Characterization of world spinach genetic collection by using molecular markers
Dünya ıspanak genetik kolleksiyonlarının moleküler markörlerle karakterizasyonu
- Tez No: 418411
- Danışmanlar: PROF. DR. ANNE FRARY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 38
Özet
Ispanak (Spinacia oleracea L.) Amaranthaceae ailesine ait olan popüler ve besleyici bir sebzedir. Bu yeşil yapraklı bitkinin Persia (İran ve komşu ülkelerden) kökenlendiğine inanılır. Bu çalışmada Dünya Koleksiyonuna ait 176 ıspanak çeşidi, bilinen 15 SSR markır ile taranmıştır. Markırlar 57'si polimorfik olmak üzere 58 bant üretmiştir. Markırların PIC değerleri 0.01 ile 0.44 arasında değişmektedir. Ortalama PIC değeri ise 0.28'dir. Darwin5 ve STRUCTURE programlarının allel analizlerine göre 176 birey üç grupta toplanmıştır. Birinci grupta çoğunlukla Amerika ve Avrupa çeşitleri olmak üzere 69 örnek birey vardır. İkinci grup ise çoğunlukla Asya ve komşu ülkelerden olmak üzere 89 birey vardır. Üçüncü grup coğrafi alana göre hiç bir karakteristik göstermemiştr, bu nedenle 18 birey içeren bu grup intermixed grup olarak isimlendirilmiştir. Ispanak çeşitlerinin genetik farklılığı maksimum 0.051 ve minum 0.019'dur. Ortalama genetik farklılık ise 0.217'dir. Ayrica S. oleracea L. cv. Universal nuklear genomu IIIumina MiSeq teknolojisi kullanılarak dizilenip, ıspanak-spesifik SSR markır dizaynı için genom montajı yapıldı. Sonuç olarak, montajlanan genomda 3852 SSRs tespit edildi ve 3275 primer çifti, tespit edilen SSR motiflerine başarılı olarak dizayn edildi. Bu yeni geliştirilen SSR markırlar, ıspanak genom çeşitliliği ve ıslah konusu ile ilgilenen bilim adamlarına yardımcı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Spinach (Spinacia oleracea L.) belongs to the Amaranthaceae family and is a popular and nutritious vegetable. It is believed that this green leafy plant originated from Persia which is now modern Iran and neighboring countries. In this study we screened 176 spinach world collection germplasm accessions with 15 known SSR markers. The markers produced 58 bands with 57 identified as polymorphic. PIC values of the markers ranged between 0.01 and 0.44. Average PIC value was 0.28. Based on allele analysis with Darwin5 and STRUCTURE tools, 176 individual were clustered into three groups. The first cluster mostly consisted of accessions from Europe and USA and contained 69 samples. The second cluster mostly consisted of lines from Asia and neighboring countries and contained 89 samples. The third cluster did not represent any characteristic according to geographic region, thus it was called an intermixed cluster which contained 18 samples. The maximum genetic dissimilarity of spinach accessions was 0.551 and minimum was 0.019. Average genetic dissimilarity was 0.217. Moreover we sequenced S. oleracea L. cv. Universal nuclear genome via IIIumina MiSeq technology and genome assembly was performed to develop new spinach–specific SSR markers. As a result, 3853 SSRs were identified in the assembled genome and we successfully designed 3275 primer pairs for these identified SSR motifs. These newly developed SSR markers will be helpful to scientists who are interested in spinach genome diversity and breeding.
Benzer Tezler
- Çanakkale ili ıspanak üretim alanlarında Pancar nekrotik sarı damar virüsü (Beet necrotic yellow vein virus; BNYVV)'nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu
Detection and molecular characterization of beet necrotic yellow vein virus (BNYVV) in spinach production fields of Çanakkale province, Turkey
ZEYNEP BAĞLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SAVAŞ KORKMAZ
- Şeker pancarında yaprak lekesi etmeni Cercospora beticola'nın Samsun ilinde alternatif konukçuları ve izolatlarının moleküler karakterizasyonunun belirlenmesi
Determination of alternative hosts and molecular characterization of isolates of Cercospora beticola, the causal agent of leaf spot in sugar beet in Samsun province
ÇAĞLA YAZICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
ZiraatOndokuz Mayıs ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERNA TUNALI
- Yerli kinoa tohumundan nişasta eldesi, karakterizasyonu ve fonksiyonel özelliklerin incelenerek ürüne uygulanması
Quinoa starch isolated from native quinoa seed: Characterization, functional properties and product application
MERVE KOYUNCU
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DİLARA ERDİL
- Kriyojenik ısı değiştiricisinde termoelektrik jeneratör uygulaması ve karakterizasyonu
Application and characterization of thermoelectric generators on a cryogenic heat exchanger
ANIL ÜNSAÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiEnerji Bilim ve Teknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALTUĞ ŞİŞMAN
- Dünya susam koleksiyonunun Agro-Morfolojik ve kalite özellikleri bakımından karakterizasyonu ve genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Identification of genetic diversity and characterization of world sesame collection for Agro-Morfological and quality characters
ENGİN YOL