Bir metagenomun fonksiyonel profillemesinin gerçekleştirilmesi
Extraction of functional profile in metagenomic
- Tez No: 432329
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CELAL ÖZTÜRK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Mikrobik organizmalar birçok biyolojik ve ekolojik süreçte yer almalarına rağmen bu süreçler ve görev alan organizmalarla ilgili bilgimiz yaşadığımız çağ itibariyle kısıtlıdır. Geçtiğimiz on yılda DNA dizileme teknolojilerinde gerçekleşen önemli ilerlemeler sayesinde ortamdaki tüm mikrobiyomun DNA içeriği olan“metagenom”verisi elde edilebilmiştir. Buna paralel olarak gelişen teknolojiyle ve artan veri miktarıyla mikrobiyomun ne yaptığı sorusu gündeme gelmiştir. Bu şekilde mikrobiyomun fonksiyonel profilinin oluşturulması gerekliliği ortaya çıkmıştır. GASIC algoritması tabanlı fonksiyonel analiz sistemi, negatif olmayan LASSO yaklaşımıyla referans genom benzerlikleri dikkate alınıp, hizalanarak okunan veriler aracılığı ile gerçek genom miktarını tahmin etmektedir. Bu algoritma esas alınarak geliştirilen sistem FAMeS metagenom simülasyonu verisi kullanılarak değerlendirilmiştir. Değerlendirilen sistem Grinder simülasyon verisiyle görselleştirilmiştir. Çalışma kapsamında deney için gerekli olan veri grupları hazırlanmış ve değerlendirme fonksiyonları belirlenmiştir. Sistem en çok kullanılan Metafunction sistemi ile kıyaslanmıştır. Deneyler sonucunda elde edilen veriler tablolarla açıklanarak yorumlanmıştır. Elde edilen sonuçlarda geliştirilen sistemin hemen her fonksiyonel hiyerarşi seviyesinde MetaFunction'a kıyasla daha hassas ve özgül olduğu tespit edilmiştir. Buna ek olarak birçok seviyede sistem, %100'e varan hassasiyete erişebilmektedir.
Özet (Çeviri)
Although microbic organisms take part many biologic and ecologic period, our knowledge limited about that periods and relevant organisms. Over the past decade, DNA sequencing technology has been significant progress,“metagenom”data that is DNA content of all microbiome in the environment could be obtained. In parallel to developing technology and the increasing amount of data, the question has been raised that, what is doing microbiome. Thus, necessity that created of functional profile of microbiome. GASIC Algorithm based functional analysis system estimate real genom quantity through by aligning reading data with nonnegative LASSO approach considering reference genom similarities. System, that is developed based on this algorithm were evaluated using FAMeS metagenom simulation data. Evaluated system is visualized with Grinder simulation data. In the study, data groups required for the assay was prepared and evaluation functions are determined. System was compared with the most commonly used system Metafunction. The data obtained in the experiments were evaluated which explaining the tables. As a results at the all functional hierarchy level, the system developed more sensitive and specific according to Metafunction system. Additionally, sensitivity of the system can reach up to % 100 at many levels.
Benzer Tezler
- Antimikrobiyal direnç sürveyansı için nextflow tabanlı in siliko iş akışı geliştirme
Nextflow-based pipeline development for in silico antimicrobial resistance surveillance
NOURHAN ANWAR ADEL HUSSIEN FARRAG
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Bilim ve Teknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KEMAL ŞANLI
- Türkiye'deki farklı hipersalin ortamlardaki virüs popülasyonlarının omik teknolojileri ile karakterizasyonu
Characterization of virus populations of different hypersaline environments in Turkey via omic technologies
ECE ŞENEL
Doktora
Türkçe
2022
BiyolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU
- Strategies for isolation of novel enzymes by using metagenomics approach
Metagenomik yaklaşım kullanılarak yeni enzimlerin elde edilmesi
HAVVA ESRA TÜTÜNCÜ
Doktora
İngilizce
2017
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL-KARAGÜLER
- Denizel ortamlarda plastiklerin parçalanma süreçlerini hızlandıracak bir kütinolitik esteraz enziminin fonksiyonel metagenomik yöntemlerle keşfi
Discovery of a cutinolytic esterase enzyme, which accelerate biodegradation of plastics, by functional metagenomic methods
FATMA ŞEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ OSMAN ADIGÜZEL
- Atatürk barajı suyunun halk sağlığı açısından mikrobiyal risk değerlendirmesinin metagenomik yaklaşımla analizi
Analysis of microbial risk assessment of atatürk dam water in terms of public health with metagenomic approach
ZEHRA BOLAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
GenetikYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİLAL AY