Domates bitkisinde Pospiviroid cinsi viroid etmenlerinin varlığının araştırılması ve moleküler karakterizasyonu
Investigation and molecular characterization of viroid agents existance at Pospiviroid genus on tomato plant
- Tez No: 424210
- Danışmanlar: PROF. DR. NÜKET ÖNELGE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Viroid, Domates, Pospiviroid, RT-PCR, Mekanik İnokulasyon, Viroid, Tomato, Pospiviroid, RT-PCR, Mechanical Inoculation
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 136
Özet
Bu çalışma domates bitkisinde Pospiviroid cinsi viroid etmenlerinin varlığının araştırılması amacı ile yürütülmüştür. Bu amaçla, 2014-2015 yılları arasında toplam 400 adet domates tohum, fide ve yaprak örneği toplanmış ve örneklerin total nükleik asit ekstraktları elde edilmiştir. Pospi1-FW/RE ve Vid-FW/RE yarı-evrensel primer setleri ile yürütülen RT-PCR çalışmalarında, testlenen 398 adet domates örneğinin herhangi bir viroid etmeni ile bulaşık olmadığı tespit edilmiştir. Bunun yanında, saksıda yetiştirilen ''Çeri'' çeşidi iki domates örneğinin Citrus exocortis viroid (CEVd) ile bulaşık olduğu, CEVd etmenine spesifik CEVd-FW/RE primer çifti ile belirlenmiştir. Agaroz jel elektroforezi çalışmalarında bu örneklere ait 371 bp'lik DNA fragmentleri görüntülenmiş ve CEVd ile enfekteli domates izolatları, moleküler açıdan da karakterize edilmiştir. Nükleotid dizilimi analizi sonuçları, NCBI gen bankasına bildirilen bazı domates, turunçgil ve diğer bitki türlerine ait izolatlara % 89-98 oranında sekans benzerliği göstermiştir. Yürütülen moleküler çalışmalara ek olarak, Citrus exocortis viroid (CEVd) ve Potato spindle tuber viroid (PSTVd) etmenlerinin domates bitkilerinde oluşturabileceği bazı farklı simptomları gözlemlemek için, bir mekanik inokulasyon uygulaması gerçekleştirilmiştir. İlk simptomlar inokulasyondan yaklaşık 30-35 gün sonra, her iki viroid etmeni için de; bodurlaşma, yaprak epinastisi, yaprak kıvrılması ve bitki yapısında bozulmalar olarak belirmiştir.
Özet (Çeviri)
This study was conducted to investigate viroid agents existance at Pospiviroid genus on tomato plant. For this purpose, between 2014-2015 years totally 400 tomato seeds, seedlings and leaves samples were collected and total nucleic acid extracts of these samples were obtained. In RT-PCR studies which were carried out by Pospi1-FW/RE and Vid-FW/RE semi-universal primer sets, any viroid infection was detected in 398 tomato samples. On the other hand, two tomato samples which were grown in flowerpot on ''Çeri'' cultivar, found infected with Citrus exocortis viroid (CEVd) by CEVd-FW/RE spesific primer pair. In agarose gel electrophoresis studies, 371 bp of DNA fragments were shown belong to these samples. CEVd infected tomato isolates were also characterized molecularly. Analysis of nucleotid aligments results showed % 89-98 sequence similiarity rates to some tomato, citrus and other plant species reported to NCBI Genbank database. In addition to molecular studies, to observe some different symptoms of Citrus exocortis viroid (CEVd) and Potato spindle tuber viroid (PSTVd) agents on tomato plants, a mechanical inoculation application was performed. First symptoms were pointed out approximately 30-35 days later from inoculation, for both viroid agents; as stunting, leaf epinasty, leaf curling and malformation of plant structure.
Benzer Tezler
- Domates bitkisinde tuz stresi koşullarında total RNA miktarının belirlenmesi
Tomato plants of the salt stress conditions total RNA in the deteremination of quantity
ALİ PEKTEZ
- Domates bitkisinde glisin betain uygulamasının soğuk toleransı ile ilgili genlerin belirimi üzerine etkileri
The effect of exogenous glycine betaine application on tomato plant under the effect of cold stress
TUĞBA KARABUDAK
- Domates bitkisinde patojen olan Fusarıum oxysporum f.sp. Lycopersici strainlerinin moleküler tanısı ve patojenite genlerinin araştırılması
Investigation of molecular recognation and pathogenicity genes of tomato pathogenic Fusarium oxysporum f.sp. Lycopersici strains
TANAY UZGAN
- Rize'de domates fideleri ve topraklarından Fusarium ile Trichoderma spp. suşlarının izolasyonu ve biyokontrol aktivitelerinin belirlenmesi
The isolation of Fusarium and Trichoderma spp. strains from tomato seedlings and soils and determination of biocontrol activities
YAŞAR KASAP
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞENGÜL ALPAY KARAOĞLU
- Domates bitkisinde azot içeriğinin hiperspektral algılama teknikleriyle belirlenebilirliğinin araştırılması
Investigation of the determination of nitrogen content with hyperspectral detection techniques in tomato plant
ESMA KARĞI
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatIsparta Uygulamalı Bilimler ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. LEVENT BAŞAYİĞİT