Geri Dön

Doğada kurutulmuş ruminant dışkısından metagenomik DNA izolasyonu ve bazı rumen bakterilerinin tespiti

Metagenomic DNA isolation from naturally dried ruminant feces and detection of certain rumen bacteria

  1. Tez No: 423821
  2. Yazar: ARİF YAVUZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. UĞUR ÇÖMLEKCİOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Rumen, bakteri, ruminant, metagenomik, DNA, PZR, Rumen, bacteria, ruminant, metagenomic, DNA, PCR Kahramanmaraş Sütçü İmam University
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 62

Özet

Rumen bakterilerinin araştırılmasında günümüzde kültüre bağımlı teknikler ile beraber kültürden bağımsız bir yaklaşım olan metagenomik yöntemler de kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı doğal şartlarda kuruyan dışkıdan metagenomik DNA izolasyonu gerçekleştirmek ve rumen bakterilerinin varlığını spesifik primerler ile belirlemektir. Bunun için koyuna ait dışkı örneklerinden metagenomik DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Elde edilen metagenomik DNA'dan PZR yöntemi ile 10 rumen bakterisi araştırılmış ve 7 adet bakteri tespit edilmiştir. Ayrıca doğal şartlarda kurumanın etkisini araştırmak için 8 hafta boyunca açık havada kurutulan dışkı örneklerinden de DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Dışkı örnekleri hızlı bir şekilde kuruyarak kütlesinin % 53-54'ünü kaybetmiştir. Taze ve kuru örneklerden yapılan izolasyonlar sonrasında DNA konsantrasyonları 25.60-59.50 ng/µL, saflıkları ise 1.72-1.90 arasında değişmiştir. Elde edilen DNA kullanılarak 16S rDNA bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmış ve fekal inhibitörlerin PZR üzerine etkisinin olmadığı görülmüştür. Spesifik primerler ile yapılan PZR sonucunda Anaerovibrio lipolytica, Fibrobacter succinogenes, Prevotella bryantii, P. ruminicola, Ruminobacter flavefaciens, Streptococcus bovis ve Selenomonas ruminantium varlığı tespit edilirken, R. amylophilus, R. albus ve Succinovibrio dextrinosolvens'in varlığına rastlanılmamıştır. Sonuç olarak bu çalışma, kurumuş dışkıdan yüksek kalitede ve yeterli konsantrasyonda metagenomik DNA'nın elde edilebileceğini ve mikroorganizmaların varlığının spesifik primerler kullanılarak tespitinin mümkün olduğunu göstermiştir.

Özet (Çeviri)

Recently, besides culture dependent techniques, culture independent metagenomic approaches are also used to investigate rumen bacteria. This study aimed to perform metagenomic DNA isolation from the feces dried in natural conditions and to determine the presence of rumen bacteria using PCR with specific primers.For this purpose, metagenomic DNA isolations were carried out from the sheep feces. PCR and specific primers were used for the detection of 10 rumen bacteria and 7 bacteria was determined in metagenomic DNA. Fecal samples were air-dried in natural conditions for 8 weeks to investigate the effect of drying and DNA isolations were carried out from dried samples with 1 week intervals. Fecal samples were rapidly lost 53.72% of its mass. DNA concentrations and purity were found to be between 25.60-59.50 ng/mL and 1.72-1.90, respectively. The 16S rDNA region was amplified by polymerase chain reaction from metagenomic DNA and no inhibition was observed due to the inhibitors. Anaerovibrio lipolytica, Fibrobacter succinogenes, Prevotella bryantii, P. ruminicola, Ruminobacter flavefaciens, Streptococcus bovis and Selenomonas ruminantium were detected by PCR, however no PCR products were obtained by using R. amylophilus, R. albus and Succinovibrio dextrinosolvens spesific primers. In conclusion, high quality DNA from dried feces in sufficient concentrations could be isolated in this study and the presence of rumen microorganisms were detected using specific primers from metagenomic DNA.

Benzer Tezler

  1. Kurutulmuş nohut granüllerinden (Cicer arietinum) β-galaktosidaz enziminin saflaştırılması ve karakterizasyonu

    Purification and characterization of β-galactosidase enzyme from dry chick pea granules (Cicer arietinum)

    ERDEM KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    KimyaKocaeli Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YONCA DUMAN

  2. Malatya-Arguvan yöresinde toplanan çaşır mantarında (Pleurotus Eryngii) farklı kurutma yöntemlerinin karşılaştırılması

    Comparison of different drying methods on the collected çaşir mushrooms (Pleurotus Eryngii) in Malatya-Arguvan region

    FUAT LÜLE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    ZiraatNamık Kemal Üniversitesi

    Biyosistem Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BİROL KAYİŞOĞLU

  3. Investigation into the effects of nano-materials and nano-polymers on clays

    Nano malzeme ve nano polimerlerin kil zeminler üzerindeki etkilerinin incelenmesi

    AMIN YEGANEH RIKHTEHGAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BERRAK TEYMÜR

  4. Bazı sebzelerin kurutma karakteristiklerinin incelenmesi

    Investigation of drying characteristics of some vegetables

    FERGÜN KOCAYİĞİT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Kimya MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM DOYMAZ

  5. Patlıcanın kurutma ve rehidrasyon karakteristiklerinin belirlenmesi

    Investigation of drying and rehydration characteristics of eggplant

    CANSU AKTAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Kimya MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. İBRAHİM DOYMAZ