Stochastic simulations of biological networks under i̇mpulses
İmpulslar altında biyolojik ağların stokastik simülasyon algoritmaları
- Tez No: 442250
- Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU GAZİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: İstatistik, Statistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 108
Özet
İmpulslar biyokimyasal sistemlerde salgın ve popülasyon modellerindeki değişimler gibi ani değişikliklere sebep olan temel kaynaklardan biridir. Bu çalışmada yenilik olarak Gillespie metod ve ilk reaksiyon metodu olarak bilinen tam stokastik simülasyon algoritmalarını, temel kimyasal denklemini (CME) impulsları içerecek şekilde uygulacağız. Gillespie algoritması, değişikliklerin etkisi olmaksızın temel kimyasal denklemler yardımıyla gerçek biyokimyasal sistemin rassal yapısını yaratabilen, bu alandaki en iyi bilinen metottur. Dolayısıyla bu metodun impulslar ile geliştirilmesinde, molekül sayısındaki ani artış impulsların bulunması gibi farklı senaryoları düşünmekteyiz. Sonuç olarak ise bu alternatiflerin her birini, küçük ve büyük sistemler altında değerlendirmekteyiz.
Özet (Çeviri)
The impulses are one of the sources of fluctuations which lead to the sharp changes in the biochemical systems such as the changes in epidemic and population models. In this study, as the novelty, we implement these effects in exact stochastic simulation algorithms, namely, the Gillespie method and the first reaction method, by changing the chemical master equations (CME) with impulses. Hereby in the extension of these approaches with impulses, we consider different scenarios such as the sudden decrease of the number of molecules. Finally, we evaluate each of these alternatives under small and realistically large biochemical systems.
Benzer Tezler
- Quantitative kinetic modelling of signaling pathways regulating pluripotency
Pluripotensiyi regüle eden sinyal yolaklarının kantitatif kinetik modellenmesi
SİMGE ŞENGÜL BABAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ PINAR PİR
- Extension of leap condition in approximate stochastic simulationalgorithms of biological networks
Biyolojik ağlardaki yaklaşık stokastik simülasyon algoritmalarında sıçrama koşulunun genişletilmesi
SALİHA DEMİRBÜKEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
MatematikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilimsel Hesaplama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU GAZİ
PROF. DR. ÖMÜR UĞUR
- Revealing gene interactions using Bayesian networks
Gen etkileşimlerinin Bayezyen ağlar ile ortaya çıkarılması
ŞENOL İŞÇİ
Doktora
İngilizce
2013
BiyoistatistikBoğaziçi ÜniversitesiPROF. DR. CENGİZHAN ÖZTÜRK
YRD. DOÇ. DR. HASAN HÜSEYİN OTU
- Biyolojik nöral devrelerde senkronizasyon durumlarının incelenmesi
Investigation of synchronization in biological neural circuits
SALİH ÇİLLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiZonguldak Bülent Ecevit ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHAMMET UZUNTARLA
- Yapay sinir ağları ve genetik algoritmaların uçuş kontrol sistemlerine uygulanması
Başlık çevirisi yok
ALİ MOUMİN