Geri Dön

Generation of Xanthomonas derived TALE proteins that inhibit gene transcription

Gen transkripsiyonunu baskılayan Xanthomonas kökenli TALE proteinlerinin oluşturulması

PDF İndir

  1. Tez No: 392290
  2. Yazar: ŞEYDA ŞAZİYE TEMİZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET BATU ERMAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Sabancı Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 145

Özet

Bu çalışmanın ilk bölümünde IL7R alfa gen bölgesindeki çeşitli transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinde oluşturulan transcription activator-like effector (TALE) nükleaz (TALEN) plazmidleri ile mütasyonlar oluşturmayı amaçladık. IL-7R geninin enhancer bölgesindeki NF-kappaB, Notch ve GR bağlanma bölgelerini hedefleyen 3 çift TALEN plazmidini oluşturduk. TALEN plazmidlerini hücrede ifade ederek mütasyonlu hücre hatları oluşturduk ve bu mütasyonların IL7R ifadesine etkisini araştırdık. Neuro-2a ve RLM11 hücre hatlarında oluşturduğumuz mütasyonları modifiye edilmiş RFLP yöntemi ile DNA sekanslaması ile belirledik. NF-kB bağlanma bölgesindeki mütasyonların IL-7R ifadesinde azalmaya neden olduğunu, Notch bağlanma bölgesindeki mütasyonların ise IL-7R ifadesini değiştirmediğini gözlemledik. Bu çalışmanın ikinci bölümünde, NF-kB proteinlerinin transkripsiyon aktivasyonundaki rolünü NF-kB bağlanma bölgelerine kompetitif olarak bağlanan TALE proteinleri ile inhibe etmeyi amaçladık. TNF-alfa uygulanmasına NF-kB translokasyonu sonucunda GFP ifadesi ile cevap veren reporter hücre hattındaki NF-kB bağlanma bölgesine bağlanacak TALE-dsRed füzyon proteinleri ifade eden plazmidler oluşturduk. TALE-dsRed füzyon proteinlerinin NF-kB proteininin bağlanmasini kompetitif olarak inhibe ederek reporter hücrelerde GFP ifadesini azalttığını gözlemledik. Çalışmalarımız, TALE ve TALEN proteinlerini gen transkripyonunu baskılayabileceğimizi göstermektedir.

Özet (Çeviri)

In the first part of this study, we aimed to mutate several transcription factor binding sites in the IL-7R alpha gene locus by generating transcription activator like effector (TALE) nucleases (TALEN) targeting these sites. We designed, constructed and expressed 3 pairs of TALENs targeting the NF-kappaB, Notch, and glucocorticoid receptor (GR) binding sites in the IL7R gene enhancer. We generated cell lines with insertion and deletion (INDEL) mutations induced by these TALENs at these target sites and determined the effects of these mutations on IL-7R alpha gene expression. We assessed TALEN induced mutations in murine Neuro-2a and RLM11 cell lines by a modified restriction fragment length polymorphism (RFLP) assay and by DNA sequencing. We demonstrate that mutations induced by TALEN pairs targeting the IL7R enhancer NF-kappaB site reduce IL-7R alpha gene expression, while mutations in the Notch binding site did not change IL-7R expression. In the second part of this study, we aimed to inhibit the transcription activation function of the NF-kB protein by competitive binding of target sites with TALE proteins. We generated plasmids encoding TALE-dsRed fusion proteins that were designed to bind NF-kB binding sites in a reporter cell line. TNF-alpha treatment of this cell line results in NF-kB nuclear translocation and a resultant increase in GFP fluorescence. TALE-dsRed fusion proteins with increasing numbers of DNA binding repeats competed for NF-kB binding to this reporter and resulted in reduced GFP expression upon TNF treatment. Our experiments demonstrate that TALENs and TALEs can efficiently inhibit gene transcription.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    843817

    Erişkin nöroloji kliniklerinde, serebrotendinöz ksantomatozis (CYX) hastalığının prevalansının belirlenmesine yönelik prospektif değerlendirmeli epidemiyolojik gözlem çalışması

    Prospective epidemiological observational study to determine the prevalence of cerebrotendinous xanthomatosis (CTX) disease in adult neurology clinics

    GUNEL GARDASHOVA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    NörolojiGaziantep Üniversitesi

    Nörolojik Bilimler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYLİN AKÇALI

  2. Tez No

    84578

    Dönel makine elemanları için iges tabanlı Cnc parça programının üretilmesi ve grafik simülasyonu

    Generation of CNC part programs for rotational machine components besed on IGES format

    METİN ATALAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Makine MühendisliğiSelçuk Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. SÜLEYMAN YILDIZ

  3. Tez No

    75713

    Generation of rainfall using disaggregation models

    Parçalara ayırma modelleri kullanılarak yağış miktarı üretilmesi

    ALİ İHSAN MARTI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1998

    İnşaat MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UYGUR ŞENDİL

  4. Tez No

    75741

    Generation of flexible process plans using feature recognition

    Parça elemanları yöntemiyle esnek imalat planlarının oluşturulması

    HAKAN BORAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1998

    Makine MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. S. ENGİN KILIÇ

  5. Tez No

    78093

    Yüksek doğru gerilimli enerji iletim sistemlerinde optimum DGM anahtarlama açılarının yapay sinir ağı ile üretilmesi

    Generation of optimum pulse width modulation switching angles by artificial neural network in high voltage direct current systems

    MUSTAFA FIRAT HANCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEFA AKPINAR

Geri Dön