CRISPR/CAS yöntemi ile makak morpheus geninin (NPIPA1) knock-out edilmesi
Making knock-out of macaque morpheus gene (NPIPA1) using CRISPR/CAS method
- Tez No: 406489
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. ELİF UZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Uludağ Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
Gen duplikasyonu içinde bir gen bulunan bir DNA bölgesinin herhangi şekilde ikilenmesidir Mayoz bölünme sırasında homolog kromozomların hatalı hizalanması sonucu eşitsiz krosover olarak adlandırılan bir olay olur. Bu rekombinasyonun sonucu, değişim yerindeki kromozomlardan birinde duplikasyon, öbüründe ise bir delesyon oluşur. Segmental duplikasyonlar genomik DNA da bulunan duplikasyon bloklarıdır. Büyüklükleri tipik olarak 1-200 kb arasında değişir. İnsan genomunda, duplikasyon araştırmaları insan evriminde bilinmeyen kompleksleri ortaya çıkarmaktadır. NPIP (Nuclear Pore Interaction Protein) /Morpheus gen ailesinin primatlarda karşılaştırmalı sekans analizine bakıldığında insan–büyük maymun evrimi sırasında evrimsel bir dinamizim olduğu açıkça görülmüştür. Makak maymununda tek kopya olarak bulunmasına rağmen, insan referans sekansında 23 tane LCR16A (kromozom 16 da düşük-kopya sekansı 'a') vardır. Morpheus gen ailesi bu kadar çok duplikasyona uğramış olduğu halde fonksiyonu bilinmemektedir. Bu çalışmada amaç makak maymunundaki tek kopya olarak bulunan morpheus genini knock-out ederek fonksiyonunu araştırmaktır. Bu amaca yönelik olarak makak maymununun morpheus geni CV1 hücrelerine CRISPR/Cas metodu kullanarak knock-out edilmiştir. Mutasyonun varlığı PZR, Immuno floresan deneyi ve sekans analizi ile kontrol edilmiş ve gösterilmiştir. Mikroskopla yapılan incelemeler sonucu CV1 hücrelerinde fenotipsel farklılık görülmemiştir ancak bu ilk bulgular gen fonksiyonunun hücrelerde morfolojik bir değişikliğe sebep olmadığını göstermiştir. Bu çalışmanın devamında yapılacak olan moleküler analizlerle Morpheus gen fonksiyonu ile ilgili daha çok bilgi edinilmesi planlanmaktadır.
Özet (Çeviri)
Gene duplication is defined as any duplication of a gene region of DNA. Duplications arise from an event termed unequal crossing-over that occurs during meiosis between misaligned homologous chromosomes. After the homologous recombination, one of chromosomes possesses two copy of the gene, while the other one has no copy of the gene. Segmental duplications are duplication blocks which are located in genomic DNA. Their sizes typically vary from 1-200 kb. Duplication research in human genome reveals unknown complexity in human evolution. The comparative analysis of human genome clearly observed that NPIP/Morpeus gene family has an evolutionary dynamism during human-great ape evolution. Even though there is only one copy of Morpheus gene in the macaque monkey genome, in human referance sequence, it has 23 LCR16a (low-copy repeat sequence `a' from chromosome 16). Although, Morpheus gene family recently expanded by duplication within human genome, the function of Morpheus gene family is not known yet. The main aim in this study is to knock-out single copy morpheus gene in macaque CV1 cells to investigate the gene function. In order to study the function of morpheus gene in macaque monkey we used CRISPR/Cas system and the presence of mutation has been verified by using different techniques including PCR, immunoflorecense analysis and sequence analysis. Our results show that Morpheus gene is succesfully knocked out. Using light microscopy, no phenotypic differeneces between mutated and normal CV1 cells observed, indicating that mutation in morpheus gene does not result in any morphologiğcal change in CV1 cells. Further molecular studies are planned in order to discover the function of Morpheus gene.
Benzer Tezler
- Pankreatik genlerin CRISPR yöntemi ile aktivasyonu esnasında farklı dCas9-aktivatör komplekslerinin karşılaştırılması
Comparison of different dCas9-activator complexes during activation of the pancreatic genes by CRISPR method
ADEM KABA
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET FATİH CENGİZ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERSİN AKINCI
- Klinik örneklerden izole edilen çoğul dirençli klebsiella pneumoniae izolatlarında CRISPR-CAS sistemi ile gen düzenlemesinin yapılması
Gene editing with CRISPR-CAS system in multidrug resistant klebsiella pneumoniae isolates isolated from clinical specimens
SEVİNÇ BABA
Doktora
Türkçe
2022
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ
- Vankomisine dirençli enterococcus faecium klinik izolatlarında crıspr-cas sistemi kullanılarak, glikopeptid direnci ile ilgili gen düzenlenmesinin yapılması
Gene editing of glycopeptide resistance in vancomycin-resistant enterococcus faecium clinical isolates using the crispr-cas system
GÜLŞEN GÜNEL
Doktora
Türkçe
2024
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZERRİN AKTAŞ
- Investigating middle school students' supporting reasons throughout written argumentation in the context of socio-scientific issue-based instruction
Sosyobilimsel konu temelli öğrenme bağlamında ortaokul öğrencilerinin argümantasyon gerekçelerinin incelenmesi
BÜŞRA AKKAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Eğitim ve ÖğretimYıldız Teknik ÜniversitesiMatematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA SAMİ TOPÇU
- Mezenşimal kök hücrelerin immün modülatör etkisinin hemofagositik sendrom klinik uygulamalarına temel oluşturmak üzere in vitro modelde incelenmesi
Investigation of the immune modulator effect of mesenchymal stem cells in in vitro model as the basis for hemophagocytic syndrome clinical applications
HANDAN SEVİM