Türkiye'de yetişen yerel emmer buğday [Triticum turgidum L. ssp. dicoccon (Schrank) Thell.] popülasyonlarında genetik çeşitliliğin moleküler yöntemlerle karakterizasyonu
Characterization of genetic diversity in emmer wheat [Triticum turgidum L. ssp. dicoccon (Schrank) Thell.] landraces populations grown in Turkey by molecular markers
- Tez No: 426841
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEM ÖZBEK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hitit Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 91
Özet
Bu çalıĢmada Türkiye‟de yetiĢen dokuz yerel emmer buğday [Triticum turgidum L. ssp. dicoccon (Schrank) Thell] popülasyonu basit dizi tekrarları (SSR) yöntemiyle araĢtırıldı. ÇalıĢmada kullanılan tohumlar Ege Tarımsal AraĢtırmalar Enstitüsü Müdürlüğü‟nden temin edildi. Bu çalıĢmada kullanılan dokuz SSR primeri uzunlukları 57-376 bç arasında değiĢen ve %100 polimorfik toplam 497 alel üretti. Elde edilen SSR verileri genetik veri analizi yazılım programı olan POPGENE (1.32 versiyonu) ile analiz edildi. Lokus düzeyindeki genetik veri analizlerine göre ortalama lokus baĢına düĢen alel sayısı (n a), etkili alel sayısı (n ea), genetik çeĢitlilik değeri (He.) ve Nei‟nin genetik çeĢitlilik değerleri sırasıyla 40,89, 13, 0,9 and 0,89 olarak belirlendi. En yüksek ortalama alel sayısı, etkili alel sayısı, geneti k çeĢitlilik ve Nei‟Nin genetik çeĢitlilik değerleri sırasıyla n a = 50 (X-gwm-186 için), n e = 26.08 (X-gwm-312 için), He = 0.97 (X-gwm-312 için) and Nei‟s He = 0.96 (X-gwm-312 için) olarak hesaplandı. En düĢük ortalama alel sayısı, etkili alel sayısı, genetik çeĢitlilik ve Nei‟nin genetik çeĢitlilik değerleri sırasıyla n a = 30 (X-gwm-408 için), n e= 3,45 (X-gwm-577 için), He = 0,71 (X-gwm-577 için) and Nei‟s He =0,71 (X-gwm-577 için) olarak hesaplandı. Gözlenen en yüksek genetik çeĢitlilik Heob. = 0,24 ile H populasyonunda tespit edilirken gözlenen en düĢük genetik çeĢitlilik Heob. = 0,08 ile L populasyonunda tespit edildi. Beklenen en yüksek genetik çeĢitlilik Heexp. = 0,92 ile L populasyonunda gözlenirken beklenen en düĢük genetik çeĢitlilik Heexp. = 0,76 ile H populasyonunda tespit edildi. Populasyonlar arasında genetik farklılaĢma ve gen akıĢı değerleri sırasıyla FST = 0,15 ve Nm = 1,41 olarak hesaplandı. Populasyon içindeki genetik varyasyon %85 iken populasyonlar arasında %15‟tir. En yüksek genetik uzaklık B ve L populasyonları arasında D = 0,69 olarak gözlenirken, en düĢük genetik uzaklık B ve M ile M ve N arasında D = 0,46 olarak gözlendi. Populasyonlar arasındaki genetik uzaklığa göre UPGMA yöntemiyle bir dendrogram oluĢturuldu. Dendrogramda populasyonlar iki ana gruba ayrıldı. L populasyonu tek baĢına bir ana grupta kümelenirken populasyonların geri kalanı ikinci grupta kümelendi. SSR marker sistemi T. dicoccon populasyonları arasında genetik çeĢitliliği verimli Ģekilde belirledi ve farklı populasyonları birbirinden baĢarılı Ģekilde ayırt etti. Bu çalıĢmanın sonuçlarına göre SSR marker sisteminin populasyon genetiği analizlerinde genetik çeĢitliliği ve populasyon yapısını belirlemede kullanılabileceği önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
Genetic diversity among nine emmer wheat [Triticum turgidum L. ssp. dicoccon (Schrank) Thell] landraces populations, grown in Turkey was screened by simple sequence repeats (SSR) technique. The seed samples, used in this study were provided by Aegean Agricultural Research Institute Izmir. Nine SSR primers, used in this study, produced 497 alleles, which ranged 57-376 bp and were 100 % polymorphic. The SSR data obtained was analyzed using POPGENE (version 1.32) genetic data analysis software program. Genetic diversity data at locus level, mean number of allele per locus (n a), effective allele (n ea), value of genetic diversity (He.) and value of Nei‟s genetic diversity were determined as 40.89, 13, 0.9 and 0.89 respectively. The mean number of alleles, effective alleles, value of genetic diversity and value of Nei‟s genetic diversity were calculated as n a = 50 (for X-gwm-186), n e= 26.08 (for X-gwm-312), He = 0.97 (for X-gwm-312) and Nei‟s He = 0.96 (for X-gwm-312) respectively. The lowest mean number of allele, effective allele, value of genetic diversity and value of Nei‟s genetic diversity were detected as n a = 30 (for X-gwm-408), n e = 3.45 (for X-gwm-577), He = 0.71 (for X-gwm-577) and Nei‟s He =0.71 (for X-gwm-577) respectively. The highest observed genetic diversity was detected as Heob. = 0.24 in population H, while the lowest observed genetic diversity was detected as Heob. = 0.08 in population L. The highest expected genetic diversity was observed as Heexp. = 0.92 in population L, while the lowest observed genetic diversity was observed as Heexp. = 0.76 in population H. The genetic differentiation and gene flow between populations were calculated as FST = 0.15 and Nm = 1.41 respectively. Genetic variation within population and between was %85 and %15 respectively. The highest genetic distance was observed as D = 0.69 among populations B and L, while the lowest genetic distance was observed as D = 0.46 between populations B and M, and N and M. A dendrogram based on genetic distance between populations was using according to UPGMA (unpaired group mathematical average) method. That, populations separated into two main groups. The populations L were clustered alone in one main group, while the rest of the populations were clustered in the second main group. SSR marker system determined efficiently the genetic diversity among the T. dicoccon populations and it was successful to differentiate the different populations from each other. Ġt is concluced that SSR marker system can be successfully used for population genetics analysis to investigate genetic diversity and population structure.
Benzer Tezler
- Comparison of the genetic diversity levels of wheat species grown in Turkey & investigation of the genomic responses of local einkorn wheat to heat stress
Türkiye'de yetişen buğday türlerinin genetik çeşitlilik seviyelerinin karşılaştırılması & yerel siyez buğdayının sıcaklık stresine olan genomik cevaplarının araştırılması
MERVE SIVACI
Doktora
İngilizce
2023
BotanikBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM RAŞİT BİLGİN
- Ultrases ıslatma ve mikrodalga kurutma ön işleminin mercimek ununun bazı kalite ve antibesinsel özellikleri üzerine etkisi
Effect of ultrasound soaking and microwave drying pre-treatment on some quality and antinutritional properties of lentil flour
DUYGU YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Gıda MühendisliğiOrdu ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BEKİR GÖKÇEN MAZI
- Functional properties of protein isolates and antioxidants of two local turkish cranberry bean varieties and in-vitro bioaccessability studies.
Türkiyeye özgü iki yerli barbunya çeşidine ait prtoein izolatları ve antioksidanlarının fonksiyonel özellikleri ve in-vitro biyoulaşılabilirlik çalışmaları
SAYNA ZAHEDINIA
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BERAAT ÖZÇELİK
- Analytical studies on bioactive components of natural materials
Doğal malzemelerin biyoaktif bileşenleri üzerine analitik çalışmalar
VESELİNA ADIMCILAR
Doktora
İngilizce
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA BEDİA ERİM BERKER
- Yerel, yabani ve ticari kabakgillerde külleme hastalık etmenleri, Podosphaera xanthii (=Sphaerotheca fuliginea Pollachi) ve Golovinomyces cichoracearum (=Erysiphe cichoracearum D.C)'nin belirlenmesi, tanılanması ve bu patojenlere karşı dayanıklı genotiplerin araştırılması
Determination and identification of Podosphaera xanthii (=Sphaerotheca fuliginea Pollachi) and Golovinomyces cichoracearum (=Erysiphe cichoracearum D.C) causal agents of powdery mildews on domestic, wild and commercial cucurbits and searching resistant cucurbit genotypes against these pathogens
MUSTAFA YÜCESON
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZER ÇALIŞ