Quantitative phosphoproteomic analysis of cytokinesis
Sitokinezin kantitatif fosfoproteomik analizi
- Tez No: 435851
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 171
Özet
Sitokinez, hücre döngüsünün son fazıdır ve mitoz ve interfaza kıyasla belirgin biyokimyasal özelliklere sahiptir. Oldukça kısa sürede gerçekleşir (15 dakika gibi) ve hücre morfoloji ve biyokimyasında belirgin değişiklikler gözlenir. Fosforilasyon-defosforilasyon sitokinez boyunca gözlenen bu değişikliklerin kontrol edilmesinde büyük önem taşır. Bu nedenle, bu çalışmada sitokinez hücrelerinin fosfoproteomik analizi yapılarak fosforilasyon değişikliklerinin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Aynı zamanda, sitokinez sırasındaki ana düzenleyicisi olan Aurora B kinaz inhibe edilerek protein fosforilasyonlarındaki değişimler analiz edilmiştir. SILAC (hücre kültüründe aminoasitleri izotop etiketleme) ve dimetil etiketleme yöntemleri kullanılarak fosfopeptitlerin kalitatif tayini yapılmıştır. Elde edilen fosfopeptit sayısını artırabilmek için SCX (güçlü katyon değişim) kromatografisi ile TiO2 kromatografisi sırasıyla uygulanmıştır. Sonuç olarak, sitokinezin global analizi sırasında 14000 civarı fosfopeptit elde edilmiş ve bu fosforylasyon olaylarından sorumlu kinazlar araştırdırıldığında, Aurora B kinaz en yüksek skorlu kinazlardan biri olarak bulunmuştur. Aurora B kinazın sitokinez sırasındaki substratlarını bulmak için AZD1152/VX680 inhibitörleri kullanılmış ve Aurora kinaz inhibisyonuna karşılık 10000 civarı fosfopeptitin kalitatif tayini yapılmıştır. Sitokinez sırasında Aurora B kinazın özellikle ara filamentlerin organizasyonunda rol oynadığı ve inhibe edildiğinde Vimentin S55 / S56 fosforilasyonların anlamlı şekilde azaldığını gözlemlenmiştir. Çalışmamız sitokinezi düzenleyici mekanizmaların ve Aurora B kinazın sitokinez sırasındaki substratlarının daha iyi anlaşılmasına önemli katkılar sağlamıştır.
Özet (Çeviri)
Cytokinesis is the last phase of the cell cycle, having the distinct biochemical features in comparison to mitosis and interphase. It displays dramatic changes in cellular morphology and biochemistry in very short time to physically divide a cell into two which requires a precise control in space and time. Phosphorylation-dephosphorylation events are known to be heavily involved in cytokinesis, however at the molecular level the kinase-substrate networks are less clear. Therefore, we aim to analyze how the phosphoproteome changes as a cell progress into cytokinesis. We took both SILAC (stable isotope labeling with amino acids in cell culture) and dimethyl labeling based quantitative proteomic approaches to compare phosphopeptides during cytokinesis and other cell cycle stages. To maximize the detection of phosphopeptides, we combined TiO2 phospho-enrichment methodology with a prior SCX (strong cation exchange) chromatography. We identified and quantified around 14000 phosphopeptides in the global analysis of cytokinesis. We were able to identify Aurora B kinase as one of the top scored kinases with its high confident substrates during cytokinesis. In an attempt to identify the substrates of Aurora B kinase during cytokinesis, 10000 phosphopeptides were quantified upon AZD1152 or VX680 mediated Aurora kinase inhibition. The main targets of Aurora B kinase during cytokinesis were particularly intermediate filaments. For example, Vimentin S55/S56 phosphorylations were significantly diminished upon both VX680 and AZD1152 treatment. Our study brought a better understanding to the organization and regulatory mechanisms of cytokinesis and provided a broad analysis of downstream effectors of Aurora B kinase.
Benzer Tezler
- Quantitative proteomics analysis of clear cell renal cell carcinoma for the identification of diagnostic and prognostic biomarker panels
Diyagnostik ve prognostik biyobelirteç belirlemesi için şeffaf hücreli tip renal hücreli karsinomun kantitatif proteomik analizi
AYDANUR ŞENTÜRK
Doktora
İngilizce
2021
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN
DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
- Integrative network modelling of drug responses in cancer for revealing mechanism of action
Kanserde ilaç etkilerinin ve benzerliklerinin bulunması amaçlı çoklu omik veri entegrasyonu ile biyolojik ağ modelleme
ŞEYMA ÜNSAL BEYGE
Doktora
İngilizce
2021
BiyoistatistikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiTıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
- Mutant parkin proteininin moleküler karakterizasyonu ve nöroblastoma hücre proteomu üzerindeki etkisi
Molecular characterization of mutant parkin protein and the effects on neuroblastoma cell proteome
SİNEM ÖZGÜL
- Quantitative basin modeling, hydrocarbon generation and migration history of Eskitaş oil field, southeast Turkey foreland basin
Eskitaş petrol sahasının kantitatif basen modellemesi, hidrokarbon türüm ve göç tarihçei, Türkiye güneydoğu forlend baseni
NADİR TAŞKIN AKPULAT
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURKAN KARAHANOĞLU
- İskenderun baseni kantitatif basen analizi ve modellemesi
Quantitative basin analysis and modeling of İskenderun basin
REMZİ AKSU
Doktora
Türkçe
1999
Jeoloji MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiJeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. CAVİT DEMİRKOL