Geri Dön

Kanatlı hayvan ve ürünleri kaynaklı salmonellaların serotiplendirilmesi ve genotiplendirilmesi

Serotyping and genotyping of salmonellae of poultry and poultry product origin

PDF İndir

  1. Tez No: 420889
  2. Yazar: ZAFER ATA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE GÜL EYİGÖR
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Besin Hijyeni ve Teknolojisi, Food Hygiene and Technology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Uludağ Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Besin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

Bu çalışmanın ilk hedefi, hayvan ve hayvansal kaynaklı gıdalarda Salmonella serotipleri içinde en fazla görülen S. Enteritidis'in hızlı saptama imkanı veren, SE-rPCR yöntemi ile konvansiyonel serotiplendirme sonuçlarını karşılaştırarak, laboratuvar hizmetlerinde kullanma potansiyelini değerlendirmekti. İkinci hedefi ise moleküler tiplendirme metodu olan Multilocus Sequence Typing (MLST) yöntemi ile çalışmada kullanılan Salmonella izolatlarını tiplendirerek, elde edilen sonuçların literatürde ilk kez denenecek olan MLST sonrası yapılan High Resulotion Melting (HRM) analizi sonuçlarıyla karşılaştırmak ve HRM analizinin MLST tiplendirmesinde kullanım olasılığını araştırmaktır. Çalışmada piliç eti, hindi eti, yumurta ve kanatlı orijinli 58 Salmonella izolatı kullanılmıştır. SefB127L ve SefB661R primer çiftlerinin kullanıldığı bir real-time PCR protokolü ilk kez oluşturulmuş ve S. Enteritidis spesifik real-time PCR (SE-rPCR) sonuçları konvansiyonel serotiplendirme sonuçları ile karşılatırıldığında Cohen kappa değeri 0,86 bulunmuştur. Bu sonuç iki test arasında neredeyse mükemmel bir uyum olduğunu göstermiştir. Bu çalışmada analiz edilen izolatlardan sadece 3 adedinin (izolat no 6, 122 ve 151) MLST veri tabanındaki Sequence Type (ST)'lere %100 benzediği saptanmıştır. Her üç izolatın da ST11'e %100 benzediği tespit edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen izolatların 43 farklı genotipte olduğu belirlenerek, MLST'nin Salmonella enterica tiplendirmesinde çözünürlüğünün çok yüksek olduğu saptanmıştır. MLST yönteminin bir parçası olan DNA dizileri, HRM analizi sonucu, 40 adet birbirinden farklı DNA dizisine ayrılmıştır. HRM analizinin DNA dizi analizi ile aynı sonuçları vermesi nedeni ile sadece HRM analizinin yapılması ile farklı çıkan DNA'ların dizilenmesi sonrası, analiz maliyetinin %83 oranında azaltılacağı belirlenmiştir. SE-rPCR hızlı diagnostik survey ve araştırma çalışmalarında geleneksel serotiplendirme testlerine gereksinimini azaltan, zaman ve maliyet açısından kazanç sağlayan güvenilir bir alternatif metot olarak düşünülmüştür. Buna ek olarak, literatürde ilk kez HRM analizi, MLST ile genotiplendirmede kullanılmış ve HRM kullanımının maliyet düşürücü avantajı ortaya konulmuştur.

Özet (Çeviri)

The first aim of this study was to identify the serogroup/serotype of the Salmonella spp. isolates of animal and animal-derived food origin in our laboratory by conventional serotyping, as well as to perform a S. Enteritidis-specific realtime PCR (SE-rPCR), then to determine their performance and evaluate their relevance. The second aim of this study was to genotype the same Salmonella isolates by a multilocus sequence typing (MLST), and to compare these results with high resolution melting (HRM) analysis performed after MLST, and to finally determine the usefulness of HRM analysis in MLST. For this, a total of 58 isolates of chicken meat, turkey meat, egg, and poultry origin was used. SE-rPCR, which was performed for the first time by using SefB-gene specific primers, was almost in perfect agreement with conventional serotyping (Cohen's kappa index = 0,86). Only 3 of the 50 isolates (isolate number 6, 122 ve 151) showed 100% similarity to sequence type (ST)11 in the STs in MLST database. All of the isolates used in this study showed 43 different genotypes, where MLST had high resolution in Salmonella enterica typing. As a part of the MLST, DNA sequences were classified under 40 different sequences after HRM analysis. Since HRM analysis resulted the same as the DNA sequence analysis, by only sequencing the DNA with different HRM analysis results, the analysis cost would be reduced by 83%. Results of this study indicate that SE-rPCR is a rapid alternative diagnostic tool to be used in surveillance and research purposes, which would reduce the requirement for agglutination tests performed by specific antisera, thus the time and the cost. Additionally, this study reports the use of HRM analysis in combination with MLST for the first time in literature as an advantageous approach in reducing the overall cost of the test.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    363526

    Farklı çiftlik atıklarının birlikte çürütülmesi ve gaz üretim optimizasyonu

    Optimization of gas production by decomposition of different farm wastes

    OSMAN ALİ ÇİÇEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MAHMUT ALTINBAŞ

  2. Tez No

    650558

    Türkiye piliç eti ve ürünleri dış ticareti ve pazarlama yapısının ekonomik analizi

    An economic analysis of broiler meat and products marketing structure and foreign trade of Turkey

    SEYİT CAN GÜLOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    EkonomiAnkara Üniversitesi

    Hayvan Sağlığı Ekonomisi ve İşletmeciliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ENGİN SAKARYA

  3. Tez No

    846274

    The role of oxidative stress factors in the pathophysiology of Ocular Rosacea, analysis of tears and other materials

    Oküler Rosacea patofizyolojisinde oksidatif stres faktörlerinin rolü, gözyaşı ve diğer materyallerin analizi

    NİLÜFER YEŞİLIRMAK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyokimyaGazi Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NESLİHAN BUKAN

    PROF. DR. JEAN-LOUIS BOURGES

  4. Tez No

    747996

    Effects of artemisia annua L. on performance, digestive enzyme activities, digesta pH, intestinal microflora and gut morphology in broiler diets

    Broiler rasyonlarında artemisia annua L.'nin performans, sindirim enzim aktiviteleri, bağırsak pH, mikroflora ve morfolojisi üzerine etkileri

    HAFIZ MUHAMMAD NOUMAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Veteriner HekimliğiKırıkkale Üniversitesi

    Hayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖKHAN ŞEN

  5. Tez No

    150328

    Hindi ve broylerde Ornithobacterium rhinotracheale'nin izolasyonu ve identifikasyonu üzerine çalışmalar

    İzolation and identification of Ornithobacterium rhinotracheale from turkeys and broilers

    YASİN AKOVA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. YAVUZ SEZEN

Geri Dön