Geri Dön

Evolution of bladder cancer investigated using exome sequencing

Ekzom dizileme yoluyla mesane kanseri evriminin araştırılması

  1. Tez No: 416670
  2. Yazar: EZGİ ÖZKURT
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 102

Özet

Günümüzde yeni nesil genom dizileme teknolojileri kanser evrimini bireysel örneklemlerle çalışmaya olanak tanımaktadır. Mesane kanseri vakalarının %30'unda, birden fazla tümör aynı anda gözlemlenmiştir. Fakat, bu tümörlerin bağlantılı olup olmadığı (Klonal Köken Hipotezi) ya da birbirinden bağımsız olarak aynı anda oluşup oluşmadığı (Alan Etkisi Hipotezi) bilinmemektedir. Bu çalışmada, bu tümörlerin kökenini anlamak için ekzom sekanslama yöntemi kullanıldı. Mesane tümörü örnekleri (hasta başına 3 tümör örneği) ve komşu normal mukoza örneği (hasta başına 1 örnek), 3 hastadan toplandı ve dizilendi. Örnekler, tümör kesitlerinin apeks ve baz kısmından alındı. 2 hastanın, tek nükleotit varyant (TNV) datalarından oluşturulan filogenetik ağaçlar, klonal köken hipoteziyle uyumluydu; yani sonuçlar bu hastalarda tümörlerin aynı kökenden geldiği yönündeydi. Öteyandan, üçüncü hastanın örneklerine neoplastik materyal bulaştığı sonucuna varıldı. Dolayısıyla, bu hasta analizden çıkarıldı. Daha sonra, örneklerde TNV motifleri analiz edildi ve daha önceden de literatürde belirtildiği üzere; TpC* mutasyonlarının, özellikle tümör dalında zenginleştiği farkedildi. Bu bulgular ışığında, 2 hastada enfeksiyonu takiben APOBEC enzimleri (tek sarmallı DNA/RNA editleme proteinleri) aktivitesinin TpC* mutasyonu birikimine sebep olduğundan şüphelenildi. Bu mutasyonların bir kısmının kanseri tetikleyici bölgelerde yer alarak, tümörleşmeye sebep olduğu ve bunu takriben tümörlerin birbirinden ayrıldığı hipotezi öne sürüldü.

Özet (Çeviri)

New genome sequencing technologies today allow the study of cancer evolution within individual tissues. In bladder cancer, it is commonly observed that multiple tumours co-occur in a tissue. However, whether these tumours are related (clonal hypothesis) or develop independently but synchronously (field effect hypothesis), was yet unknown. In this study, exome sequencing data was utilized to reveal the origin of multifocal tumours. The data was generated in an experiment where samples from bladder tumour (3 tumour samples per patient) and neighbouring normal mucosa (1 normal sample per patient) from 3 patients were collected and sequenced. The tumour samples were composed of apex and base sections of the tumours. Thousands of single nucleotide variants (SNV) were called in each patient. The phylogenetic trees constructed by SNV datasets of the 2 patients showed a topology consistent with clonal origin hypothesis, with a long shared tumour branch, indicating that the tumours derive from the same origin. The third patient's samples were suspected to be contaminated with neoplastic material, and thus not included in the rest of the analysis. An analysis of SNV types with respect to sequence context revealed that TpC* mutations were particularly enriched on the shared tumour branch, indicative of activity of APOBEC enzymes (single stranded DNA/RNA editing proteins) causing accumulation of TpC* mutations. Thus, it is hypothesized that a period of APOBEC activity led to accumulation of TpC* mutations, some of which included driver mutations that led to tumour formation, and subsequent separation of the tumours in 2 patients.

Benzer Tezler

  1. Mesane kanseri ile oksidatif stres ilişkisinin, NRF-2/keap-1 yolağı, çinko ve bakır seviyelerinin incelenerek araştırılması

    The evaluation of the relation between bladder cancer and oxidative stress using NRF-2/keap-1 pathway, zinc and copper levels

    ÇAĞRI DOĞAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    ÜrolojiNamık Kemal Üniversitesi

    Üroloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. POLAT TÜRKER

  2. Yüksek riskli mesane kanseri tanılı hastalar arasında T1 yüksek dereceli, T1 yüksek dereceli+karsinoma in situ ve izole karsinoma in situ tanılı hastaların her-2 ekspresyonu açısından karşılaştırılması ve bu ekspresyonun sağkalıma etkisi

    Comparison of T1 high-grade, T1 high-grade+carcinoma in situ and isolated carcinoma in situ among patients diagnosed with high-risk bladder cancer in terms of her-2 expression and the effect of this expression on survival

    HÜSEYİN SALİH KINA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    ÜrolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Üroloji Ana Bilim Dalı

    UZMAN UMUT ÜNAL

  3. Yüzeyel mesane tümörlerinde P16, Kİ-67, Bcl-2, P53, CK20 immünekspresyonlarının nüks ile ilişkisi

    Başlık çevirisi yok

    ÖZBEN YALÇIN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    PatolojiMarmara Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FUNDA TANAY EREN

  4. Evaluation of the effect of sodium dodecyl sulfate and sand on graphene for the removal of arsenic in contaminated waters

    Kontamine sulardan arsenik uzaklaştırılmasında sodyum dodesil sülfat ve kumun grafen üzerindeki etkilerinin incelenmesi

    BEATRIZ ELENA CORREA ARIAS

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    Assoc. Prof. Dr. MOİZ ELNEKAVE

  5. Development of a biomarker panel for the differential diagnosis of muscle-invasive and non-muscle-invasive bladder cancer

    Kasa invaziv ve kasa invaziv olmayan mesane kanserinin ayırıcı tanısı için bir biyomarker panelinin geliştirilmesi

    ÖZDEN ÖZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    GenetikDokuz Eylül Üniversitesi

    Genom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞERİF ŞENTÜRK

    PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK