Proteomic analysis of two cephamycin C overproducer and an industrial clavulanic acid overproducer strains of streptomyces clavuligerus in comparison with the standard strain NRRL 3585
Streptomyces clavulıgerus'un iki ayrı sefamisin C aşırı üretici suşu ve bir endüstriyel klavulanik asit aşırı üreticisinin standard suş NRRL 3585 ile karşılaştırmalı proteomik analizi
- Tez No: 442022
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biyoloji, Biotechnology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, iki sefamisin C (CC) aşırı üreticisi suşu, Streptomyces clavuligerus AK39 ve TB3585, ve bir klavulanik asit (CA) aşırı üreticisi olan S. clavuligerus DEPA suşunun standard suş S. clavuligerus NRRL 3585 ile karşılaştırmalı proteomik analizleri yapılarak protein ifadelerindeki farklılıklar ortaya konulmuştur. İki ayrı proteomik yaklaşım kullanılmıştır: 2DE yöntemini takiben MALDI-TOF/MS analizi ve LC-MS/MS metodu. Bu iki tekniği kullanarak, AK39 suşunda toplam 40 proteinin seviyesinde artış, 70 proteinin seviyesinde ise azalma belirlenmiştir. TB3585 suşunda ise, her iki yöntem sonucu, toplam 44 proteinin aşırı ifade edildiği, 50 proteinin ifadesinin azaldığı belirlenmiştir. AK39 ve TB3585 suşlarında,“Hipotetik/Bilinmeyen Proteinler”kategorisi sayıca en fazla proteini içermekte ve onu takiben“İkincil Metabolizma”gelmektedir. Her iki CC aşırı üreticisi, özellikle CC biyosentezi ile ilgili olan proteinleri aşırı üretmekte ve klavam ve poliketid gibi çeşitli ikincil metabolitlerin üretiminde görev alan proteinleri daha az üretmektedir. DEPA suşunda ise, toplamda 80 proteinin seviyesi artarken 174 proteinin ifadesi azalmıştır. Aşırı üretilen proteinlerin bulunduğu kategorileri sırasıyla“Diğerleri/Genel Fonksiyon”,“DNA Replikasyonu, Rekombinasyon, Onarım, Transkripsyon”ve“İkincil Metabolizma”oluşturmaktadır. Üç CA biyosentetik enzimi ve CcaR proteininin seviyesinde artış gözlemlenirken diğer iki ikincil metabolitin üretiminde görev alan enzimler ile iki önemli global regülatörün ifadesinde azalış belirlenmiştir. Amino asit metabolizmasında, özellikle metiyonin biyosentezinde, görev alan enzimlerde belirlenen genel düşüş, DEPA suşunun oldukça verimli bir CA üreticisi oluşuna açıklık getirmiştir. Bu araştırmanın sonuçları, S. clavuligerus'da CC and CA üretiminin rasyonel yaklaşımlarla daha da arttırılması yönünde yeni hedefler gösteren bilgiler temin etmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, two cephamycin C (CC) overproducers, Streptomyces clavuligerus AK39 and TB3585 strains, and a clavulanic acid (CA) overproducer S. clavuligerus DEPA were subjected to proteomic analysis to elucidate their differential protein expression profiles when compared to that of the standard strain S. clavuligerus NRRL 3585. Two proteomics approaches were employed: 2DE technique coupled with MALDI-TOF/MS and LC-MS/MS. By using two techniques, a total of 40 proteins were identified as upregulated while 70 proteins were downregulated in AK39. For TB3585 strain, a total of 44 proteins were overrepresented while 50 proteins were underrepresented. For both AK39 and TB3585,“Hypothetical/Unknown Proteins”category harbored higher numbers of upregulated proteins which was followed by“Secondary Metabolism”. Both CC overproducers specifically overexpressed enzymes related with CC biosynthesis and underexpressed proteins involved in the biosynthesis of diverse secondary metabolites like clavams and polyketides. As for the DEPA strain, a total of 80 proteins were upregulated, and 174 proteins were downregulated. Upregulated protein categories in DEPA were ranked as“Hypothetical/Unknown”,“Others/General Function”,“DNA Replication, Recombination, Repair, Transcription”and“Secondary Metabolism”, respectively. Three CA biosynthetic enzymes as well as CcaR were overrepresented whereas enzymes of two other secondary metabolites were underrepresented along with two important global regulators. A decrease in amino acid metabolism, particularly in methionine biosynthesis, appeared as one of the prominent mechanisms of success of DEPA strain as a prolific producer of CA. Results described herein provide useful information for further improvement of CC and CA production in S. clavuligerus with rational approaches.
Benzer Tezler
- Çocuklarda sürmekte olan birinci büyük azı dişlerinin dişeti oluğu sıvısının proteomik analizi
Proteomic analysis of gingival crevicular fluid in the presence of permenant TOOTH eruption in children
SELİN YILDIRIM ALBAT
Doktora
Türkçe
2023
Diş HekimliğiMarmara ÜniversitesiPedodonti Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP HATİCE AKYÜZ
- Na+/I- simporter (NIS) inhibitör düzeyleri yüksek ve düşük olan insan kolostrum whey proteinlerinin karşılaştırılmalı proteomik analizi
Comparative proteomic analysis of human colostrum whey proteins from samples with high & LOW na + / I- symporter (NİS) inhibitor levels
İREP URAS
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYSEL ÖZPINAR
- Progesteronun anti-proliferatif ve apoptotik etkisinin U87MG ve A172 glioblastoma hücrelerinde karşılaştırmalı proteomik analizi
Comparative proteomic analysis of antiproliferative and apoptotic effect of progesterone in U87MG and A172 glioblastoma cells
MUAZZEZ CEREN YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyokimyaAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiBiyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYSEL ÖZPINAR
- Koca engerek, Macrovipera lebetina (Linnaeus, 1758)'nın Güneydoğu Anadolu ve Kıbrıs alt türlerinin zehirlerinin proteomik ve spektroskopik yöntemlerle karşılaştırılması
Venom comparisons of the two subspecies of blunt-nosed viper, Macrovipera lebetina (Linnaeus, 1758) from South-Eastern Anatolia and cyprus by proteomic and spectroscopic methods
NAŞİT İĞCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FATMA DUYGU ÖZEL DEMİRALP
- Ankaferd hemostat' ın mcf-7 meme kanseri hücre hattına etkisinin proteomik analizlerle incelenmesi
Investigation of ankaferd hemostat's effect on mcf-7 breat cancer cell line by proteomic analysis
ÖZGE CANSIN ZEKİ