Gıda patojenlerinin tespiti için floresan temelli ekonomik DNA test yöntemlerinin geliştirilmesi
Development of economical flourescence based DNA test methods for foodborne pathogen detection
- Tez No: 424105
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ERGÜN ŞAKALAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Mikrobiyoloji, Bioengineering, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 67
Özet
Gıdalarda mikrobiyal patojen tespiti için real-time PCR tekniklerinin geniş uygulama alanı bulması, ayrıca güvenilir, hızlı, kolay ve ekonomik metotlara artan endüstriyel ilgi, DNA temelli metotların geliştirilmesine yol açmıştır. Bu tezde, Listeria monocytogenes ve Escherichia coli O157:H7'nin kompleks bir gıda matrisinde pratik ve eş zamanlı tespiti için ekonomik bir PCR tekniğinin geliştirilmesi anlatılmıştır. Bakteriyel DNA Multi-Fast DNA İzolasyon Kiti (GIDAGEN, Türkiye) ile izole edilmiştir. GC içeriği birbirinden oldukça farklı olan yayınlanmış primerlerin kombinasyonu ve değerlendirilmesi ile EvaGreen temelli dubleks real-time PCR sistemi geliştirilmiştir. Öncül dubleks PCR, model gıda sistemlerinde L. monocytogenes ve E. coli O157:H7'ye uygulanmıştır. L. monocytogenes ve E. coli O157:H7 tespiti için sırasıyla hylA ve uidA hedef gen bölgeleri çoğaltılmıştır. EvaGreen temelli simpleks ve dubleks real-time PCR sistemi ile spesifik PCR ürünleri erime eğrisi analizleri ile belirlenmiş ve L. monocytogenes için tekrarlanabilir Tm değeri 77.00±0.4°C iken, E. coli O157:H7'nin tekrarlanabilir Tm değerinin 85.60±0.5°C olduğu gösterilmiştir. Primerlerin spesifitesi 10 tane farklı bakteri suşu kullanılarak test edilmiştir ve L. monocytogenes ve E. coli O157:H7 tespiti için primerlerin spesifik olduğu belirlenmiştir. EvaGreen temelli dubleks ve simpleks real-time PCR için mutlak algılama sınırı iki patojen bakteri DNA'sı için de 0.00001 ng/μl olarak bulunmuştur. Simpleks ve dubleks tekniğin göreceli tesbit limiti her iki patojen için 10 hücre/ml'den düşük bulunmuştur.
Özet (Çeviri)
The wide application of real-time PCR techniques and the increasing industrial interest towards rapid, easy, economical and reliable methods have led to the development of DNA based methods for the detection of microbial pathogens in food. In the present paper, we describe the development of a cost-efficient PCR technique for simultaneous and practical detection of Listeria monocytogenes and Escherichia coli O157:H7 in a complex food matrix. Bacterial DNA was isolated with Multi-Fast DNA Isolation Kit (GIDAGEN, İstanbul, Turkey). An EvaGreen based duplex PCR system was developed with the evaluation and combination of published primers whose GC contents were quite different from one another. Novel duplex PCR was applied to L. monocytogenes and E. coli O157:H7 in model food systems. Target genes hylA and uidA were amplified for the detection of L. monocytogenes and E.coli O157:H7, respectively. EvaGreen based simplex and duplex real-time PCR showed that specific PCR products were identified by melting curve analysis, and a reproducible Tm of 77.00± 0.4°C for L. monocytogenes and 85.60±0.5 for E. coli O157:H7. The specifity of primers were evaluated in 10 different bacterial strains and showed that the chosen primers were specific for the detection of L. monocytogenes and E. coli O157:H7 by real-time PCR. The absolute detection limit of EvaGreen based simplex and duplex real-time PCR was 0.00001 ng/μl for DNAs for both pathogens. The relative detection limit of simplex and duplex technique was less than 10 cells/ml for two pathogens.
Benzer Tezler
- Gıda patojenleri için dijital PCR ile hızlı tespit yöntemlerinin geliştirilmesi
Development of rapid detection methods for food pathogens using digital PCR
YELİZ YÜCEL ÖZ
Doktora
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYTEN KARATAŞ
- Mikroyeşillik üretiminde patojen transferinin takibi ve ultraviyole-C'nin patojen redüksiyonundaki etkinliğinin tespiti
Monitoring of pathogen transfer in microgreen production and determination of the effectiveness of ultraviolet-C in pathogen reduction
SEFA IŞIK
Doktora
Türkçe
2023
Gıda MühendisliğiAtatürk ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜLENT ÇETİN
DOÇ. DR. ZEYNAL TOPALCENGİZ
- İstanbul ilinde satışa sunulan kıyma örneklerinde Salmonella cinsi bakterilerin tespiti
Detection of Salmonella spp. in minced meat consumed in Istanbul
DİDEM ÖZER
- Etiketsiz yanal akış ile Listeria monocytogenes'e karşı aptamer kapılı silika nanopartiküllerin serbest bırakılması
Label-free lateral flow assay for Listeria monocytogenes by aptamer-gated release of signal molecules
BEHİYE BÜŞRA TAŞBAŞI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiKonya Gıda ve Tarım ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VELİ CENGİZ ÖZALP
- Erzurum piyasasından toplanan kıyma örneklerindeki bazı patojenik bakterilerin Real Time PCR yöntemi ile tespiti
Detection of some pathogenic bacteria in beef samples collected from Erzurum market by Real Time PCR method
BÜŞRA TURANOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET ADIGÜZEL