Geri Dön

Reconstruction of the temporal signaling network in salmonella-infected human cells

Salmonella ile enfekte olmuş insan hücrelerinde zamana bağlı sinyal ağlarının yeniden kurulması

PDF İndir

  1. Tez No: 441769
  2. Yazar: GÜNGÖR BUDAK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON, ÖĞR. GÖR. NURCAN TUNÇBAĞ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, İstatistik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology, Statistics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Enformatik Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 71

Özet

Salmonella enterica, enfeksiyon mekanizması genellikle yiyecek kaynakları yoluyla olan bir bakteriyel patojendir. Patojen proteinleri, konak hücrelere konağın sinyal mekanizmalarını ve konak proteinlerini etkinleştirerek ya da engelleyerek değiştirmek üzere taşınır. Enfekte insan hücrelerindeki biyolojik yolakların ve zamana bağlı sinyal ağlarının daha bütün olarak yeniden kurulması için, Salmonella ile enfekte olmuş insan hücrelerinin zamana bağlı fosfoproteomik veriseti ile insan etkileşim haritası birleştirilerek, Ödül-toplayan Steiner Orman (ÖTSO) ve Tam Sayı Doğrusal Programlama (TSDP) temelli ilişki çıkarım yaklaşımları kullanıldı. Elde edilen zamana bağlı sinyal ağı, zaman ve yön bilgisini korurken SNARE bağlanma, mTOR sinyali, bağışıklık tepkisi, hücre iskeleti organizasyonu ve apoptoz yolakları gibi sinyallerdeki gizli fonksiyonları gösterdi. CDC42, RHOA, 14-3-3δ, Syntaxin ailesi, Oxysterol bağlanma proteinler gibi Salmonella etkileyicilerinin hedefleri fosfoproteomik verisetinde olmamasına rağmen, bu proteinler yeniden kurulan sinyal ağında ortaya çıktı. Bu hedeflerin yapısal analizi, komşularının bağlanma eğilimlerini gösterdi. Bu gibi birleştirilmiş yaklaşımların uygulaması, özellikle Salmonella enfeksiyonları olmak üzere, bulaşıcı hastalıklardaki klinik hedeflerin tanımlanmasında yüksek potansiyele sahiptir.

Özet (Çeviri)

Salmonella enterica is a bacterial pathogen whose mechanism of infection is usually through food sources. The pathogen proteins are translocated into the host cells to change the host signaling mechanisms either by activating or inhibiting the host proteins. In order to obtain a more complete view of the biological processes and the signaling networks and to reconstruct the temporal signaling network of the human host, we have used two network modeling approaches, the Prize-collecting Steiner Forest (PCSF) approach and the Integer Linear Programming (ILP) based edge inference approach by integrating a published temporal phosphoproteomic dataset of Salmonella-infected human cells and the human interactome. The final temporal signaling network conserves the information about temporality and directionality, while showing hidden entities in the signaling, such as the SNARE binding, mTOR signaling, immune response, cytoskeleton organization, and apoptosis pathways. Although the targets of Salmonella effectors such as CDC42, RHOA, 14-3-3δ, Syntaxin family, Oxysterol-binding proteins were not present in the phosphoproteomic dataset, they were revealed in the reconstructed signaling network. Structural analysis of these targets also revealed binding preferences of their neighbors. The application of such integrated approaches has a high potential to identify the clinical targets in infectious diseases, especially in the Salmonella infections.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    819297

    Televizyon dizileri aracılığı ile politik rızanın ve ulus kimliğinin yeniden inşası: Diriliş 'Ertuğrul' ve Payitaht 'Abdülhamid' örnekleri

    Reconstruction of political consent and national identity through television series: Examples of Diriliş 'Ertuğrul' and Payitaht 'Abdülhamid'

    LEVENT BULUT

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Radyo-TelevizyonAnkara Hacı Bayram Veli Üniversitesi

    Radyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİLİZ ERDEMİR GÖZE

  2. Tez No

    495841

    Sinemada geçmişin anlatısı: İkinci Dünya Savaşı filmlerinde çocuk karakterlerin tanık olma deneyimleri

    Historical narration in cinema: Experiences of witnessing child characters in the Second World War films

    İPEK GÜRKAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Sahne ve Görüntü Sanatlarıİstanbul Üniversitesi

    Radyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NİLÜFER TİMİSİ NALÇAOĞLU

  3. Tez No

    542080

    Structure of modernist narrative discourse in a changing world in 'The Sound and the Fury' and 'The Grapes of Wrath'

    Ses ve Öfke ile Gazap Üzümleri'nin değişen dünyasında yenilikçi anlatı söyleminin yapısı

    AMİNA M BASHİR MEGHEİRBİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    İngiliz Dili ve Edebiyatıİstanbul Aydın Üniversitesi

    İngiliz Dili ve Edebiyatı Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE GÖNÜL UÇELE

  4. Tez No

    68890

    Tarihsel çevreyi korumanın Türkiye'ye özgü koşulları (İstanbul 1923-1973)

    Circumstances specific to Turkey in the conservation of the historical environment (İstanbul 1923-1973)

    NUR ALTINYILDIZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    İç Mimarlık ve Çevre Tasarımı Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DOĞAN KUBAN

  5. Tez No

    842389

    Anatomical investigation of safe trajectory determining factors in robotic cochlear implant surgery with computed tomography images

    Robotik koklear implant cerrahisinde güvenli yörünge belirleyici faktörlerin bilgisayarlı tomografi görüntülerinde anatomik incelenmesi

    SALİHA SEDA ADANIR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    AnatomiGaziantep Üniversitesi

    Anatomi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. PİRAYE KERVANCIOĞLU

    PROF. DR. VEDAT TOPSAKAL

Geri Dön