Geri Dön

Klinik Pseudomonas aeruginosa izolatlarında β-laktamaz direnç genlerinin taranması ve yeni bir metallo-β-laktamazın (VIM-38) karakterizasyonu

Screening of β-lactamase resistance genes clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa and characterization of a new metallo-β-lactamase (VIM-38)

PDF İndir

  1. Tez No: 397143
  2. Yazar: AZER ÖZAD DÜZGÜN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CEMAL SANDALLI
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 138

Özet

Bu doktora tezinde, 104 P. aeruginosa suşu çalışılmıştır.Antibiyogram sonucuna göre izolatlardan 24 tanesinin çoklu ilaç-dirençli olduğu belirlendi. Tüm izolatlarda beta-laktam direnç genlerinin varlığı PZR yöntemiyle değerlendirildi ve 104 örnekten birinin GES diğerinin ise VIM pozitif olduğu tespit edildi. DNA dizi analizine göre, GES'in %100 GES-5'e, VIM tipi MBL'in ise bir aminoasit farkla (Ala265Val) %99 VIM-5'e benzediği belirlendi. Bu yeni varyant VIM-38 olarak adlandırıldı ve nükleotid sırası GenBank'a giriş yapılarak kayıt numarası alındı (Kayıt No: KC469971). blaVIM-38 pET-28a ekspresyon vektörüne klonlanarak Ni-afinite ve jel filtrasyon kromotografisi ile saflaştırıldı. Kütle spektrometresi kullanılarak VIM-5 ve VIM-38'in kütleleri belirlendi ve proteinlerin bir veya iki çinko iyonu içerdikleri doğrulandı. Aynı deneysel koşullar altında VIM-1, VIM-2 ve VIM-5 enzimleri ile karşılaştırmalı olarak VIM-38 enziminin detaylı kinetik ve biyokimyasal karakterizasyonu yapıldı. Genel olarak, VIM varyantları test edilen β-laktam substratlara karşı katalitik etkinliklerinde çok az farklılıklar görüldü. Sefalothin ve nitrosefin tüm VIM varyantları tarafından eşit hidroliz edildi. Sefoksitin için VIM-2, VIM-5 ve VIM-38 ile VIM-1 karşılaştırıldığı zaman VIM-1 çok düşük kcat/Km değerine sahiptir ve aralarında yaklaşık 6 kat fark vardır. VIM-38 VIM-5 enzimi ile karşılaştırıldığı zaman seftazidim için yaklaşık 10 kat düşükkcat/Km değerine sahip olduğu belirlendi. VIM varyantları üzerine triptofan türevleri ile yapılan inhibisyon araştırmasında özellikle VIM-5 ve VIM-38 enzimlerinin en düşük %KA sahip olduğu görüldü. Test edilen inhibitörler tarafından VIM-1 hiç inhibe olmazken VIM-2'nin zayıf bir şekilde inhibe edildi. Enzimlerin çok yakın CD spektrasına ve sekonder yapıya sahip oldukları belirlendi. VIM-5 ve VIM-38 enzimleri VIM-1 ve VIM-2 ile karşılatırıldıkları zaman çok daha kararlı oldukları tespit edildi.

Özet (Çeviri)

In this dissertation, 104 P. aeruginosa clinical isolates were investigated. According to antibiotic resistance profile, 24 isolates were considered as a multidrug resistant. The presence of beta-lactam resistance gene in all strains evaluated using the PCR method and one of the 104 samples was determined that while the GES other VIM positive. According to DNA sequence analysis revealed that GES is the closest 100% to GES-5, VIM type MBL's is exhibiting one amino acid substitution (Ala265Val) in comparison to the closest 99%, VIM-5. This novel blaVIM variant, named VIM-38 and the nucleotide sequences of the new VIM allel was submitted to the GenBank database and can be found under accession number KC469971. blaVIM-38 cloned into the expression vector pET-28a, protein is purified by Ni-affinity and gel filtration chromatography.Mass spectrometric analysis validated the identities of VIM-5, VIM-38 and confirmed the binding of two or one metal ions for each of the proteins. Under the same experimental conditions, VIM-38 enzyme were performed with detailed kinetic and biochemical characterization of as compared to VIM-1, VIM-2 and VIM-5. Overall, the VIM variants tested showed minimal differences in their catalytic efficiencies towards the tested β-lactam substrates. Cephalothin and nitrocefin were equally hydrolysed by all the tested VIM variants. For cefoxitin VIM-2, VIM-5 and VIM-38 compared to VIM-1 had the lowest kcat/Km values; >6 fold higher. VIM-38 had a ~10 times lowerkcat/Kmvalue for ceftazidime compared to VIM-5. The tryptophan derivatives were shown to have the lowest RA% particularly for VIM-5 and VIM-38. VIM-1 was not inhibited by any of the tested compounds while VIM-2 was only weakly inhibited. The enzymes had very similar CD spectra and secondary structures. VIM-38 and VIM-5 were the most stable variants compared to VIM-1 and to VIM-2.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    505156

    Epidemiological study of Pseudomonas aeruginosa using different molecular typing methods

    Farklı moleküler tiplendirme metotları kullanılarak Pseudomonas aeruginosa'nın epidemiyolojik olarak araştırılması

    MARWAN KHALIL QADER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyolojiVan Yüzüncü Yıl Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN SOLMAZ

  2. Tez No

    663679

    Kastamonu eğitim ve araştırma hastanesinden izole edilen seftazidime dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarında PER-1 ve OXA-10 benzeri genişlemiş spektrumlu βeta-laktamaz varlığının araştırılması

    Investigation of the presence of PER-1 and OXA-10 like extended spectrum βeta-lactamases in ceftazidime resistant Pseudomonas aeruginosa strains from Kastamonu training and research hospital

    SARAH AKAR ALI AL-OGAILI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    GenetikKastamonu Üniversitesi

    Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU

  3. Tez No

    780202

    Farklı klinik örneklerden izole edilen çoklu ilaca dirençli Pseudomonas aerugınosa izolatlarının beta-laktamaz profilleri

    Beta-lactamases profile among multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa isolate from different clinical samples

    DHULFIQAR HAMID HAMZAH AL-JANABI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyolojiÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞİNASİ AŞKAR

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HUSSEİN OLEİOWİ MUTTALAB AL-DAHMOSHI

  4. Tez No

    456958

    Pseudomonas aeruginosa klinik izolatlarında beta-laktamaz direnç genleri ile integronların belirlenmesi ve bazı bitki ekstrelerinin dirençli izolatlar üzerine etkisinin araştırılması

    Investigation of beta-lactamases genes and integron cassettes in Pseudomonas aeruginosa clinical isolates and effects of some plant extract on resistant isolates

    ESMA AKYILDIZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. FATİH ŞABAN BERİŞ

  5. Tez No

    803438

    2018-2021 yılları arasında hastanemiz yoğun bakım ünitelerinden gönderilen kan kültürü ve alt solunum yolu örneklerinden izole edilen gram negatif bakterilerin antibiyotik duyarlılık verileri ve direnç profiline COVİD-19 pandemisinin etkisi

    The effect of the COVİD-19 pandemic on the antibiotic susceptibility data and resistance profile of gram-negative bacteria isolated from blood cultures and lower respiratory tract samples sent from the intensive care units of OUR hospital between 2018-2021

    DİDEM ÖZKAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiSağlık Bakanlığı

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYFER BAKIR

Geri Dön