin DNA bağlanma özelliklerini belirlemek amacıyla kromatin immün çökeltme (ChIP) tekniğini kullandık. Bu çalışmalar ile lenfosit hücrelerinin hayatta kalımlarını etkileyen önemli transkripsiyon faktörlerinin belirledik.
Özet (Çeviri)
The interleukin 7 cytokine receptor protein (IL-7R) encoded by the il-7r gene is expressed in immune system cells and it allows these cells to be signaled by the IL-7 survival factor. Mutations in the IL-7R pathway are associated with primary immunodeficiency diseases. Polymorphisms in the IL-7R gene are directly linked to T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) and multiple sclerosis (MS). These findings point to the importance of this receptor in health. We have assessed the transcription mechanism of the IL-7R gene in T lymphocytes. We identified the functional significance of transcription factors that bind to IL-7R gene control elements. To this end, we generated mutations in the IL- 7R gene by using CRISPR/Cas9 mediated genome editing. We targeted NF-kB binding site in the enhancer and RORgT and Gfi1 binding sites in intron 2 of the IL-7R gene. We identified the significance of these mutations on IL-7R expression. We performed chromatin immunoprecipitation (ChIP) experiments to reveal the binding abilities of transcription factors to the IL-7R gene targeted with CRISPR/Cas9. In this study, we identified important transcription factors that control the survival of lymphocytes of the immune system.
Benzer Tezler
- Generation of Xanthomonas derived TALE proteins that inhibit gene transcription
Gen transkripsiyonunu baskılayan Xanthomonas kökenli TALE proteinlerinin oluşturulması
ŞEYDA ŞAZİYE TEMİZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET BATU ERMAN
- Lncrna Erıcd'nin düzenlenmesinde arıd3a'nın rolü
Role of arid3A in the regulation of LNCRNA Ericd
MOHAMMAD KAIFEE ARMAN
Doktora
Türkçe
2017
GenetikGaziantep ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ECİR ALİ ÇAKMAK
- Genome editing of the IL-7 receptor gene locus using talens
Il-7 almaç geni̇nde talen protei̇nleri̇ i̇le genom mühendi̇sli̇ği̇
GÜLPERİ YALÇIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyokimyaSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET BATU ERMAN
- Suppression of NFIb expression by gene targeting strategies
NFIb ifadesinin gen hedefleme stratejileriyle baskılanması
İBRAHİM OGUZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Structural investigations of the kelch-like-ECH-associated protein 1 at near-physiological conditions and computational analysis for new therapeutics discovery
Kelch benzeri ECH ilişkili protein 1'in fizyolojik şartlara yakınkoşullarda yapısal incelemeleri ve yeni terapötik keşifler için hesaplamalı analizleri
MERVE YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyofizikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HASAN DEMİRCİ