Geri Dön

Monitoring methicillin-resistant bacteria in river water by using meca-specific DNA probe

Meca-spesifik DNA probu kullanarak nehir suyunda metisilin dirençli bakterilerin takip edilmesi

  1. Tez No: 419667
  2. Yazar: ELNAZ SEYEDMONİR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. BÜLENT İÇGEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 111

Özet

Sucul ekosistemler antibiyotik dirençli bakteriler ile birlikte direnç genlerinin yayılması bakımından da büyük önem taşımaktadır. Bu direnç genleri arasından β-laktam antibiyotiklere karşı direnç sağlayan ve özellikle stafilokoklarda metisilin dirençliliğine (MRS) neden olan mecA geni toplum sağlığı açısından oldukça dikkat çekicidir. Bundan dolayı, bu çalışma ile sucul sistemlerde MRS ve mecA geni oluşumu hakkında daha fazla bilgi edinmek amacıyla şehirsel ve fekal kirliliğe maruz kalan Kırıkkale-Kızılırmak'ın farklı bölgelerinden su örnekleri alınarak incelenmiştir. Bu örneklerden elde edilen 290 saf bakteri kültüründen 12 tanesinin metisilin türevleri olan sefoksitin ve oksasiline karşı direnç gösterdikleri belirlenmiştir. Sefoksitin/oksasilin dirençliği gösteren bu izolatlarda metisilin dirençliliğinden sorumlu mecA geninin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi kullanılarak araştırılmıştır. 16S rRNA sekans analizi ile tanımlamaları sonucu 4 tanesinin Staphylococcus, 7 tanesinin Pseudomonas ve bir tanesinin Aeromonas cinsine ait türler olduğu olduğu belirlenen bu izolatların mecA genini taşıdıkları tespit edilmiştir. Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforez (SDS-PAGE) analizi yapıldıktan sonra, Western Blot analizi ile mecA geni tarafından kodlanan penisilin bağlayıcı proteininin (PBP2a) belirlenmesi çalışmalarında kullanılan ve ticari olarak üretilen antikorların stafilokokkal PBP2a'ya özgü olduğu ve bunların tespitinde başırı ile sonuç verdiği, ancak söz konusu antikorların stafilokok olmayan ve mecA taşıyan bakterilerde bu gen tarafından kodlanan PBP2a proteininin tespitinde etkisiz olduğu belirlenmiştir. Ayrıca yüzey sularında 2011-2012 yılları arasında mecA taşıyan izolatlar, floresan işaretli mecA-specifik DNA probu kullanılarak floresan in situ hibridizasyon yöntemi ve görüntü analizi mikroskopu ile takip edilmiştir. Bu çalışma ile, yüzey sularında metisilin-dirençli bakterilerin yerinde izlenmesinde mecA-spesifik DNA probunun kullanılmasının potansiyel bir analitik yöntem olabileceği belirlenmiştir. Yapılan bu çalışma ile direnç genlerinin sucul ortamlarda farklı kökenli bakterilerin fiziksel teması ile birbirlerine aktarılabildiği mecA geni açısından gösterilmiştir. Bu nedenle yüzey sularında mecA geninin yayılımının sadece stafilokoklar ile sınırlı olmadığı, stafilokok dışındaki türlerde de olabileceğinden bilimsel değerlendirmelerde dikkate alınması gerektiği sonucuna varılmıştır.

Özet (Çeviri)

Aquatic ecosystems represent important vehicles for the dissemination of not only antibiotic resistant bacteria but also antibiotic resistance genes. Of particular interest are methicillin-resistant staphylococci (MRS) harbouring mecA gene that confers their resistance to β-lactams. Therefore, in this study, water samples collected from different locations of a river impacted by surrounding facilities and domestic effluents were analysed to learn more about the occurrence of MRS and mecA gene. Out of 290, 12 surface water isolates displayed resistance to both cefoxitin and oxacillin (derivatives of methicillin) antibiotics. Cefoxitin/oxacillin-resistant surface water isolates were screened for the prevalence of mecA gene by a polymerase chain reaction method. All of the cefoxitin/oxacillin-resistant surface water isolates including 4 Staphylococcus, 7 Pseudomonas, and one Aeromonas species, identified by 16S rRNA sequencing, were found out to harbor mecA. Following Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE), Western Blot analysis of penicillin-binding protein (PBP2a) encoded by mecA revealed that staphylococcal PBP2a-specific antibodies were unsuccessful in detecting non-staphylococcal carriers. For this reason, mecA-specific DNA probe was also used to monitor all mecA harboring surface water isolates during the periods of two years in between 2011 and 2012 by using in situ fluorescent hybridization technique and image-analyzed microscopy. Our results indicated that the mecA-specific DNA probe might be a potential analytical tool in selecting and in situ monitoring of methicillin resistant isolates in surface waters. Once in the environment, bacteria of different origin come into physical contact and may exchange resistance genes with the indigenous bacterial population. Therefore, surface waters are not only hot spots for mecA harbouring staphylococcal isolates but also non-staphylococcal ones due to gene dissemination and require special scientific consideration.

Benzer Tezler

  1. Erişkin yoğun bakım ünitelerinden izole edilen metisiline dirençli staphylococcus suşlarında E-test ile farklı antibiyotik mik değerlerinin araştırılması

    Methicillin-resistant staphylococcus strains isolated from adult intensive care units with E-test mic values of different antibiotic research

    NARİN GÜNDOĞUŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    MikrobiyolojiDicle Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KADRİ GÜL

  2. Ambulans hijyeni; mevcut durum ve olması gerekenler

    Ambulance hygiene; current situation and requirements

    ZEYNEP MÜNTEHA POLAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    MikrobiyolojiSakarya Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ

  3. Diz ve kalça eklem protezlerin değerlendirilmesi

    Evaluation of the infections of knee and hip joint prosthesis: A clinical experiment

    ABBAS TOKYAY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Ortopedi ve TravmatolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Ortopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. VASFİ KARATOSUN

  4. Yoğun bakım ünitesinde vankomisinin terapötik ilaç izlemi uygunluğunun klinik eczacılık yaklaşımıyla değerlendirilmesi

    Evaluation of the appropriateness of vancomycin therapeutic drug monitoring in the intensive care unit with a clinical pharmacy approach

    SEMA DİNÇEL

    Eczacılıkta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Eczacılık ve FarmakolojiErciyes Üniversitesi

    Klinik Eczacılık Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EREN DEMİRPOLAT

  5. Koagülaz pozitif ve koagülaz negatif stafilokok suşlarında Makrolid Linkozamid Streptogramin B (MLSB) grubu antibiyotiklere direncin araştırılması

    The investigation of the resistance in coagulase positive and coagulase negative staphylococcus in Macrolide Lincosamide Streptogramin B (MLSB) groups antibiotics

    ILGIN KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÇİĞDEM KAYACAN