Extension of leap condition in approximate stochastic simulationalgorithms of biological networks
Biyolojik ağlardaki yaklaşık stokastik simülasyon algoritmalarında sıçrama koşulunun genişletilmesi
- Tez No: 688662
- Danışmanlar: PROF. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU GAZİ, PROF. DR. ÖMÜR UĞUR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Matematik, İstatistik, Mathematics, Statistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Uygulamalı Matematik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilimsel Hesaplama Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 81
Özet
Yaklaşık stokastik simülasyon (YSS) algoritmaları , karmaşık biyolojik sistemleri yaratmak için hesaplama zamanı bakımından kazançlı olurken, doğruluklarından kaybeden alternatif yaklaşımlardır. Poisson tau-sıçraması ve yaklaşık Gillespie algoritması gibi sistemleri bu şekilde başarılı bir biçimde simüle edebilen bir dizi yaklaşık yöntem vardır. Bu yaklaşımların ortak ğ, belirli bir zaman aralığında hazard fonksiyonlarındaki değişimi kontrol eden sıçrama koşuluna dayalı olmalarıdır. Bu aralık sayesinde, sıçrama koşulundan oluşturulan zaman aralıgındaki k eşzamanlı reaksiyonlarının sayısı için bir aralık bulabiliriz. Bu çalışmada, yeterli istatistikte bağımlı olan k için alternatif aralıklar önerilmiş ve parametreleri maksimum olabilirlik tahmin edicisi, moment tahmin edicileri ve bayes tahmin edicileri ile elde edilen k için güven aralıkları türetilmiştir. Ayrıca, orijinal tahmin edicileri birinci dereceden bulunan daha yüksek dereceli Taylor açılımı kullanarak sıçrama koşulu genişletilmiştir. Türevlerimizde, temel yakla¸sık stokastik simülasyon oldugu için poisson tau-leap yaklaşımını kullandık. Ayrıca, poisson tau-leap yöntemi fikrinden türetilen kalıcı yaklaşımlardan biri oldugu için yaklaşık Gillespie algoritmasını uyguladık. Önerinin bu iki algoritmaya yaklaşmasına rağmen, bunların türetilmesi parametrik varsayıma dayanan diğer algoritmalara da uyarlanabilecegini düşünüyoruz.
Özet (Çeviri)
The approximate stochastic simulation (ASS) algorithms are the alternative approaches to generate the complex biological systems with a loss in accuracy by gaining from computational demand. There are a number of approximate methods which can successfully simulate the systems, such as poisson tau-leap and approximate Gillespie algorithms. The common property of these approaches is that they are based on the leap conditon which controls the change in hazard functions under a time interval. By means of this interval we can find an interval for the number of simultaneous reactions k in the time interval generated from the leap condition. In this study, we propose alternative intervals for k that are dependent on the sufficient statistics and also, we derive confidence intervals for k whose parameters are obtained via maximum likelihood estimator, moment estimators and bayesian estimators. Furthermore, we extend the leap condition by using higher order Taylor expansion whose original estimators are found under the first order. In our derivations, we use the poisson tau-leap approach since it is the fundamental approximate stochastic simulation method. Moreover, we apply the approximate Gillespie algorithm since it is one of the recent approaches that is derived from the idea of the poisson tau-leap method. We consider that although the proposal approaches to these two algortihms, they can be also adapted to other algorithms whose derivation are based on the parametric assumption.
Benzer Tezler
- Türkiye'de tesis yönetimi: perakende zinciri tesis yönetimi şirketi örneği için strateji analizi geliştirme
Facility management in turkey: strategy analysis development for a retail facilities management company sample
ERDEM DENİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGayrimenkul Geliştirme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEVKİYE ŞENCE TÜRK
- Faiz swapı ve Türk bankacılık sektörü açısından bir değerlendirme
Approach of interest rate swaps in Turkish banking sector
BERK TİMUR ALVER
- Kısıtlılık kavramı üzerinden mimarlığa bakış: Bodrum Yarımadası konut mimarisinde kısıtlı farklılaşma
A critical review of architecture on the concept of constraints: Constrained differentiation of residential architecture in Bodrum Peninsula
ERENUS ATİLLA
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mimarlıkİstanbul Teknik ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAZİLET YURDANUR DÜLGEROĞLU
- Adaptive symbol glossary for pattern based cognitive communication system
Örüntü tabanlı bilişsel haberleşme sistemi için uyarlamalı sembol sözlüğü
HUSAM Y. I ALZAQ
Doktora
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Assoc. Prof. Dr. BURAK BERK ÜSTÜNDAĞ