Geri Dön

Samsun ilinde yetiştirilen yazlık sebzelerde enfeksiyon oluşturan Cucumber mosaic virus (CMV) izolatlarının karakterizasyonu ve konukçu-simptom-satellit RNA ilişkilerinin araştırılması

Characterization of Cucumber mosaic virus (CMV) isolates infecting summer-grown vegetable crops in Samsun province and investigations on host-symptom-satellite RNA interactions

  1. Tez No: 406156
  2. Yazar: SEVCAN SARI
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MİRAY SÖKMEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Ziraat, Agriculture
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 143

Özet

Cucumber mosaic virus (CMV), yazlık sebzelerde ekonomik kayıplara neden olan virüslerin başında yer almaktadır. CMV izolatları subgrup I ve II olarak iki ana alt gruba ayrılmaktadır. Subgrup I izolatları ise kendi içerisinde Subgrup IA ve Subgrup IB olarak gruplandırılmaktadır. Bu çalışmada, Samsun ilinde yazlık sebze yetiştirilen alanlarda CMV'nin subgruplarının belirlenmesi amacıyla 2012 ve 2013 yıllarında domates, biber, kavun, karpuz ve hıyar üretimi yapılan alanlardan toplam 661 yaprak örneği toplanmıştır. Alınan örnekler CMV'ye spesifik poliklonal antiserum kullanılarak DAS-ELISA yöntemi ile test edilmiştir. Test sonucunda 2012 yılına ait örneklerin % 31.1' inin, 2013 yılına ait örneklerin ise % 18.67' sinin CMV ile enfekteli olduğu belirlenmiştir. CMV enfeksiyonundan en fazla etkilenen ürün grubunun biber (% 31.1) olduğu, bunu sırasıyla hıyar (% 20.5), domates (% 15.2), karpuz (% 11.3) ve kavunun (% 2.8) takip ettiği saptanmıştır. 2013 yılına ait Samsun CMV izolatlarının % 27.8' i Subgrup I olarak ayrılmıştır. Örneklerin büyük bir kısmının (% 67.6) subgrubu serolojik olarak belirlenememiştir. Sadece 2 örneğin (% 1.85) Subgrup II ve 3 örneğin (% 2.78) hem CMV Subgrup I hem de Subgrup II ile karışık enfekteli olduğu saptanmıştır. CMV ile enfekteli domates, kavun ve karpuz örneklerinin serolojik olarak subgruplarının belirlenmesi mümkün olmamıştır. Kılıf protein bölgesinin PCR-RLFP analizi, bir kavun ve bir hıyar izolatının subgrup II olarak tespitini sağlamıştır. Çalışmada ayrıca, CARNA-5 spesifik primerler ile CMV izolatlarının satellit RNA içerip içermediği RT-PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Karpuz bitkisinden izole edilen tek örnekte (VeKar-13-1) CARNA-5 spesifik primer için beklenen büyüklüğün (385 bp) üzerinde 500 bp'lik bir ürün elde edilmiştir.

Özet (Çeviri)

Cucumber mosaic virus (CMV), is one of the most devastating virus causing infections in summer crops. CMV isolates are classified in two subgroups, Subgroup I and Subgroup II. Also, CMV Subgroup I isolates were grouped as Subgroup IA and IB. In this study, a total 661 leaf samples were collected from tomato, pepper, melon, watermelon and cucurbit grown areas in 2012 and 2013. Samples were tested by double antibody sandwich enyzme linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) by using virus-specific polyclonal antisera. Of the samples tested, 31.1% and 18.67% were found to be infected with CMV in 2012 and 2013, respectively. The most affected crops were pepper (31.1%), followed by cucumber (20.5%), tomato (15.2%), watermelon (11.3%) and melon (2.8%). Of the CMV isolates determined in Samsun province in 2013, 27.8% were identified as Subgroup I. Subgroups of the vast majority of the samples (67.6%) could not be determined by serologically. Only two samples (1.85%) were determined as subgroup II and 3 samples (2.78%) as mix-infected by both subgroups. Tomato, melon and watermelon samples did not react with subgroup-specific antisera. PCR-RFLP analysis of the coat protein gene region of CMV made possible to classify two more CMV isolates as Subgroup II. In this study, CARNA-5 specific primers were used to determine satellite RNAs in CMV-infected samples by RT-PCR. An unexpected product of 500 bp, instead of 385 bp, was obtained in a sample of watermelon (VeKar-13-1).

Benzer Tezler

  1. Bafra ve Çarşamba ovalarında yetiştirilen yazlık ve kışlık sebze çeşitlerinde bulunan akar türleri ve populasyon yoğunluklarının belirlenmesi

    Determination of mite species and their population densities on summer and winter vegetables in Bafra and Carsamba plains

    FATMA ÖKSÜZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEBAHAT SULLIVAN

  2. Farklı kültürel uygulamalarla yetiştirilen bakla (Vicia faba L.) genotiplerinin L-dopa (l-3, 4-dihydroxyphenylalanine) içeriklerinin tespiti

    L-dopa (l-3, 4-dihydroxyphenylalanine) content determination of faba bean (Vicia faba L.) genotypes growing in different cultural practicies

    NURDOĞAN TOPAL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    ZiraatOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HATİCE BOZOĞLU

  3. Samsun ilinde yetiştirilen bazı kültür bitkilerinden elde edilen rhizoctonia izolatlarının geleneksel ve moleküler yöntemler ile karakterizasyonu

    Traditional and molecular characterization of rhizoctonia isolates obtained from some cultivated plants grown in samsun province

    VİLDAN AKIN MUTLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM ÖZKOÇ

  4. Samsun ilinde yetiştirilen fındıkların seleksiyonu üzerine bir ön araştırma

    A pre-research on the selection of hazelnut grown in Samsun

    TAKİ DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    ZiraatOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NERİMAN BEYHAN

  5. Samsun ilinde yetiştirilen tütün (Nicotiana tabacum L.) bitkisinden izole edilen rhizoctonia grubu fungusların karakterizasyonu

    The characterisation of rhizoctonia group fungi isolated from tobacco plant (Nicotiana tabacum L.) cultivated in Samsun

    CEM TOLGA GÜRKANLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    BiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM ÖZKOÇ