Çeşitli insan dokuları ve hücre hatlarında LINC00663 RNA'nın gen ifade profili
Expressional profiling of LINC00663 RNA in various human tissues and cell lines
- Tez No: 408259
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YUSUF ZİYA İĞCİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Gen ifadesi, Hücre dizisi, Neoplazm hücreleri-dolaşan, Neoplazmlar, RNA, Yumuşak doku, Gene expression, Cell line, Neoplastic cells-circulating, Neoplasms, RNA, Soft tissue
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İnsan genomu yaklaşık olarak 25.000 protein kodlayan gen içermektedir ve bu da toplam genomun yaklaşık olarak % 2 sine denk gelmektedir. Genomun geriye kalan %98'inin önemli bir kısmının proteine çevrilmeyen RNA(ncRNA)'ları kodladığı düşünülmektedir. ncRNA'ların kanser, merkezi sinir sistemi hastalıkları gibi birçok hastalık ile ilişkisinin olduğu bildirilmiştir. Birçok kanser dokusunda ncRNA'ların düzensiz gen ifadesi gösterdiği bilinmektedir. ncRNA'lar boyutlarına bağlı olarak uzun ncRNA (>200nt) ve kısa ncRNA (<200nt)'lar olmak üzere iki kısımda incelenmektedir. ncRNA'ların bir alttipi olan lincRNA'lar, 5' başlık ve 3' poli A kuyruğu gibi mRNA benzeri özellikler muhteva etmektedir. LincRNA'ların kesilim sinyallleri, yazılım düzenlenmesi ve kromatin değişiklikleri protein kodlayan genlere benzerlik göstermektedir. LINC00663 RNA geni üç ekzon ve 2 intron bölgesi içermektedir ve 19p13.11 kromozomal bölgesinde yer almaktadır. Bu çalışmada, LINC00663'ün gen ifade seviyesi çeşitli insan dokularında ve çeşitli hücre hatlarında belirlenmiştir. LINC00663, omurilik, tiroit bezi ve timüs gibi çeşitli insan dokularında yüksek seviyede ifade edilmektedir. Ayrıca, LINC00663, insan glioblastom ve HUVEC hücre hatlarında da aşırı yüksek seviyede edilmektedir. LINC00663 ifade seviyesi, kanserli hücrelerde normal hücrelere kıyasla yüksek bulunmuştur. LINC00663 RNA'nın birçok faklı kesilim varyantı vardır. Bu da, beklenenden farklı ürün büyüklerine ve çoklu bantlara sebep olmaktadır. Çoklu banlar için, dizileme ve BLAST analizleri yapılmıştır. Nükleotid dizilerinin BLAST analizleri ile karşılaştırma ile daha önce tanımlanmamış ekzon 2 ve 3 arasına yerleşik yeni bir ekzon bölgesi tanımlanmıştır.
Özet (Çeviri)
Human genome encodes near to 25,000 protein coding genes representing <2% of the total genome. The majority of the rest of the 98% genome is thought to be encoding the non-coding RNAs (ncRNAs). The ncRNAs have strong relation to many diseases, such as; cancer and central nervous system disease, many ncRNAs display an abnormal expression level in many cancerous tissues. ncRNA are classified based on their length into long ncRNA (>200nt) and small ncRNA (<200nt). LincRNA, a subtype of ncRNAs, is carrying mRNA-like features which bearing a 5' end cap structure and 3' poly (A) tail. Splicing signals, transcriptional regulation and chromatin modification of lincRNAs are similar to those of protein-coding genes. The LINC00663 RNA gene is composed of three exons and two introns, it is located on 19p13.11. In this study, the expression levels of LINC00663 are evaluated in different human tissues and cell lines. LINC00663 are highly expressed in some human tissues such as spinal cord, thyroid gland, and thymus. Also high expression found in human glioblastoma cell lines and human umbilical vein endothelial cell line. The expression rate is higher in human cancerous cell lines than normal cells. The LINC00663 RNA has various different splice variants, resulting in different product size and multiple bands. Sequence and BLAST analysis were carried out for the samples with multiple bands. The comparison between nucleotide sequences product and BLAST analysis resulted in the determination of a novel exonic region between exon 2 and 3 in the LINC00663 RNA.
Benzer Tezler
- Fonksiyonelleştirilmiş mezogözenekli silika malzemelerin ilaç taşıma kapasitelerinin belirlenmesi ve PC3 hücre hattı üzerindeki in vitro etkilerinin incelenmesi
Determination of drug transport capacity of functionalized mesoporous silica materials and exami̇nati̇on of thei̇r in vitro effects on PC3 cell line
EDA GÜLŞAH ERDAĞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoteknolojiSelçuk ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PEMBEGÜL UYAR ARPACI
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUKADDES CAN
- Akciğer tümörlerinde ras p21 protein aktivatör2 (RASA2) geninin rolünün araştirilmasi
Investigation of role of ras p21 activator (RASA2) gene in lung tumours
HAVVA NUR ERYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
GenetikErciyes ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇETİN SAATÇİ
- Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines
İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi
BETÜL ULUCA
Doktora
İngilizce
2023
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR
- Ellajik asit ve oleuropein'in DMS-114 ve NCI-h460 akciğer kanser hücre hatları üzerinde antiproliferatif, antiinflamatuar ve apoptotik etkilerinin incelenmesi
Investigation of the antiproliferative, anti-inflammatory and apoptotic effects of ellagic acid and oleuropein on DMS-114 and NCI-H460 lung cancer cell lines
SERDAR ÖZTÜRK
Doktora
Türkçe
2025
BiyokimyaAnkara ÜniversitesiVeteriner Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAMDİ UYSAL
DR. ÖĞR. ÜYESİ HAMİT EMRE KIZIL
- Flor sübstitüe ftalosiyaninler ve biyolojik özelliklerinin incelenmesi
Fluorine substituted phthalocyanines and investigation of their biological properties
BAŞAK SEZGİ BİLEN