Generation of Xanthomonas derived TALE proteins that inhibit gene transcription
Gen transkripsiyonunu baskılayan Xanthomonas kökenli TALE proteinlerinin oluşturulması
- Tez No: 392290
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET BATU ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 145
Özet
Bu çalışmanın ilk bölümünde IL7R alfa gen bölgesindeki çeşitli transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinde oluşturulan transcription activator-like effector (TALE) nükleaz (TALEN) plazmidleri ile mütasyonlar oluşturmayı amaçladık. IL-7R geninin enhancer bölgesindeki NF-kappaB, Notch ve GR bağlanma bölgelerini hedefleyen 3 çift TALEN plazmidini oluşturduk. TALEN plazmidlerini hücrede ifade ederek mütasyonlu hücre hatları oluşturduk ve bu mütasyonların IL7R ifadesine etkisini araştırdık. Neuro-2a ve RLM11 hücre hatlarında oluşturduğumuz mütasyonları modifiye edilmiş RFLP yöntemi ile DNA sekanslaması ile belirledik. NF-kB bağlanma bölgesindeki mütasyonların IL-7R ifadesinde azalmaya neden olduğunu, Notch bağlanma bölgesindeki mütasyonların ise IL-7R ifadesini değiştirmediğini gözlemledik. Bu çalışmanın ikinci bölümünde, NF-kB proteinlerinin transkripsiyon aktivasyonundaki rolünü NF-kB bağlanma bölgelerine kompetitif olarak bağlanan TALE proteinleri ile inhibe etmeyi amaçladık. TNF-alfa uygulanmasına NF-kB translokasyonu sonucunda GFP ifadesi ile cevap veren reporter hücre hattındaki NF-kB bağlanma bölgesine bağlanacak TALE-dsRed füzyon proteinleri ifade eden plazmidler oluşturduk. TALE-dsRed füzyon proteinlerinin NF-kB proteininin bağlanmasini kompetitif olarak inhibe ederek reporter hücrelerde GFP ifadesini azalttığını gözlemledik. Çalışmalarımız, TALE ve TALEN proteinlerini gen transkripyonunu baskılayabileceğimizi göstermektedir.
Özet (Çeviri)
In the first part of this study, we aimed to mutate several transcription factor binding sites in the IL-7R alpha gene locus by generating transcription activator like effector (TALE) nucleases (TALEN) targeting these sites. We designed, constructed and expressed 3 pairs of TALENs targeting the NF-kappaB, Notch, and glucocorticoid receptor (GR) binding sites in the IL7R gene enhancer. We generated cell lines with insertion and deletion (INDEL) mutations induced by these TALENs at these target sites and determined the effects of these mutations on IL-7R alpha gene expression. We assessed TALEN induced mutations in murine Neuro-2a and RLM11 cell lines by a modified restriction fragment length polymorphism (RFLP) assay and by DNA sequencing. We demonstrate that mutations induced by TALEN pairs targeting the IL7R enhancer NF-kappaB site reduce IL-7R alpha gene expression, while mutations in the Notch binding site did not change IL-7R expression. In the second part of this study, we aimed to inhibit the transcription activation function of the NF-kB protein by competitive binding of target sites with TALE proteins. We generated plasmids encoding TALE-dsRed fusion proteins that were designed to bind NF-kB binding sites in a reporter cell line. TNF-alpha treatment of this cell line results in NF-kB nuclear translocation and a resultant increase in GFP fluorescence. TALE-dsRed fusion proteins with increasing numbers of DNA binding repeats competed for NF-kB binding to this reporter and resulted in reduced GFP expression upon TNF treatment. Our experiments demonstrate that TALENs and TALEs can efficiently inhibit gene transcription.
Benzer Tezler
- Erişkin nöroloji kliniklerinde, serebrotendinöz ksantomatozis (CYX) hastalığının prevalansının belirlenmesine yönelik prospektif değerlendirmeli epidemiyolojik gözlem çalışması
Prospective epidemiological observational study to determine the prevalence of cerebrotendinous xanthomatosis (CTX) disease in adult neurology clinics
GUNEL GARDASHOVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
NörolojiGaziantep ÜniversitesiNörolojik Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYLİN AKÇALI
- Dönel makine elemanları için iges tabanlı Cnc parça programının üretilmesi ve grafik simülasyonu
Generation of CNC part programs for rotational machine components besed on IGES format
METİN ATALAY
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Makine MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SÜLEYMAN YILDIZ
- Generation of rainfall using disaggregation models
Parçalara ayırma modelleri kullanılarak yağış miktarı üretilmesi
ALİ İHSAN MARTI
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
İnşaat MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGUR ŞENDİL
- Generation of flexible process plans using feature recognition
Parça elemanları yöntemiyle esnek imalat planlarının oluşturulması
HAKAN BORAN
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Makine MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. S. ENGİN KILIÇ
- Yüksek doğru gerilimli enerji iletim sistemlerinde optimum DGM anahtarlama açılarının yapay sinir ağı ile üretilmesi
Generation of optimum pulse width modulation switching angles by artificial neural network in high voltage direct current systems
MUSTAFA FIRAT HANCI
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiKaradeniz Teknik ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEFA AKPINAR