Geri Dön

Evolution of bladder cancer investigated using exome sequencing

Ekzom dizileme yoluyla mesane kanseri evriminin araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 416670
  2. Yazar: EZGİ ÖZKURT
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Günümüzde yeni nesil genom dizileme teknolojileri kanser evrimini bireysel örneklemlerle çalışmaya olanak tanımaktadır. Mesane kanseri vakalarının %30'unda, birden fazla tümör aynı anda gözlemlenmiştir. Fakat, bu tümörlerin bağlantılı olup olmadığı (Klonal Köken Hipotezi) ya da birbirinden bağımsız olarak aynı anda oluşup oluşmadığı (Alan Etkisi Hipotezi) bilinmemektedir. Bu çalışmada, bu tümörlerin kökenini anlamak için ekzom sekanslama yöntemi kullanıldı. Mesane tümörü örnekleri (hasta başına 3 tümör örneği) ve komşu normal mukoza örneği (hasta başına 1 örnek), 3 hastadan toplandı ve dizilendi. Örnekler, tümör kesitlerinin apeks ve baz kısmından alındı. 2 hastanın, tek nükleotit varyant (TNV) datalarından oluşturulan filogenetik ağaçlar, klonal köken hipoteziyle uyumluydu; yani sonuçlar bu hastalarda tümörlerin aynı kökenden geldiği yönündeydi. Öteyandan, üçüncü hastanın örneklerine neoplastik materyal bulaştığı sonucuna varıldı. Dolayısıyla, bu hasta analizden çıkarıldı. Daha sonra, örneklerde TNV motifleri analiz edildi ve daha önceden de literatürde belirtildiği üzere; TpC* mutasyonlarının, özellikle tümör dalında zenginleştiği farkedildi. Bu bulgular ışığında, 2 hastada enfeksiyonu takiben APOBEC enzimleri (tek sarmallı DNA/RNA editleme proteinleri) aktivitesinin TpC* mutasyonu birikimine sebep olduğundan şüphelenildi. Bu mutasyonların bir kısmının kanseri tetikleyici bölgelerde yer alarak, tümörleşmeye sebep olduğu ve bunu takriben tümörlerin birbirinden ayrıldığı hipotezi öne sürüldü.

Özet (Çeviri)

New genome sequencing technologies today allow the study of cancer evolution within individual tissues. In bladder cancer, it is commonly observed that multiple tumours co-occur in a tissue. However, whether these tumours are related (clonal hypothesis) or develop independently but synchronously (field effect hypothesis), was yet unknown. In this study, exome sequencing data was utilized to reveal the origin of multifocal tumours. The data was generated in an experiment where samples from bladder tumour (3 tumour samples per patient) and neighbouring normal mucosa (1 normal sample per patient) from 3 patients were collected and sequenced. The tumour samples were composed of apex and base sections of the tumours. Thousands of single nucleotide variants (SNV) were called in each patient. The phylogenetic trees constructed by SNV datasets of the 2 patients showed a topology consistent with clonal origin hypothesis, with a long shared tumour branch, indicating that the tumours derive from the same origin. The third patient's samples were suspected to be contaminated with neoplastic material, and thus not included in the rest of the analysis. An analysis of SNV types with respect to sequence context revealed that TpC* mutations were particularly enriched on the shared tumour branch, indicative of activity of APOBEC enzymes (single stranded DNA/RNA editing proteins) causing accumulation of TpC* mutations. Thus, it is hypothesized that a period of APOBEC activity led to accumulation of TpC* mutations, some of which included driver mutations that led to tumour formation, and subsequent separation of the tumours in 2 patients.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    1005972

    YOĞUNLUK AYARLI ARK TEDAVİSİ (VMAT) PLANLARINDA DOZ ÇÖZÜNÜRLÜĞÜNÜN KALİTE KONTROL ÜZERİNE ETKİSİ

    THE EFFECT OF DOSE RESOLUTION ON QUALITY ASSURANCE IN VOLUMETRİC MODULATED ARC THERAPY (VMAT) PLANS

    SEHER KARAMAZI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    Radyasyon Onkolojisiİzmir Tınaztepe Üniversitesi

    Sağlık Fiziği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ELİF EBRU ERMİŞ

    PROF. DR. LÜTFİYE ZÜMRE ARICAN ALICIKUŞ

  2. Tez No

    354091

    Yüzeyel mesane tümörlerinde P16, Kİ-67, Bcl-2, P53, CK20 immünekspresyonlarının nüks ile ilişkisi

    Başlık çevirisi yok

    ÖZBEN YALÇIN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    PatolojiMarmara Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FUNDA TANAY EREN

  3. Tez No

    458109

    Radikal sistektomide ileal konduit üriner diversiyon ile kontinan üriner diversiyon uygulanan hastalardaki yaşam kalitesinin değerlendirilmesi

    Evaluation of quality of life of patients with urinary diversion and ileal conduit after radical cystectomy

    AYKUT BAŞER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    ÜrolojiPamukkale Üniversitesi

    Üroloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ ERSİN ZÜMRÜTBAŞ

  4. Tez No

    557713

    Renal hücreli karsinomlarda CD47 ekspresyonunun prognostik parametreler ile ilişkisinin değerlendirilmesi

    Evaluation of the relationship between CD47 expression and prognostic parameters in renal cell carcinomas

    ÖMER FARUK DİZİBÜYÜK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    PatolojiGaziantep Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. METİN KARAKÖK

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEHRA BOZDAĞ

  5. Tez No

    558862

    Evaluation of the effect of sodium dodecyl sulfate and sand on graphene for the removal of arsenic in contaminated waters

    Kontamine sulardan arsenik uzaklaştırılmasında sodyum dodesil sülfat ve kumun grafen üzerindeki etkilerinin incelenmesi

    BEATRIZ ELENA CORREA ARIAS

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    Assoc. Prof. Dr. MOİZ ELNEKAVE

Geri Dön