Monitoring methicillin-resistant bacteria in river water by using meca-specific DNA probe
Meca-spesifik DNA probu kullanarak nehir suyunda metisilin dirençli bakterilerin takip edilmesi
- Tez No: 419667
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BÜLENT İÇGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 111
Özet
Sucul ekosistemler antibiyotik dirençli bakteriler ile birlikte direnç genlerinin yayılması bakımından da büyük önem taşımaktadır. Bu direnç genleri arasından β-laktam antibiyotiklere karşı direnç sağlayan ve özellikle stafilokoklarda metisilin dirençliliğine (MRS) neden olan mecA geni toplum sağlığı açısından oldukça dikkat çekicidir. Bundan dolayı, bu çalışma ile sucul sistemlerde MRS ve mecA geni oluşumu hakkında daha fazla bilgi edinmek amacıyla şehirsel ve fekal kirliliğe maruz kalan Kırıkkale-Kızılırmak'ın farklı bölgelerinden su örnekleri alınarak incelenmiştir. Bu örneklerden elde edilen 290 saf bakteri kültüründen 12 tanesinin metisilin türevleri olan sefoksitin ve oksasiline karşı direnç gösterdikleri belirlenmiştir. Sefoksitin/oksasilin dirençliği gösteren bu izolatlarda metisilin dirençliliğinden sorumlu mecA geninin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. 16S rRNA sekans analizi ile tanımlamaları sonucu 4 tanesinin Staphylococcus, 7 tanesinin Pseudomonas ve bir tanesinin Aeromonas cinsine ait türler olduğu olduğu belirlenen bu izolatların mecA genini taşıdıkları tespit edilmiştir. Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforez (SDS-PAGE) analizi yapıldıktan sonra, Western Blot analizi ile mecA geni tarafından kodlanan penisilin bağlayıcı proteininin (PBP2a) belirlenmesi çalışmalarında kullanılan ve ticari olarak üretilen antikorların stafilokokkal PBP2a'ya özgü olduğu ve bunların tespitinde başırı ile sonuç verdiği, ancak söz konusu antikorların stafilokok olmayan ve mecA taşıyan bakterilerde bu gen tarafından kodlanan PBP2a proteininin tespitinde etkisiz olduğu belirlenmiştir. Ayrıca yüzey sularında 2011-2012 yılları arasında mecA taşıyan izolatlar, floresan işaretli mecA-specifik DNA probu kullanılarak floresan in situ hibridizasyon yöntemi ve görüntü analizi mikroskopu ile takip edilmiştir. Bu çalışma ile, yüzey sularında metisilin-dirençli bakterilerin yerinde izlenmesinde mecA-spesifik DNA probunun kullanılmasının potansiyel bir analitik yöntem olabileceği belirlenmiştir. Yapılan bu çalışma ile direnç genlerinin sucul ortamlarda farklı kökenli bakterilerin fiziksel teması ile birbirlerine aktarılabildiği mecA geni açısından gösterilmiştir. Bu nedenle yüzey sularında mecA geninin yayılımının sadece stafilokoklar ile sınırlı olmadığı, stafilokok dışındaki türlerde de olabileceğinden bilimsel değerlendirmelerde dikkate alınması gerektiği sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
Aquatic ecosystems represent important vehicles for the dissemination of not only antibiotic resistant bacteria but also antibiotic resistance genes. Of particular interest are methicillin-resistant staphylococci (MRS) harbouring mecA gene that confers their resistance to β-lactams. Therefore, in this study, water samples collected from different locations of a river impacted by surrounding facilities and domestic effluents were analysed to learn more about the occurrence of MRS and mecA gene. Out of 290, 12 surface water isolates displayed resistance to both cefoxitin and oxacillin (derivatives of methicillin) antibiotics. Cefoxitin/oxacillin-resistant surface water isolates were screened for the prevalence of mecA gene by a polymerase chain reaction method. All of the cefoxitin/oxacillin-resistant surface water isolates including 4 Staphylococcus, 7 Pseudomonas, and one Aeromonas species, identified by 16S rRNA sequencing, were found out to harbor mecA. Following Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE), Western Blot analysis of penicillin-binding protein (PBP2a) encoded by mecA revealed that staphylococcal PBP2a-specific antibodies were unsuccessful in detecting non-staphylococcal carriers. For this reason, mecA-specific DNA probe was also used to monitor all mecA harboring surface water isolates during the periods of two years in between 2011 and 2012 by using in situ fluorescent hybridization technique and image-analyzed microscopy. Our results indicated that the mecA-specific DNA probe might be a potential analytical tool in selecting and in situ monitoring of methicillin resistant isolates in surface waters. Once in the environment, bacteria of different origin come into physical contact and may exchange resistance genes with the indigenous bacterial population. Therefore, surface waters are not only hot spots for mecA harbouring staphylococcal isolates but also non-staphylococcal ones due to gene dissemination and require special scientific consideration.
Benzer Tezler
- Erişkin yoğun bakım ünitelerinden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus suşlarında E-test ile farklı antibiyotik mik değerlerinin araştırılması
Methicillin-resistant staphylococcus strains isolated from adult intensive care units with E-test mic values of different antibiotic research
NARİN GÜNDOĞUŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
MikrobiyolojiDicle ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADRİ GÜL
- Ambulans hijyeni; mevcut durum ve olması gerekenler
Ambulance hygiene; current situation and requirements
ZEYNEP MÜNTEHA POLAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiSakarya ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
- Diz ve kalça eklem protezlerin değerlendirilmesi
Evaluation of the infections of knee and hip joint prosthesis: A clinical experiment
ABBAS TOKYAY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Ortopedi ve TravmatolojiDokuz Eylül ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VASFİ KARATOSUN
- Yoğun bakım ünitesinde vankomisinin terapötik ilaç izlemi uygunluğunun klinik eczacılık yaklaşımıyla değerlendirilmesi
Evaluation of the appropriateness of vancomycin therapeutic drug monitoring in the intensive care unit with a clinical pharmacy approach
SEMA DİNÇEL
Eczacılıkta Uzmanlık
Türkçe
2023
Eczacılık ve FarmakolojiErciyes ÜniversitesiKlinik Eczacılık Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EREN DEMİRPOLAT
- Koagülaz pozitif ve koagülaz negatif stafilokok suşlarında Makrolid Linkozamid Streptogramin B (MLSB) grubu antibiyotiklere direncin araştırılması
The investigation of the resistance in coagulase positive and coagulase negative staphylococcus in Macrolide Lincosamide Streptogramin B (MLSB) groups antibiotics
ILGIN KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM KAYACAN