Cevizde yeni SSR primerlerinin geliştirilmesi
Developing new SSR markers in walnut
- Tez No: 478715
- Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Ceviz, J. regia, SSR, mikrosatellit, Walnut, J. regia. SSR, microsatellite
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 58
Özet
Cevizde referans genetik harita oluşturmak için çok sayıda basit dizi tekrarlarından (SSR) elde edilmiş polimorfik primerlere gereksinim vardır. Ancak literatürde yayımlanan SSR sayısı yeterli değildir. Bu nedenle, bu çalışmanın amacı, ileride cevizde genetik haritalama çalışmalarında kullanmak üzere yeni SSR primerleri geliştirmektir. Bu çalışma kapsamında gen bankasındaki Juglans regia'ya ait yapay bakteriyel kromozom dizilerindeki tekrar bölgelerden (BES-SSR) 200 adet SSR primer çifti dizayn edilmiştir. Tüm SSR primerleri 16 adet yerli ve yabancı ceviz çeşitlerinde hem bant üretme hem de polimorfizm bakımından analiz edilmiştir. Bunlardan 190 adet SSR primer çifti (%95) başarılı olarak amplifiye olmuş ve 92 adet primer çifti ise polimorfik bulunmuştur. Polimorfik 92 SSR primer çifti 2 ile 11 arasında, toplamda 324 ve lokus başına ortalama 3.6 adet allel üretmiştir. Polimorfizim bilgi içeriği (PBİ) değeri 0.11 ile 0.88 arasında değişmiş ve ortalama 0.46 olarak belirlenmiştir. Elde edilen soyağacı yerli ve yabancı ceviz çeşitlerini iki gruba ayırmıştır. Sonuç olarak, bu çalışmada kapsamında cevizde ileride genetik çalışmalarda kullanılmak üzere 92 adet yeni polimorfik SSR primer geliştirilmiştir.
Özet (Çeviri)
It is necessary to have many polymorphic SSR (Simple Sequence Repeat) markers to construct a genetic linkage map in walnut. However, there are no adequate number of SSR markers in the literature. Therefore, the main objective of this study was to develop novel SSR markers for further genetic linkage mapping studies in walnut. For this purpose, a total of 200 SSR primer pairs were designed from bacterial artificial chromosome end sequences (BES-SSR) deposited in Genbank. All the SSR loci were tested for amplification and polymorphism in 16 local and foreign cultivars. A total of 190 (95%) SSR loci were amplified successfully and 92 were polymorphic. Polymorpphic loci produced 324 alleles ranging between 2 to 11 with an average of 3.6 alleles. primer pairs from J. regia were designed and 190 primers (95%) had successfully amplification patterns. Polymorphism information contents (PIC) varied from 0.06 to 0.87 with an average of 0.42. The dendrogram separated local and foreign walnut cultivars in two groups. In conclusion, 92 polymorphic SSR markers were developed in this study to use them in further genetic studies in walnut.
Benzer Tezler
- Antep fıstığı SSR lokuslarından yeni ISSR primerlerinin geliştirilmesi
Development of new ISSR primers from pistachio SSR loci
ÖZNUR KARADUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Developing and genetic mapping of simple sequence repeat (SSR) markers in walnut
Cevizde basit dizi tekrarları (SSR) ile primer geliştirme ve genetik haritalama
ADI SURYA IKHSAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Bazı yeni ceviz çeşitlerinin alternatif tozlayıcılarının belirlenmesi
Determination of alternative pollinators of some new walnut varieties
EBRU ŞERBETÇİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SÜTYEMEZ
DR. ÖĞR. ÜYESİ SELMA BOYACI
- Implementation of IPM strategies to control bacterial diseases of stone fruits and nuts caused by copper resistant/ tolerant pseudomonads and xanthomonads
Bakıra dayanıklı/ tolerant pseudomonads ve xanthomonads'ların sert çekirdekli meyveler ve cevizde neden oldukları bakteriyel hastalıkların kontrolünde tamamlayıcı IPM stratejileri
İREM ALTIN
Doktora
İngilizce
2021
ZiraatTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA MİRİK
PROF. DR. EMİLİO STEFANI
- Chandler x kaplan-86 F1 ceviz populasyonunda QTL-seqharitalama yöntemi kullanılarak hasat tarihi ile bağlantılıDNA markörlerinin geliştirilmesi
Development of DNA markers associated with harvest date using QTL-seq method in chandler x kaplan-86 F1 walnut population
MURAT KAZAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS