Geri Dön

Arpada ağ benek leke hastalığına neden olan Drechslera teres F. maculata fungusunun misel proteom profillemesi

Proteome profiling of Drechslera teres f. maculata, the causal agent of net blotch disease of barley

  1. Tez No: 436577
  2. Yazar: MAHMUT EMİR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ASLIHAN GÜNEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ahi Evran Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 180

Özet

Buğdaydan sonra en önemli tahıl olan arpa üretim miktarında Türkiye dünya ülkeleri arasında FAO verilerine göre 8. sırada yer almaktadır. Üretim miktarını ve verimi etkileyen faktörler arasında tarıma ayrılan alanların erozyon, kuraklık gibi çeşitli nedenlerle azalması, kullanılan tohumlar hakkında çiftçilerin yeterli bilgiye sahip olmaması, hastalıklara dayanıklı ve sertifikalı tohum kullanımının azlığı ve çeşitli biyotik ve abiyotik faktörler sayılabilir. Verimi etkileyen biyotik faktörlerin başında fungal hastalıklar gelmektedir. Drechslera teres etmeninin iki biyotipi bulunmaktadır. Drechslera teres f. teres ağ tipi ve Drechslera teres f. maculata nokta tipi belirtiler oluşturmaktadır. Ülkemizde iki biyotip de görülmekte olup nokta formu daha yaygın olarak görülmektedir. Bu çalışmada in vitro olarak geliştirilen Drechslera teres f. maculata patojeninin yüksek virülens izolatı (GPS 79) nın miselyum proteom profilini elde etmeyi amaçladık. Bu amaçla jel bazlı proteomik yaklaşım kullanıldı. İzolat miselyumundan total protein ekstraksiyonu yapıldıktan sonra 2-DE yöntemi ile pH 4-7 gradyentinde proteinlerin ayrımı gerçekleştirildi. 932 protein spotu belirlendi ve protein spotları jelden kesilip tripsin ile muamele edildikten sonra oluşturulan triptik peptidlerin nano-LC-MS/MS ile 108 spota ait protein profili çıkarıldı. Sonuç olarak 108 spota karşılık 158 protein tanımlandı, dört spot veritabanındaki proteinlere hit vermedi. Tanımlanan proteinlerin % 94'ü hipotetik protein %61'i sitozolik proteindir. Tanımlanan 108 spottan 12 spota karşılık 10 tek protein sinyal peptid içermekte ve ekstraselüler proteinlerdir. Bu proteinlerden 1 tanesi transit peptid içermektedir. Bu proteinler patojenin virülensliğinden sorumlu aday efektör proteinler olma özelliğindedirler.

Özet (Çeviri)

Barley is the second most important crop after wheat, in Turkey. According to FAO statistics Turkey is among the top 8 countries. Various biotic and abiotic stresses, limited use of certified seeds and disease resistant cultivars, limited knowledge about the seeds by farmers, decrease of land suitable for barley cropping due to erosion and drought affect the barley production and quality. Fungal diseases are the most important diseases affecting barley yield. Net blotch disease caused by Drechslerea teres is an important disease of barley. The fungus has two biotypes. Drechslera teres f. teres forms net type symptoms and Drechslera teres f. maculata forms spot type symptoms. Both forms are present in Turkey, however, spot form is more common. In this study, we aimed to obtain proteome profile of Drechslera teres f. maculata isolate high virulence GPS 79. Jel based proteomics approach was applied. Total protein extraction was performed by phenol-SDS method. Extracted protein was separated using 2-DE. 932 protein spots common within the biological replicates treated with trypsin. Tryptic peptides belonging to 108 spots were analyzed with nano-LC-MS/MS. As a result of 158 proteins were identified against 108 spots four spots did not give any hit the protein in database, 94% of identified proteins are hypothetical. 61% of these are predicted as cytosololic proteins. For we predicted 10 unique proteins belonging to 12 spots are predicted as extracellular protein and they have signal peptidies so these proteins are effector can the date proteins that are responsible from virulency of pathogen.

Benzer Tezler

  1. Bazı arpa çeşitlerinin ağ benek hastalık etmeni Pyrenophora teres (Died.) Drechs.'e karşı reaksiyonlarının belirlenmesi

    Assessment of the reactions of some barley cultivars to the causal agent ef net blotch, Pyrenophora teres (Died.) Drechs.

    AYŞEN AKYOL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AZİZ KARAKAYA

  2. Identification of SNP markers associated with resistance to Pyrenophora teres f. teres on barley

    Arpada Pyrenophora teres f. teres etmenine dayanıklılıkla ilişkili SNP markörlerinin tanımlanması

    ÜLKÜ SELCEN HAYDAROĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyomühendislikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYBAR CAN ACAR

    PROF. DR. AZİZ KARAKAYA

  3. Doğu Avrupa gelişmeleri -Türkiye'ye etkileri-

    Başlık çevirisi yok

    MEHMET ERDEM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Uluslararası İlişkilerİstanbul Üniversitesi

    Uluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BENER KARAKARTAL

  4. Kırşehir ve Kırıkkale illeri buğday ve arpa ekim alanlarında görülen kök hastalıklarının tespiti

    Determination of root diseases in wheat and barley in Kirşehir and Kirikkale provinces

    NERGİZ ZEYNEP YEĞİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Bitki Koruma Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA SARA DOLAR

  5. Linux tabanlı FTP sunucularda, veri transferinde algoritmalar yardımıyla güvenli erişim yönetimi uygulaması

    The application of secure access management by using data transfer algorithms on Linux based FTP servers

    MEHMET CAN HANAYLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolDumlupınar Üniversitesi

    Matematik Bölümü

    YRD. DOÇ. DR. SEDAT PAK