Geri Dön

Quantitative phosphoproteomic analysis of cytokinesis

Sitokinezin kantitatif fosfoproteomik analizi

  1. Tez No: 435851
  2. Yazar: ÖZGE KARAYEL
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Genetics, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 171

Özet

Sitokinez, hücre döngüsünün son fazıdır ve mitoz ve interfaza kıyasla belirgin biyokimyasal özelliklere sahiptir. Oldukça kısa sürede gerçekleşir (15 dakika gibi) ve hücre morfoloji ve biyokimyasında belirgin değişiklikler gözlenir. Fosforilasyon-defosforilasyon sitokinez boyunca gözlenen bu değişikliklerin kontrol edilmesinde büyük önem taşır. Bu nedenle, bu çalışmada sitokinez hücrelerinin fosfoproteomik analizi yapılarak fosforilasyon değişikliklerinin ortaya çıkarılması amaçlanmıştır. Aynı zamanda, sitokinez sırasındaki ana düzenleyicisi olan Aurora B kinaz inhibe edilerek protein fosforilasyonlarındaki değişimler analiz edilmiştir. SILAC (hücre kültüründe aminoasitleri izotop etiketleme) ve dimetil etiketleme yöntemleri kullanılarak fosfopeptitlerin kalitatif tayini yapılmıştır. Elde edilen fosfopeptit sayısını artırabilmek için SCX (güçlü katyon değişim) kromatografisi ile TiO2 kromatografisi sırasıyla uygulanmıştır. Sonuç olarak, sitokinezin global analizi sırasında 14000 civarı fosfopeptit elde edilmiş ve bu fosforylasyon olaylarından sorumlu kinazlar araştırdırıldığında, Aurora B kinaz en yüksek skorlu kinazlardan biri olarak bulunmuştur. Aurora B kinazın sitokinez sırasındaki substratlarını bulmak için AZD1152/VX680 inhibitörleri kullanılmış ve Aurora kinaz inhibisyonuna karşılık 10000 civarı fosfopeptitin kalitatif tayini yapılmıştır. Sitokinez sırasında Aurora B kinazın özellikle ara filamentlerin organizasyonunda rol oynadığı ve inhibe edildiğinde Vimentin S55 / S56 fosforilasyonların anlamlı şekilde azaldığını gözlemlenmiştir. Çalışmamız sitokinezi düzenleyici mekanizmaların ve Aurora B kinazın sitokinez sırasındaki substratlarının daha iyi anlaşılmasına önemli katkılar sağlamıştır.

Özet (Çeviri)

Cytokinesis is the last phase of the cell cycle, having the distinct biochemical features in comparison to mitosis and interphase. It displays dramatic changes in cellular morphology and biochemistry in very short time to physically divide a cell into two which requires a precise control in space and time. Phosphorylation-dephosphorylation events are known to be heavily involved in cytokinesis, however at the molecular level the kinase-substrate networks are less clear. Therefore, we aim to analyze how the phosphoproteome changes as a cell progress into cytokinesis. We took both SILAC (stable isotope labeling with amino acids in cell culture) and dimethyl labeling based quantitative proteomic approaches to compare phosphopeptides during cytokinesis and other cell cycle stages. To maximize the detection of phosphopeptides, we combined TiO2 phospho-enrichment methodology with a prior SCX (strong cation exchange) chromatography. We identified and quantified around 14000 phosphopeptides in the global analysis of cytokinesis. We were able to identify Aurora B kinase as one of the top scored kinases with its high confident substrates during cytokinesis. In an attempt to identify the substrates of Aurora B kinase during cytokinesis, 10000 phosphopeptides were quantified upon AZD1152 or VX680 mediated Aurora kinase inhibition. The main targets of Aurora B kinase during cytokinesis were particularly intermediate filaments. For example, Vimentin S55/S56 phosphorylations were significantly diminished upon both VX680 and AZD1152 treatment. Our study brought a better understanding to the organization and regulatory mechanisms of cytokinesis and provided a broad analysis of downstream effectors of Aurora B kinase.

Benzer Tezler

  1. Quantitative proteomics analysis of clear cell renal cell carcinoma for the identification of diagnostic and prognostic biomarker panels

    Diyagnostik ve prognostik biyobelirteç belirlemesi için şeffaf hücreli tip renal hücreli karsinomun kantitatif proteomik analizi

    AYDANUR ŞENTÜRK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    Moleküler TıpKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN

    DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ

  2. Integrative network modelling of drug responses in cancer for revealing mechanism of action

    Kanserde ilaç etkilerinin ve benzerliklerinin bulunması amaçlı çoklu omik veri entegrasyonu ile biyolojik ağ modelleme

    ŞEYMA ÜNSAL BEYGE

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyoistatistikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ

  3. Mutant parkin proteininin moleküler karakterizasyonu ve nöroblastoma hücre proteomu üzerindeki etkisi

    Molecular characterization of mutant parkin protein and the effects on neuroblastoma cell proteome

    SİNEM ÖZGÜL

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiKocaeli Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MURAT KASAP

  4. Quantitative basin modeling, hydrocarbon generation and migration history of Eskitaş oil field, southeast Turkey foreland basin

    Eskitaş petrol sahasının kantitatif basen modellemesi, hidrokarbon türüm ve göç tarihçei, Türkiye güneydoğu forlend baseni

    NADİR TAŞKIN AKPULAT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    Jeoloji MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Jeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURKAN KARAHANOĞLU

  5. İskenderun baseni kantitatif basen analizi ve modellemesi

    Quantitative basin analysis and modeling of İskenderun basin

    REMZİ AKSU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Jeoloji MühendisliğiÇukurova Üniversitesi

    Jeoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. CAVİT DEMİRKOL