Biyolojik toplulukların ve gelişen ağ yapılarının dolaşık doğa modeli ile incelenmesi
Investigation of biological communities and their developing network structure with tangled nature model
- Tez No: 406089
- Danışmanlar: PROF. DR. OSMAN CANKO
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biology, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 153
Özet
Ekosistemdeki biyolojik toplulukların evrimsel süreci, birey tabanlı eş evrimleşme modeli olan Dolaşık Doğa Modeli ile incelendi. Eş-evrimleşme olayını gözlemlemek için, canlı türlerin bir arada yaşadığı fiziksel çevredeki değişiklikler ihmal edildi. Basitlik için genotip ve fenotip arasında ayrım yapılmadı. Bütün türler genotip uzayında düşünüldü. Simülasyon sonuçlarına göre, evrimsel süreçte topluluktaki çeşitlilik ve toplam popülasyon artmaktadır. Çeşitliliğin ve toplam popülasyonun artışından dolayı topluluğun kompleksliliği artmaktadır. Bu komplekslik artışı dinamik ağ yapısıyla incelendi. Ağ yapısını analiz edebilmek için, bazı ağ parametrelerinin zamanla değişimi incelendi. Elde edilen sonuçlar gerçek dünyadaki evrimsel ağ sistemleri ile karşılaştırıldı ve uyumluluk gözlendi. Evrimsel süreç içerisinde, biyolojik çeşitliliğin kökeninin araştırılması için önemli olan soy ağacı çıkarımı yapıldı. Elde edilen soy ağacı, literatürde geniş çapta kullanılan En Fazla Olabilirlik ve Komşu Kurma metotları ile tahmin edilen soy ağaçları ile karşılaştırıldı. Metotların yaptıkları tahminlerin doğrulukları nümerik olarak analiz edildi. Topluluk yapısı, soy ağacındaki türlerin ağ yapısı için elde edildi. Topluluktaki grup sayısının gerçek dünyadaki bazı yiyecek ağları ile uyumlu olduğu görüldü.
Özet (Çeviri)
The evolutionary process of biological communities in ecosystem was be investigated with Tangled Nature Model which is an individual based co-evolutionary model. Changing in the physical environment in which co-exist the living species was be neglected to observe co-evolution phenomenon. The distinction between genotype and the phenotye was not be made for simplicity. All of the species were be thought in the genotype space. According to simulation results, diversity and total population increase in evolutionary process. The complexity of the community is increase because of the increasing of the diversity and the total population. This increasing of the complexity is analysed with dynamic network structure. Some network parameters changing with time are examined in order to analysed the network structure. The obtained results are compared with the evolutionary network system in the real world and compatibility is observed. In the evolutionary process, inference of the phylogenetic tree which is important to investigate the origin of biological diversity is made. The obtained phylogenetic tree is compared with phylogenetic trees which is estimated with Maximum Likelihood and Neighbor-Joining methods which is widely used in literature. The accuracy of estimates which is made these methods is analysed numerically. The community structure is obtained for the network structure of species in the phylogenetic tree. It is observed that the number of group in the community is compatible with some food webs in the real world.
Benzer Tezler
- Korteks davranışının vuru üreten hücre modeli ile incelenmesi
Analysis of cortex behavior by a spiking neuron model
YUSUF KUYUMCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. NESLİHAN SERAP ŞENGÖR
- Kentsel katı atık düzenli depolama tesisi sızıntı suyunda Yarrowia lipolytica'nın çoğaltılması
Growth of Yarrowia lipolytica in sanitary landfill leachate
SARE KARŞİT
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MAHMUT ALTINBAŞ
- Polyacrylonitrile based nanofibers with conductive polymers and their stabilization
İletken polimerler içeren poliakrilonitril tabanlı nanolifler ve stabilizasyonu
EZGİ İŞMAR ŞİR
Doktora
İngilizce
2019
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDÜLKADİR SEZAİ SARAÇ
- Anaerobic treatment of diluted waste from poultry industry and quantification of microbial communities
Seyreltik kanatlı hayvan endüstrisi atıklarının havasız arıtımı ve mikrobiyal toplulukların kantitatif analizi
AİGERİM JAXYBAYEVA
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN İNCE
- Determination of nanotoxicological effects of silver (Ag0) and aluminium (Al0) nanoparticles on microbial community structure in activated sludge
Gümüş (Ag0) ve aluminyum (Al0) nanoparçacıklarının aktif çamurdaki mikrobiyal yapıya olan nanotoksikolojik etkilerinin belirlenmesi
ELİF BUKET PARLAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL KOYUNCU