Geri Dön

A virtual screening procedure combining pharmacophore filtering and molecular docking with the lie method

Başlık çevirisi mevcut değil.

  1. Tez No: 402991
  2. Yazar: GÜZİN TUNCA
  3. Danışmanlar: DR. XAVIER DAURA
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Tıbbi Biyoloji, Biotechnology, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Universitat Autónoma de Barcelona
  10. Enstitü: Yurtdışı Enstitü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 150

Özet

Özet yok.

Özet (Çeviri)

Virtual screening plays a central role in the world of drug discovery today. In silico testing allows to screen millions of small molecules and to choose only the most promising ones for experimental testing. To find potential drug candidates, it is crucial to bring together individual and complementary computational tools. In this thesis, I describe an automated virtual screening procedure that combines pharmacophore modeling and searches, high-throughput molecular docking, consensus scoring and binding free energy estimation with the linear interaction energy (LIE) method through molecular dynamics simulations. One goal of this thesis was to build an evolving and versatile virtual screening methodology, which enables integration of different tools at different steps. The procedure that started as a combination of a simple size filter, molecular docking and consensus scoring, advanced into an elaborate and automated computational workflow with the addition of pharmacophore searches and binding free energy estimation with LIE. This integrated method intends to compensate for weaknesses of individual structure-based techniques and allows the evaluation and comparison of the performance and accuracy of these techniques. Another important goal was to apply the computational workflow to target proteins and find hits that could be drug candidates. Experimental testing performed for human acid β-Glucosidase and bleomycin hydrolase indicate that several small molecules selected by the computational workflow display micromolar inhibitory activity. The standard LIE method used in this work was applied to more than ten thousand ligand-protein complexes for three different targets, which is, to our knowledge, the first time application of LIE at such large scale.

Benzer Tezler

  1. Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi

    Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods

    GÜLŞAH AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

  2. In silico screening of potential peroxisome proliferator-activated receptors (Alpha-gamma) ppars α/γ for the treatment of human diabetic mellitus (DM)

    Potansiyel peroksısom prolıferatörü aktif alıcıların (Alpha-gamma) ppars α / γ insan dıabetik mellitlerinin (DM) tedavisi için siliko ekranında

    FARAH ISMAEL ABDULJABBAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyolojiKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    Professor Dr. KEMAL YELEKÇİ

  3. Virtual screening and docking of potential Protein Kinase B inhibitors

    Potansiyel Protein Kinaz B inhibitörlerinin sanal taraması ve doklanması

    SEVAL KENAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KUTLU ÜLGEN

    YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI

  4. Ortaokul öğrencilerinin siber zorbalık yaşama düzeyleri ile siber zorbalığın öğrenciler üzerindeki etkileri ve öğrencilerin siber zorbalıkla baş etme stratejileri

    Cyber victimization among secondary school students, the impacts of cyberbullying and students' coping strategies with cyberbullying

    GAMZE ÖZER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Eğitim ve ÖğretimGazi Üniversitesi

    Eğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NECATİ CEMALOĞLU

  5. Molecular docking study on the DNA binding domain of master regulator of the mammalian HSR protein

    Baş düzenleyici memeli HSR proteininin DNA bağlanma bölgesi üzerine moleküler kenetleme çalışması

    GÜLBAHAR BOZAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURCAN TÜZÜN

    PROF. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR