Quantitative proteomics analysis of clear cell renal cell carcinoma for the identification of diagnostic and prognostic biomarker panels
Diyagnostik ve prognostik biyobelirteç belirlemesi için şeffaf hücreli tip renal hücreli karsinomun kantitatif proteomik analizi
- Tez No: 703428
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ SICAKKAN, DOÇ. DR. NURCAN TUNÇBAĞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 134
Özet
Şeffaf hücreli renal hücreli karsinom (clear cell Renal Cell Carcinoma, ccRCC) ürolojik kanserler arasında üçüncü en sık görülen ve aynı zamanda en kötü huylu olanıdır. İleri evre tümörlü hastaların sadece 10% teşhisten 5 sene sonra hayatta kalmaktadır. Erken tespit sayıların artmasına rağmen, hastaların üçte biri teşhis konulduğunda metastaz göstermektedir. Ancak RCC'de, kemoterapi veya radyoterapi gibi geleneksel tedaviler yetersiz kaldığı için, direkt cerrahi yöntem ile tümörün çıkarılması yoluna gidilmektedir. Biyobelirteçler kansere neden olan mekanizmaları tanımlamaya ve tümör heterojenliği sorununu aşmaya yardımcı olabilir, fakat şu anda RCC için klinikte kullanılabilecek evrensel biyobelirteçler bulunmamaktadır. Bu çalışmada, ccRCC tümörleri tespit etmek için (ilk kısım), sınıflandırmak için (ikinci kısım) ve fosforilasyon sinyal yolaklarını anlamak için (üçüncü kısım) kantitatif proteomik analizi uygulanmıştır. Bulgular dört aday proteinin (PLOD2, FERMT3, SPARC ve SIRPα) normal doku ile karşılaştırıldığında tümörde önemli seviyede artmış olduğunu, ve CDK, PAK ve MAPK kinaz gruplarından farklı kinazların tümörde aktif olduğunu göstermektedir. Üstelik, tümör hücre büyümesini ve metastazı destekleyen MAPK ve VEGF fosforilasyon sinyal yolaklarının tümörde artmış olduğu tespit edildi. Ayrıca, ccRCC hastaların heterojen proteom profillerine göre bilişimsel bir yaklaşım ile iki ayrı grupta kümelendirilmesi öngörüldü. Hasta grupların farklı toplam sağkalımı ve farklı kötü huylu yolakların zenginleşmiş olduğu tespit edildi.
Özet (Çeviri)
Clear cell Renal Cell Carcinoma (ccRCC) is the third most common and most malignant urological cancer, with a 5-year survival rate of 10% for patients with advanced tumors. Despite an increasing rate of early detections, one third of the patients already show metastasis at diagnosis. Inherent and acquired resistance to chemo- and radiotherapies complicate the treatment of the disease, leaving the current treatment option primarily to surgical resection of the tumor. Biomarkers can help to monitor and to target tumor progression and growth, and to make a better prognosis on patient outcome. However, no universal biomarkers are in clinical use for ccRCC. Here, a rigorous quantitative dimethylation-based proteomics approach is described to identify biomarker panels for the diagnosis (part I) and for the stratification (part II) of ccRCC tumors, and to illuminate the driving phosphosignaling events in renal cancers (part III). The comprehensive characterization of the ccRCC global proteome and phosphoproteome revealed that the candidate marker proteins PLOD2, FERMT3, SPARC and SIPRα are overexpressed, and that diverse kinases of the groups CDK, PAK and MAPK are highly activated in the tumor tissues compared to normal adjacent tissues. The associated phosphosignaling cascades are linked to tumor growth and metastasis. Furthermore, our analysis suggested that due to interpatient heterogeneity, ccRCC tumors distinguish into two groups with distinct overall survival of patients and different enriched malignant pathways. Overall, the suggested biomarkers can serve as targets for future treatment strategies of ccRCC tumors in combination with approved therapeutics.
Benzer Tezler
- Deneysel meme tümörü modeline bağlı gelişen karaciğer metastazında gliko-gen ifadelerinin ve glikoprotein yapılarının belirlenmesi ve biyobelirteç potansiyellerinin araştırılması
Determination of glyco-gene expressions and glycoprotein structures in liver metastasis due to experimental breast tumor model and investigation of biomarker potential
NEBİYE PELİN TÜRKER
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELVAN BAKAR
- Quantitative phosphoproteomic analysis of cytokinesis
Sitokinezin kantitatif fosfoproteomik analizi
ÖZGE KARAYEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
GenetikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURHAN ÖZLÜ
- Proteomic and genetic analyses of heat-resistant Rhodobacter capsulatus mutants with modified hydrogen production capacity
Isı stresine dayanıklı ve hidrojen üretim kapasiteleri farklılaşmış Rhodobacter capsulatus mutant suşlarının proteomik ve genetik analizleri
ABDULMECİT GÖKÇE
Doktora
İngilizce
2017
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
- Albumin uzaklaştırılması için selüloz nanofiberler
Affinity depletion of albumin with cellulose nanofibers
EMEL TAMAHKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyomühendislikHacettepe ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ADİL DENİZLİ
PROF. DR. TÜLİN KUTSAL
- Bio-functional analysis of RAD23 gene using virus induced gene silencing method in response to powdery mildew attack in barley
Arpada küllenme hastalığına karşı virüs indükleyici gen susturma yöntemi ile RAD23 geninin biyo-fonksiyonel analizi
YAĞMUR AKSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
YRD. DOÇ. DR. FİGEN ERSOY