Geri Dön

Gökçeada toprak izolatı aktinobakterilerin 16s rRNA gen bölgesine göre moleküler tiplendirilmeleri

Molecular identification of actinobacteria isolated from Gökçeada soil samples by 16s rRNA gene region

  1. Tez No: 425815
  2. Yazar: AHMET RIDVAN TOPKARA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KAMİL IŞIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Actinomycetes, 16S rRNA, Moleküler Karakterizasyon, Actinomycetes, 16S rRNA, Molecular Identification
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 171

Özet

Bu çalışmada, Ege Bölgesi'nde bulunan Gökçeada'nın 6 farklı lokalitesinden alınan toprak örneklerinden aktinomiset izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzolatların 16S rRNA gen bölgesine ait nükleotit dizileri elde edilmiş ve filogenetik analizlerle moleküler tiplendirilmeleri yapılmıştır. Toprak örneklerine dilüsyon plaka yöntemi uygulanarak sekiz farklı besiyeri ortamı kullanılmış ve test suşlarının izolasyonu gerçekleştirilmiştir. İzole edilen 150 organizma içerisinden 40 organizmanın 16S rRNA gen bölgesinin PZR çalışmaları tamamlanmıştır. 16S rRNA gen bölgesi nükleotit dizi analizi sonuçlarına göre, izolatların Actinomadura, Amycolatopsis, Microbispora, Nocardia, Nonomuraea, Saccharopolyspora ve Strepromyces olmak üzere 7 farklı aktinomiset cinsinin üyesi oldukları belirlenmiştir. MEGA 6 paket programı kullanılarak bu izolatlar içerisinden 40 tanesinin en yakın tip türleri ile filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. PHYDIT 3.1 programı kullanılarak izolatların en yakın tip türleri ile yüzde benzerlik ve nükleotit farklılık tabloları oluşturulmuştur. MEGA 6 programı kullanılarak oluşturulan dendogramlar ve PHYDIT 3.1 programı ile oluşturulan tabloların verileri birlikte yorumlanarak yeni tür olma ihtimali yüksek olan izolatlar belirlenmiştir. 16S rRNA gen bölgesi filogenetik analizlerine göre; AI238, AI239, AS21, AYDS4 (Actinomadura sp.), ZIZ37, AYDS25 (Nonomuraea sp.), AZ5, EZ3 (Microbispora sp.) ve ZEYZ1 (Strepromyces sp.) izolatlarının olası yeni türler olarak ülkemiz adasından literatüre girecekleri tahmin edilmektedir.

Özet (Çeviri)

In this study, actinomycetes isolation from soil samples taken from six different localities of Gökçeada in Ege Regıon was carried out. 16S rRNA gene sequence data of isolates was obtained and molecular typing by phylogenetic analyses was performed. Isolation of test strains was performed by applying dilution plate to soil samples using eight different media. Out of 150 isolates, PCR amplification of 16S rRNA gene regıon of 40 isolates was completed. With respect to 16S rRNA gene sequence analyses, the isolates were determined to belong to the genera of Actinomadura, Amycolatopsis Microbispora, Nocardia, Nonomuraea, Saccharopolyspora and Streptomyces. Phylogenetic analyses of 40 isolates with the closest type species were performed by using MEGA 6 pocket programme. Similarity indices and nucleotide differences tables of isolates compared to the closest type species were constructed by using PHYDIT 3.1 programme. The isolates probably new for the literature were determined by interpreting data obtained from dendrograms constructed by MEGA 6 and tables composed by PHYDIT. According to the phylogenetic analyses of 16S rRNA gene regıon, the isolates of AI238, AS21, AI239, AYDS4 (Actinomadura sp.), ZIZ37, AYDS25 (Nonomuraea sp.), ZEYZ1 (Streptomyces sp.) and AZ5, EZ3 (Microbispora sp.) from our country's island are estimated to have potential to be novel for the literature.

Benzer Tezler

  1. Gökçeada topraklarının bazı kalite parametreleri ve erozyon riskinin belirlenmesi

    Determination of some soil quality parameters and erosion risk of Gokceada

    REMZİ İLAY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    CoğrafyaÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASEMİN KAVDIR

  2. Bozcaada topraklarının detaylı etüt-haritalanması ve sınıflandırılması, toprak-iklim-coğrafi konum (Terroır) özelliklerine göre bağcılığa yönelik arazi değerlendirmesi

    Detailed soil survey-mapping and classification of Bozcaada soils, land evaluation for vineyards according to soil-climate-geographical location (Terroir)

    YUSUF YİĞİNİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    ZiraatÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Toprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HÜSEYİN EKİNCİ

  3. Gökçeada kazısından çıkarılan arkeolojik malzemelerin eser element içeriği ölçümü için çeşitli analitik tekniklerin karşılaştırılması

    Comparison of various analytical techniques for measuring the trace element content of archaeological materials excavated from Gökçeada

    GÖKHAN GÜNDUĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    KimyaTrakya Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. YILDIZ KALEBAŞI

  4. Gökçeada momentum, heat and moisture fluxes analysis

    Gökçeada'da ısı ve momentum akılarının etüdü

    ABDULLATİF M. LATİF

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1993

    Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    DOÇ. DR. ZAFER ASLAN