Identification of gene mutations involved in drug resistance in liver cancer using RNA-Seq data analysis
Karaciğer kanserinde ilaca dirençlilik mütasyonlarının RNA-dizi analizi ile bulunması
- Tez No: 441759
- Danışmanlar: DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN ATALAY, YRD. DOÇ. DR. AYBAR CAN ACAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Kanser araştırmasında önem kazanmış konulardan biri, kansere neden olan somatik mutasyonların tespitidir. Günümüzde besinci en yaygın görülen ve ikinci en ölümcül kanser, karaciğer kanseridir. Karaciğer kanseri ile ilişkili pek çok somatik mutasyon belirlenmiştir; ancak bunların kemoterapatik ilaçlara tepkileri detaylı bir şekilde çalışılmamıştır. Bu çalışmada iyi huylu Huh7 ve habis Mahlavu karaciğer kanseri hücrelerinin mutasyon durumlarının ilaca verdikleri tepkiyle ilişkisi incelenmiştir. Her iki kanser hücre hattının muamele görmemiş kontrol RNA-sekans verisi,“sorafenib”ve“PI3K/Akt Yolak inhibitörü”ile muamele görmüş RNA sekans verileriyle karşılaştırılmıştır. MuTect aracı kullanılarak ilaca dirençliliğe neden olan somatik mutasyonlar karşılaştırmalı olarak belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, yanlış anlam mutasyonlarını ayırt etmek için filtrelenmiştir. İlaca dirençlilik sağlayan gen seti ile kontrol gen setleri arasında ortak olan genlerin karaciğer kanserinin direnç ve agresifliğiyle ilişkili olduğu bulunmuştur. SLC39A5, FRG1, PPHLN1 ve SRP9 gen mutasyonları en anlamlı olanlardır. Bunlar, üç ilaçla muamele edilmiş setler kontrol örnekleriyle karşılaştırıldığında ortak olarak belirlenen mutasyonlardır. Karaciğer kanseri ile ilişkili sağkalım genlerinin keşfedilmesi amacıyla bu setler daha detaylı incelenmiştir. Böylece, kanser hücre gelişimi için önemli olan hedef genler belirlenebilir ve karaciğer kanseri tedavisinde kullanılabilecek yeni hedefler bulunabilir
Özet (Çeviri)
A significant concern in cancer research is the detection of cancer associated somatic mutations. Liver cancer is the 5th most common and 2nd deadliest cancer in the world. Several somatic mutations were previously reported in liver cancer but their relations to chemotherapeutic response was not studied in detail. In this study, the relationship between mutation status and drug treatment response of well-differentiated Huh7 and poorly-differentiated Mahlavu liver cancer cells were analyzed. The RNA-Seq data of each cancer cell line (as control) was compared to“sorafenib”and“PI3K/Akt Pathway inhibitors”treated data. Somatic mutations associated with drug resistance were comparatively identified with MuTect tool. The results were then filtered to distinguish the missense mutations. The genes that were common in drug treatment resistant sets compared to control sets were found to be associated with liver cancer perseverance and aggressiveness. SLC39A5, FRG1, PPHLN1 and SRP9 gene mutations were found to be the most significant. They were shared among three drug treated sets, compared to the control samples. The sets were further investigated more in detail to discover the liver cancer associated survival genes. Subsequently, we can define the appropriate targets, playing a critical role in cancerous cell growth and provide better drug targets for HCC.
Benzer Tezler
- Ailevi akdeniz ateşi hastalığında görülen inflamasyon sürecinde rol alan miRNA'ların tanımlanması
Identification of the miRNAs, which play roles in the inflammation process of the familial mediterranean fever disease
ZÜLFİYE YELİZ AKKAYA ULUM
Doktora
Türkçe
2018
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BANU PEYNİRCİOĞLU
- Miyeloproliferatif neoplaziler'de gen mutasyonlarının sekans analiziyle belirlenmesi
Identification of gene mutations in myeloproliferative neoplasms by sequence analysis
BURCU BÖLÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
HematolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUNDE YILMAZ SÜSLÜER
- Investigation of molecular mechanisms of lipid droplets catabolic pathways and their interactions in ichthyosis disease
İktiyoz hastalığında yağ damlacıkları yıkım mekanizmalarının birbirleri ile etkileşimlerinin moleküler düzeyde araştırılması
HALE KESİM
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM KUTLU
- Identification of novel genes involved in the etiology of benign neonatal/infantile epilepsy syndromes and genetic epilepsy with febrile seizures plus (GEFS+)
Selim yenidoğan/bebeklik epilepsi sendromları ve ateşli nöbetli genetik epilepsi etiyolojisinde yer alan yeni genlerin belirlenmesi
SUNAY USLUER
Doktora
İngilizce
2015
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
- Çocukluk çağı glokomunda (Buphthalmos) CYP 1B1 geninde Türk hastalarda mutasyon taraması
Mutation screening in CYP 1B1 gene in Turkish patients for infantile glaucoma (Buphthalmos)
ŞEFAYET BAGİYEVA