A customized force-directed layout algorithm for biological graphs whose vertices have enzyme commission attributes
Enzimleri temsil eden düğümlere sahip çizgeler için özelleştirilmiş kuvvet yönelimli yerleşim algoritması
- Tez No: 416509
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET VOLKAN ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 62
Özet
Kuvvet yönelimli yerleşim algoritmaları biyolojik çizgeleri çizmede popüler olarak kullanılır. Fakat sadece çizge yapılarını esas alır. Düğümlerle ilişkili olan biyolojik veya kimyasal özellikler gibi alan-özgül bilgileri çizge içerisine katmak istediğimizde kuvvet yönelimli yerleşim algoritmaları değiştirilmelidir. Bu noktada kullanıcılar için önemli olan kuvvet yönelimli yerleşim algoritmasının doğasından gelen estetiği bozmadan, daha okunabilir yerleşimler çizilmesidir. Bu tez,“Enzyme Commission”(EC) sayıları ile ifade edilen düğümlerden oluşan yolakları gösteren biyolojik çizgeler için değiştirilmiş ve geliştirilmiş bir kuvvet yönelimli yerleşim algoritması, EClerize'ı, tanımlamayı amaçlar. EC sınıf numaraları aynı olan düğümler aynı kümenin elemanı olarak muamele görürler. Aynı kümedeki düğümlerin pozisyonları iki ana faktörden etkilenir; aynı kümedeki düğümlerin biyolojik benzerlikleri ve düğümler arasında olması gereken teorik uzunluk. EClerize birçok biyolojik yolakların üzerinde test edilmiştir ve gelişmeler asıl algoritmayla karşılaştırılarak sunulmuştur.
Özet (Çeviri)
Force directed layout algorithm is popularly used to draw biological graphs. However, it employs only graph structure. When we would like to embed domain-specific knowledge, such as biological or chemical attributes related to the vertices, force directed layout algorithm should be modified. It is then important to draw more readable layouts for biologists without the dispose of aesthetically pleasing way that comes from force-directed algorithm's nature. This thesis aims to describe a modified and improved force-directed layout algorithm, EClerize, for biological graphs that represent pathways in which the vertices are identified with EC (Enzyme Commission) numbers. The vertices with the same EC class numbers are treated as members of the same cluster. Positions of vertices in clusters are affected by mainly two factors: biological similarity of each vertex in the same cluster and theoretical length between the vertices. EClerize is tested on a number of biological pathways and the improvement with respect to the original algorithm is presented.
Benzer Tezler
- A customized force-directed layout algorithm with genetic algorithm techniques for biological graphs whose vertices have enzyme commission attributes
Enzimleri temsil eden düğümlere sahip çizgiler için genetik algoritma ile özelleştirilmiş kuvvet yönelimli yerleşim algoritması
FIRAT AKSOYDAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyomühendislikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET VOLKAN ATALAY
- Medya çalışanlarının mesleki tükenmişlik düzeyleri ile editoryal bağımsızlık arasındaki ilişkiye yönelik bir araştırma: Zonguldak ili örneği
A study on the relationship between occupational burnout levels of media workers and editorial independence: The case of Zonguldak province
FATİH ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Radyo-TelevizyonSelçuk ÜniversitesiRadyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MURAT AYTAŞ
- Bazı kuantum mekaniksel sistemlerinin bilgisayar benzetişimi
Computer simulation of some quantum mechanical systems
ENDER ÖZTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiMatematik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN DEMİRALP
- Dialogue for all: Crafting inclusive and humanized voice assistants for diverse populations through an interdisciplinary approach
Herkes için diyalog: Farklı topluluklar için kapsayıcı ve insani sesli asistanlar oluşturmak üzerine disiplinler arası bir yaklaşım
YELİZ YÜCEL
Doktora
İngilizce
2023
İletişim BilimleriGalatasaray ÜniversitesiRadyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEREM RIZVANOĞLU
- Force localization and stiffness characterization using a novel tactile sensor
Özgün dokunsal sensörün kuvvet konumlandırması ve sertlik sınıflandırması uygulamalarında kullanılması
ADNAN FURKAN YILDIZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Mekatronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
ÖĞR. GÖR. MERVE ACER