Sürme hastalığı etmeni (Tilletia foetida)'nin genotipik ve fenotipik karakterizasyonu
Genotypic and phenotypic characterization of common bunt agent (Tilletia foetida)
- Tez No: 411288
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. İSMAİL POYRAZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 103
Özet
Sürme, Türkiye ve dünyada yaygın olarak görülen ve önemli verim kayıplarına neden olan bir buğday hastalığıdır. Ülkemizde bu hastalığa başlıca iki mantar türü Tilletia foetida ve Tilletia caries neden olmaktadır. Hastalık etmeninin fungusit kullanımı ve çevresel faktörlere bağlı olarak zamanla direnç kazandığı rapor edilmiştir. Bu çalışmada, hastalık etmeni T. foetida'nın ISSR-PCR yöntemi ile genetik çeşitliğini belirlemek amacıyla, 13 T. foetida ve dış grup olarak 1 T. caries izolatından klasik CTAB yöntemiyle DNA izolasyonları gerçekleştirilmiştir. İzole edilen DNA'lar 25 farklı ISSR primeri kullanılarak PCR ile çoğaltılmıştır. PCR ile çoğaltılan DNA parçaları % 1.2'lik agaroz jelde yürütülmüş ve digital olarak fotoğraflanmıştır. PCR ürünlerinin bant analizi Phoretix1DPro programı ile gerçekleştirilmiş, binary yöntemiyle elde edilen veriler kullanılarak UPGMA metoduyla Jaccard Benzerlik Matrix'i elde edilmiş ve sürme izolatları arasındaki genetik yakınlık ve uzaklığı gösteren filogenetik ağaç oluşturulmuştur. İzolatların yüksek genetik çeşitliliğe sahip oldukları, T. foetida'ya ait yakın lokalitelerin birlikte gruplaştığı ve T. caries'in dış grup olarak ayrıldığı görülmüştür. İzolatların filogenetik analiz verileri, sürme hastalığına karşı direnç geni içermeyen hassas Heines VII buğday çeşidine karşı patojenite oranları ile karşılaştırılmıştır. Çalışmada kullanılan 25 ISSR primerinden 847 ve 861 numaralı primerlerin türe özgü monomorfik bantlar verdiği belirlenmiş ve bulaşık buğday tohumlarının ekim öncesi tespit edilmesinde bir marker olarak kullanılabilecekleri görülmüştür. İzolatların taramalı elektron mikroskobu (SEM) analizleri gerçekleştirilmiş, elde edilen fenotipik karakterli morfolojik analiz verileri ile moleküler yöntemle genotipik karakterli analiz verileri ile karşılaştırılmıştır. Ayrıca, T. foetida izole edilen mRNA'lar revers transkripsiyonla cDNA'lara dönüştürülmüş ve PGEM-T Easy plazmit vektörlerine aktarılmıştır. cDNA'ları içeren rekombinant plazmit vektörler XLI-Blue konakçısına transforme edilmiş ve fenotipik karakterizasyon araştırmalarında kullanılması için T. foetida patojenine ait ilk kez bir cDNA kütüphanesi oluşturulmuştur.
Özet (Çeviri)
Common bunt is a wheat disease that causes important crop losses and extensively spreads in Turkey and World. Two fungi species that Tilletia foetida and Tilletia caries primary cause this disease in our country. It has been reported that in time pathogen have become resistant according as fungicide uses and environmental factors. In this study, for determination of genetic diversity of pathogen T. foetida using ISSR-PCR method, DNA isolation of 13 T. foetida isolates and 1 T. caries isolate as out-group was carried with classical CTAB method. Isolated DNAs were amplified with PCR method using 25 different ISSR primers. Amplified DNA fragments were run in 1.2% agarose gel and digitally photographed. Band analysis of PCR yields was carried using Phoretix 1d pro software, Jaccard similarity matrix was obtained with UPGMA method using data from binary method and phylogenetic tree showing genetic distance and similarity among common bunt isolates was formed. It was observed that isolates have high genetic varieties, close locations of T. foetida grouped together and T. caries departed from the other isolates as out-group. Phylogenetic analyses data of isolates were compared with pathogenicity rates against Heines VII wheat variety that haven't got resistance genes against common bunt. It was determined that 847 and 861 numbered primers among 25 ISSR primers used in study amplify species-specific bands and it was observed that this primers can use an markers for early detection of contaminated wheat seeds before sowing. Scanning electron microscope (SEM) analyses of isolates were carried and obtained phenotypic morphological data were compared with genotypic molecular analyses data. In addition, isolated mRNAs from T. foetida were converted to cDNAs by revers transcription and transferred to PGEM-Teasy plasmid vectors. Recombinant plasmid vectors including cDNAs were transferred to XLI-Blue hosts and at the first time a cDNA library of T. foetida pathogen was constructed for using in phenotypic characterization researches.
Benzer Tezler
- Konya yöresinde hasat edilen buğday ürünündeki sürme hastalığı (Tilletia spp.) ve hastalığın patojenitesini etkileyen bazı faktörler üzerine bir araştırma
A research on bunt disease (Tilletia spp.) in wheat crop harvested in Konya and some factors that affect the pathogenicity of the disease
MUSTAFA TUNCEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
BiyolojiSelçuk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NUH BOYRAZ
- Bursa ili buğday alanlarındaki kök ve kökboğazı fungal hastalıkları üzerinde araştırmalar
Investigations on the root and crown rot fungal diseases in wheat fields in Bursa province
ÜMİT ARSLAN
- Patates siğil hastalığı etmeni (Synchytrium endobioticum (Schilb) Perc.)'nin biyolojisi, hastalık epidemiyolojisi ve mücadele olanaklarının araştırılması
Reseach on potato wart disease (Synchytrium endobioticum (Schilb) Perc.) biology, disease epidemiyology and control methods
HALE GÜNAÇTI
- Turunçgil stubborn(Yediverevleşme) hastalığı etmeni spiroplaşma citri'nin aşıgözü ile taşınmasında mevsime bağlı değişiklikler
Başlık çevirisi yok
SAVAŞ KORKMAZ
- Patlıcanda kurşuni küf hastalığı etmeni Botrytis cinerea pers:fr ile biyolojik mücadele imkanlarının araştırılması
The investigation of biological control oppurtunities against gray mold causing Botrytis cinerea pers:fr in eggplant
ALİ CAN AKÇA