Developing and genetic mapping of simple sequence repeat (SSR) markers in walnut
Cevizde basit dizi tekrarları (SSR) ile primer geliştirme ve genetik haritalama
- Tez No: 394581
- Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Literatürde cevizde bugüne kadar yayımlanan SSR (Basit Dizi Tekrarları) markör sayısı yeterli değildir ve SSR tabanlı bir genetik haritada da bulunmamaktadır. Bu nedenle, bu çalışmanın birinci amacı cevizde gelecekte yapılacak genetik çalışmalarda kullanılmak üzere yeni SSR markör geliştirmektir. Bu çalışmanın ikinci amacı ise Chandler x Kaplan-86 F1 populasyonunu kullanarak cevizde ilk SSR tabanlı genetik haritayı oluşturmaktır. Bu çalışmada, J. regia'da 558 BES-SSR primer çifti dizayn edildi ve bunlardan 507 primer (%91) çifti başarılı olarak amplifikasyon göstermiştir. Polimorfik 307 SSR primer çifti 2 ile 11 arasında, toplamda 1097 allel ve lokus başına ortalama 3.6 adet allel üretmiştir. Polimorfizim bilgi içeriği (PBİ) değeri 0.11 ile 0.88 arasında değişmiş ve ortalama 0.46 olarak belirlenmiştir. Bu çalışmada, cevizde bugüne kadar geliştirilen tüm SSR markörleri kullanılarak genetik harita oluşturulmuş ve 285 SSR markörü 16 bağlantı grubu üzerinde haritalanmıştır. Toplam harita uzunluğu 1.320,2 cM ve markörler arasındaki ortalama uzaklık 4.63 cM olarak belirlenmiş olup bağlantı gruplarının uzunluğu 40.8 cM (LG16) ile 143.6 cM (LG8) arasında yer almıştır. Markörler arası ortalama mesafe 2.63 cM (LG10) ile 8.38 cM (LG15) arasında değişmiştir. Bağlantı gruplarındaki markör sayısı 6 (LG16) ile 27 adet (LG3) arasında değişmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada yeni geliştirilen SSR markörleri ile birlikte cevizde SSR tabanlı ile genetik harita oluşturulmuştur. Buna karşın, oluşturulan haritadaki kısa bağlantı gruplarını uzatmak ve haritadaki mevcut boşlukları doldurmak için daha fazla SSR markörün geliştirilmesine ve haritalanmasına gereksinim vardır.
Özet (Çeviri)
There are not adequate number of published SSR (simple sequence repeat) markers, and there is no a SSR-based genetic linkage map for walnut in the literature. Therefore, the first objective of this study was to develop new SSR markers in walnut for further genetic studies. The second objective of this study was to construct a SSR-based genetic linkage map using Chandler x Kaplan-86 F1 population in walnut. A total of 558 bacterial artificial chromosome end sequences (BES-SSR) primer pairs from J. regia were designed and 507 primers (91%) had successfully amplification patterns. A total of 1097 alleles were generated from 307 polymorphic SSR primers, ranging from 2 to 11, with an average of 3.6 per locus. Polymorphism information contents (PIC) varied from 0.11 to 0.88 with an average of 0.46. Walnut consensus map was successfully constructed, and 285 SSR loci were mapped along with 16 linkage groups. The total map length was 1.320,2 cM, with a mean marker density of 4.63 cM. The LG length varied from 40.8 cM (LG16) to 143.6 cM (LG8). The average marker distance varied from 2.63 (LG10) to 8.38 (LG15). The number of markers changed between 6 (LG16) to 27 (LG3). In conclusion, the first SSR genetic linkage map of walnut was constructed with the new SSR markers developed in this study. However, more SSR markers are necessary to extent the short linkage groups and to fill gaps in the current map.
Benzer Tezler
- Patlıcanda yeni nesil dizileme verileri kullanılarak indel markörlerin geliştirilmesi
Development of indel markers in eggplant using new generation sequencing data
ATİYE ARICAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE İKTEN
- Cevizde yeni SSR primerlerinin geliştirilmesi
Developing new SSR markers in walnut
SEÇKİN KARATAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Farklı elma tür ve çeşitlerinde bazı agronomik özellikler için ilişki haritalaması
Association mapping for some agronomic characteristics in different apple species and varieties
MERVE AREFE YİĞİT
- Dokuma kumaşlarda örgü tipinin ham kumaşın boyutları ve geometrik özellikleri üzerindeki etkilerinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
EMEL ÖNDER
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER
- Düz atkı örme kumaşlarda ilmek eğikliğinin iplik özellikleri ile ilişkisi üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
FATMA ÇEKEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜNGÖR BAŞER