Geri Dön

A virtual screening procedure combining pharmacophore filtering and molecular docking with the lie method

Başlık çevirisi mevcut değil.

PDF İndir

  1. Tez No: 402991
  2. Yazar: GÜZİN TUNCA
  3. Danışmanlar: DR. XAVIER DAURA
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Tıbbi Biyoloji, Biotechnology, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Unıversıtat Autónoma de Barcelona
  10. Enstitü: Yurtdışı Enstitü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Özet yok.

Özet (Çeviri)

Virtual screening plays a central role in the world of drug discovery today. In silico testing allows to screen millions of small molecules and to choose only the most promising ones for experimental testing. To find potential drug candidates, it is crucial to bring together individual and complementary computational tools. In this thesis, I describe an automated virtual screening procedure that combines pharmacophore modeling and searches, high-throughput molecular docking, consensus scoring and binding free energy estimation with the linear interaction energy (LIE) method through molecular dynamics simulations. One goal of this thesis was to build an evolving and versatile virtual screening methodology, which enables integration of different tools at different steps. The procedure that started as a combination of a simple size filter, molecular docking and consensus scoring, advanced into an elaborate and automated computational workflow with the addition of pharmacophore searches and binding free energy estimation with LIE. This integrated method intends to compensate for weaknesses of individual structure-based techniques and allows the evaluation and comparison of the performance and accuracy of these techniques. Another important goal was to apply the computational workflow to target proteins and find hits that could be drug candidates. Experimental testing performed for human acid β-Glucosidase and bleomycin hydrolase indicate that several small molecules selected by the computational workflow display micromolar inhibitory activity. The standard LIE method used in this work was applied to more than ten thousand ligand-protein complexes for three different targets, which is, to our knowledge, the first time application of LIE at such large scale.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    636315

    Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi

    Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods

    GÜLŞAH AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Biyofizikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

  2. Tez No

    619680

    In silico screening of potential peroxisome proliferator-activated receptors (Alpha-gamma) ppars α/γ for the treatment of human diabetic mellitus (DM)

    Potansiyel peroksısom prolıferatörü aktif alıcıların (Alpha-gamma) ppars α / γ insan dıabetik mellitlerinin (DM) tedavisi için siliko ekranında

    FARAH ISMAEL ABDULJABBAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyolojiKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    Professor Dr. KEMAL YELEKÇİ

  3. Tez No

    905056

    Pap smear işlemi esnasında uygulanan sanal gerçeklik gözlüğünün anksiyete, ağrı ve hasta memnuniyetine etkisi: randomize kontrollü çalışma

    Effect of virtual reality glasses applied during pap smear procedure on anxiety, pain and patient satisfaction: randomized controlled study

    RUKEN SEVEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Kadın Hastalıkları ve DoğumDüzce Üniversitesi

    Hemşirelik Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HACER GÜLEN SAVAŞ

  4. Tez No

    767745

    Yara bakımında sanal gerçeklik uygulamasının ağrıya etkisinin sistematik bir derlemesi ve meta analizi

    A systematic review and META-analysis of the effect of virtual reality application on pain in wound care

    ÖMER TAŞÇI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    HemşirelikAtatürk Üniversitesi

    Cerrahi Hastalıklar Hemşireliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NADİYE ÖZER

    DOÇ. DR. NAZIM ÇOĞALTAY

  5. Tez No

    940491

    Diyabetik ayak pansumanı sırasında sanal gerçeklik uygulamasının ağrı ve anksiyete üzerine etkisi

    The effect of virtual reality application on pain and anxiety during diabetic foot dressing.

    SEDAT DOĞAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    HemşirelikHasan Kalyoncu Üniversitesi

    Hemşirelik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NERMİN OLGUN

Geri Dön