Geri Dön

Developing and genetic mapping of simple sequence repeat (SSR) markers in walnut

Cevizde basit dizi tekrarları (SSR) ile primer geliştirme ve genetik haritalama

  1. Tez No: 394581
  2. Yazar: ADI SURYA IKHSAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Çukurova Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 112

Özet

Literatürde cevizde bugüne kadar yayımlanan SSR (Basit Dizi Tekrarları) markör sayısı yeterli değildir ve SSR tabanlı bir genetik haritada da bulunmamaktadır. Bu nedenle, bu çalışmanın birinci amacı cevizde gelecekte yapılacak genetik çalışmalarda kullanılmak üzere yeni SSR markör geliştirmektir. Bu çalışmanın ikinci amacı ise Chandler x Kaplan-86 F1 populasyonunu kullanarak cevizde ilk SSR tabanlı genetik haritayı oluşturmaktır. Bu çalışmada, J. regia'da 558 BES-SSR primer çifti dizayn edildi ve bunlardan 507 primer (%91) çifti başarılı olarak amplifikasyon göstermiştir. Polimorfik 307 SSR primer çifti 2 ile 11 arasında, toplamda 1097 allel ve lokus başına ortalama 3.6 adet allel üretmiştir. Polimorfizim bilgi içeriği (PBİ) değeri 0.11 ile 0.88 arasında değişmiş ve ortalama 0.46 olarak belirlenmiştir. Bu çalışmada, cevizde bugüne kadar geliştirilen tüm SSR markörleri kullanılarak genetik harita oluşturulmuş ve 285 SSR markörü 16 bağlantı grubu üzerinde haritalanmıştır. Toplam harita uzunluğu 1.320,2 cM ve markörler arasındaki ortalama uzaklık 4.63 cM olarak belirlenmiş olup bağlantı gruplarının uzunluğu 40.8 cM (LG16) ile 143.6 cM (LG8) arasında yer almıştır. Markörler arası ortalama mesafe 2.63 cM (LG10) ile 8.38 cM (LG15) arasında değişmiştir. Bağlantı gruplarındaki markör sayısı 6 (LG16) ile 27 adet (LG3) arasında değişmiştir. Sonuç olarak, bu çalışmada yeni geliştirilen SSR markörleri ile birlikte cevizde SSR tabanlı ile genetik harita oluşturulmuştur. Buna karşın, oluşturulan haritadaki kısa bağlantı gruplarını uzatmak ve haritadaki mevcut boşlukları doldurmak için daha fazla SSR markörün geliştirilmesine ve haritalanmasına gereksinim vardır.

Özet (Çeviri)

There are not adequate number of published SSR (simple sequence repeat) markers, and there is no a SSR-based genetic linkage map for walnut in the literature. Therefore, the first objective of this study was to develop new SSR markers in walnut for further genetic studies. The second objective of this study was to construct a SSR-based genetic linkage map using Chandler x Kaplan-86 F1 population in walnut. A total of 558 bacterial artificial chromosome end sequences (BES-SSR) primer pairs from J. regia were designed and 507 primers (91%) had successfully amplification patterns. A total of 1097 alleles were generated from 307 polymorphic SSR primers, ranging from 2 to 11, with an average of 3.6 per locus. Polymorphism information contents (PIC) varied from 0.11 to 0.88 with an average of 0.46. Walnut consensus map was successfully constructed, and 285 SSR loci were mapped along with 16 linkage groups. The total map length was 1.320,2 cM, with a mean marker density of 4.63 cM. The LG length varied from 40.8 cM (LG16) to 143.6 cM (LG8). The average marker distance varied from 2.63 (LG10) to 8.38 (LG15). The number of markers changed between 6 (LG16) to 27 (LG3). In conclusion, the first SSR genetic linkage map of walnut was constructed with the new SSR markers developed in this study. However, more SSR markers are necessary to extent the short linkage groups and to fill gaps in the current map.

Benzer Tezler

  1. Cevizde yeni SSR primerlerinin geliştirilmesi

    Developing new SSR markers in walnut

    SEÇKİN KARATAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    ZiraatÇukurova Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH KAFKAS

  2. Brachypodium distachyon (L.) P. Beauv.'da morfolojik ve moleküler karakterizasyon

    Morphologic and molecular characterization in Brachypodium distachyon (L.)P. Beauv.

    GÜLSEMİN SAVAŞ TUNA

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    ZiraatNamık Kemal Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İSMET BAŞER

  3. Disease gene identification using linkage and exome analyses

    Bağlantı ve ekzom analizleri kullanarak hastalık geni keşfi

    İLKER KARACAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  4. Energy and buffer aware application mapping for networks on chip

    Yonga üzeri ağlar için enerji ve arabelleğe duyarlı uygulama eşleştirme

    COŞKUN ÇELİK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CÜNEYT F. BAZLAMAÇCI