Geri Dön

Identification of long non-coding RNAs that regulates apoptosis in human

İnsanda apoptozu düzenleyen uzun kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi

  1. Tez No: 418408
  2. Yazar: ULVİ AHMADOV
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 67

Özet

Hücre içi homeostazinin sağlanması açısından çok önemli olan apoptoz normal gelişimin yanı sıra otoimmun ve kanser gibi önemli hastalıklarla da bağlantılıdır. Biyokimyasal ve genetik analizler sonucu apoptozun kontrol mekanizmasında görev alan bir dizi protein ve mikroRNA'lar belirlenmiştir. Post-genomik çağdaki son çalışmalar genomda bir dönem 'çöp' DNA olarak belirlenen bölgelerden çok sayıda uzun kodlanmayan RNA'ların (ukmRNA) keşfine yol açmıştır. Bu çalışmada, apoptozun tetiklendiği HeLa hücrelerinde farklı ifade edilen ukmRNA'ların belirlenebilmesi için iki anti-kanser ilaç, sisplatin ve doksorubisin, ve iki ligant, TNFalpha ve Fas monoklonal antikoru, kullanılmıştır. Doz - ve zaman - kinetik deneylerini müteakip apoptoz seviyesi akış sitometresiyle ölçülmüş ve floresan mikroskopuyla sonuçlar teyit edilmiştir. Apoptozun tetiklendiğini doğrulamak için biyokimyasal olarak kaspaz 3, 8 ve 9 proteinlerinin seviyeleri ölçüldü. İllumina platformunu kullanarak derin sekans analizi yapabilmek için kontrol ve ilaç ile muamele edilmiş hücrelerden üçer replika toplam RNA örnekleri elde edildi. Sekans sırasında örnekler insan genomu ile %95 eşleşmiştir. Doksorubisin, sisplatin, TNFalpha ve Fas monoklonal antikoru muamelesi hücrelerde sırası ile 1644, 506, 584 and 807 adet ukmRNA'nın farklı ifade edilmesine neden olmuştur (an ez 2 kat, P < 0.05). Tüm ilaç muamelerinde ortak olarak faklı ifade edilen ukmRNA'lardan ikisi apoptozda önemli rol oynayan TRAIL-R2 reseptör ve FasR reseptöre bağlı öğe 1'ye (FAF1) antisens olarak bulunmuştur. Deneysel şartlarımız çerçevesinde sonuçlar ukmRNA'ların yukarıda belirtilmiş ilaçla muamele sırasında farklı ifade edildiğini göstermektedir. Adayların fonksiyonel karakterizasyonu ukmRNA'ların apoptozdaki rollerinin moleküler düzeyde anlaşılmasına yardımcı olacaktır.

Özet (Çeviri)

Apoptosis is essential for cellular homeostasis and normal development. Aberrant apoptosis (too much or too less) is associated with many important diseases such as autoimmune diseases and cancer. Studies have led to the identification of a number of proteins and microRNAs involved in the regulation of apoptosis. However, the role of long non-coding RNAs (lncRNAs) is still unclear. In this study, two cancer therapeutics drugs, cisplatin and doxorubicin, and two ligands, Fas mAb and TNF-alpha, were used in identification of differentially expressed pathway-drug specific and/or global lncRNAs in apoptotic HeLa cells. Following dose-kinetics experiments the level of apoptosis was measured by Flow Cytometry and was further verified by Fluorescence Microscopy and Western Blotting via measurement of Caspase 3, 8 and 9 protein levels. Three replicates of total RNAs (control and drug/ligand-treated cells) were sent to deep-sequencing using the Illumina platform. The resulting reads matched to the human genome greater than 95%. Under our experimental setting, treatments with cisplatin, doxorubicin, Fas mAb and TNF-alpha led to the differential expression of 1644, 506, 584 and 807 lncRNAs, respectively (2-fold or higher, P < 0.01). Two of identified lncRNAs common for all inducers was in antisense position to TRAIL-R2 receptor and FasR associated factor which play directly in apoptosis. Results suggest that many lncRNAs are differentially expressed upon treatment with the indicated agents. Functional characterization of candidates might provide an interesting insight into regulation of apoptosis.

Benzer Tezler

  1. Investigation of long non-coding RNA and chromatin interactions in HeLa cells

    HeLa hücrelerinde uzun kodlanmayan RNA ve kromatin etkileşimlerinin araştırılması

    MELİS ATBİNEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL

  2. Identification of long non-coding RNAs overcoming tamoxifen resistance in estrogen receptor alpha positive breast cancer

    Östrojen reseptörü alfa pozitif meme kanserinde tamoksifen direncini kıran uzun kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi

    HİLAL BAL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. ÖZGÜR ŞAHİN

  3. The effect of alcohol addiction on mrna and microrna expression in brain tissue

    Alkol bağımlılığının beyin dokusundaki mikrorna ve mrna üzerine etkisi

    ZEYNEP AYDIN SİNİRLİOĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    GenetikFatih Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FAHRİ AKBAŞ

  4. Melanogenez sürecinde rol oynayan uzun-kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi

    Identification of long-noncoding RNA's involved in melanogenesis

    SİNEM AKGÜN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MELİKE BELKIZ ERKAN