A customized force-directed layout algorithm with genetic algorithm techniques for biological graphs whose vertices have enzyme commission attributes
Enzimleri temsil eden düğümlere sahip çizgiler için genetik algoritma ile özelleştirilmiş kuvvet yönelimli yerleşim algoritması
- Tez No: 574743
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET VOLKAN ATALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Biyoteknoloji, Bioengineering, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 106
Özet
Biyolojik ağlar, kuvvet yönelimli algoritmalar tarafından yaratılan çizgeler aracılığıyla görselleştirilebilir. Önceki çalışmamızda, EClerize'ı aynı enzim sınıfına sahip olan düğümleri içeren biyolojik ağları görselleştirmek için kullanılan özelleştirilmiş ve geliştirilmiş bir Kamada-Kawai (bir kuvvet yönelimli algoritma) örneği olarak tanımlamıştık. EClerize, aynı enzim sınıfına ait enzimler aracılığıyla enzim kümeleri oluşturur. Burada, EClerize aracılığıyla global optimum bir çözüm elde etmek için genetik algoritmayı kullanıyoruz ve yönsüz çizge çizimini genetik algoritma ile birleştiriyoruz. Çeşitliliği sağlamak için, mutasyon aşamasında 5 teknik ve çaprazlama için 2 teknik kullanılmaktadır. Mutasyonda, seçilen çizgenin köşeleri sınırlı bir alanda rastgele hareket eder veya seçilen kenarlar/köşeler bir tekniğin rutinlerine göre değiştirilir. Çaprazlamada, köşeleri değiştirme işlemi seçilen iki çizge arasında gerçekleştirilir. Her bir yineleme sonunda, bireylerin uygunluk değerleri, çakışan kenar sayısından çizim alanına kadar 6 farklı uygunluk ölçümü ile hesaplanır. Bireylerin sahip olduğu genel uygunluk değerleri, bir sonraki nesli oluştururken ebeveyn bireyleri seçmek için kullanılır. Bu yöntemi 3 farklı biyolojik ağa uyguladık ve elde edilen sonuçlar baz alınan çalışmanın sonuçlarından daha iyi oldu.
Özet (Çeviri)
A pathway can be visualized as a graph whose layout is drawn by a force-directed algorithm. In our previous study, we have described EClerize which is a customized and improved Kamada Kawai force-directed algorithm in order to visualize pathways that contain nodes with attributes as EC numbers. EClerize creates clusters of vertices with enzymes that belong to the same EC class. Here, we make use of genetic algorithm (GA) to obtain a global optimum solution for EClerize and we integrate undirected graph layout drawing with GA. To provide diversity, 5 techniques in mutation phase and for crossover 2 techniques are employed. In mutation, vertices of a selected graph are moved randomly within a limited area or selected edges/vertices are exchanged according to the routines of a technique. In crossover, the operation of exchanging vertices is performed between two selected graphs. In each iteration, fitness values of individuals are calculated by 6 different fitness measurements ranging from edge crossing number to drawing area. Overall relative fitness values are used to choose parent individuals. We have applied this method to 3 pathways and the results are better than those of the base study.
Benzer Tezler
- A customized force-directed layout algorithm for biological graphs whose vertices have enzyme commission attributes
Enzimleri temsil eden düğümlere sahip çizgeler için özelleştirilmiş kuvvet yönelimli yerleşim algoritması
HASAN FEHMİ DANACI
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET VOLKAN ATALAY
- Medya çalışanlarının mesleki tükenmişlik düzeyleri ile editoryal bağımsızlık arasındaki ilişkiye yönelik bir araştırma: Zonguldak ili örneği
A study on the relationship between occupational burnout levels of media workers and editorial independence: The case of Zonguldak province
FATİH ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Radyo-TelevizyonSelçuk ÜniversitesiRadyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MURAT AYTAŞ
- Bazı kuantum mekaniksel sistemlerinin bilgisayar benzetişimi
Computer simulation of some quantum mechanical systems
ENDER ÖZTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiMatematik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN DEMİRALP
- Dialogue for all: Crafting inclusive and humanized voice assistants for diverse populations through an interdisciplinary approach
Herkes için diyalog: Farklı topluluklar için kapsayıcı ve insani sesli asistanlar oluşturmak üzerine disiplinler arası bir yaklaşım
YELİZ YÜCEL
Doktora
İngilizce
2023
İletişim BilimleriGalatasaray ÜniversitesiRadyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEREM RIZVANOĞLU
- Force localization and stiffness characterization using a novel tactile sensor
Özgün dokunsal sensörün kuvvet konumlandırması ve sertlik sınıflandırması uygulamalarında kullanılması
ADNAN FURKAN YILDIZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Mekatronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
ÖĞR. GÖR. MERVE ACER