Leishmania infeksiyonlarının tanısında kinetoplast DNA'yı saptamaya yönelik real-time pcr tabanlı bir sistem geliştirilmesi
Development of real-time PCR based system that detect kinetoplast dna for diagnosis of leishmania infections
- Tez No: 443992
- Danışmanlar: PROF. DR. HRİSİ BAHAR TOKMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Parazitoloji, Biology, Microbiology, Parasitology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 90
Özet
Leyişmanyaz, visseral, kutanöz ve mukozal tipte olup, tatarcıklar tarafından bulaştırılan Leishmania türlerinin neden olduğu bir hastalıktır. Sağlık Bakanlığı verilerine göre, 1990-2010 yılları arasında ülkemizde toplam 46,000 yeni vaka saptanmıştır. Leishmania vakalarının prevalansının en yüksek olduğu yerler Şanlıurfa, Çukurova bölgesi ve Diyarbakır'dır. İklim değişikliği ve toplu nüfus hareketlerine paralel olarak, bölgemizde Leishmania infeksiyonlarının sıklığı ve önemi artmaktadır. Bu durum, hızlı tanı testlerini gerekli kılmaktadır. Kinetoplastida sınıfına ait türler kinetoplast DNA (kDNA) içerirler. kDNA, küçük ve sirküler bir yapıya sahip olan ekstrakromozomal bir moleküldür. Her bir Leishmania hücresi 100-200 kopya kDNA barındırmaktadır. Bu özellikleri nedeniyle kDNA, Leishmania türlerinin saptanmasında hedef olarak kullanılır. Bu çalışmada, amplifikasyon için gerekli olan tüm Leishmania türleri için kDNA'yı hedef alan PCR primerleri tasarlandı. Farklı Leishmania türlerine ait kDNA dizileri GenBank'tan elde edildi. Geliştirilen testin performansı Leishmania tropica üzerinde test edildi. Yapılan bir dizi dilüsyon ile 1-104 arasındaki parazit sayısı Novy-MacNeal-Nicolle (NNN) besiyeri kullanılarak hazırlandı. Nükleik asit ekstraksiyonu Chelex metoduyla gerçekleştirildi. Real-time PCR reaksiyonları ise LightCycler 2.0 cihazı ile yapıldı. Reaksiyonlara SYBR Green boyası eklenerek floresan sinyalleri monitörize edildi. Bu çalışmada alt saptama sınırı tek bir parazit olarak belirlendi ve varyasyon katsayısı (CV) 0,98 ve üzerinde bulundu. Regresyon analiz (R2) değeri ise 0,9589 olarak belirlendi. Real-time PCR metodu uyumlu, nesnel ve duyarlı sonuçlar veren tanısal test olarak iyi bir seçimdir. Geliştirilen bu protokol; basitliği, hızlı oluşu, yüksek duyarlılığı ve her laboratuvara kolayca adapte edilebilmesi nedeniyle Leishmania tanısı için alternatif bir araç olabilir.
Özet (Çeviri)
The leishmaniasis are visceral, cutaneous and mucosal infections transmitted by sandflies and caused by the genus Leishmania. According to Turkish Ministry of Health data, a total of 46.000 new cases were detected between the years 1990-2010 in our country. Leishmania cases have highest prevalence in Şanlıurfa, Çukurova region and Diyarbakır. Parallel to climate change and mass population movements prevalence and importance of Leishmania infections also increased in our region. This situation necessitates rapid diagnostic tests. The species of Kinetoplastida class has a kinetoplastic DNA (kDNA). kDNA is a small, circular structured, extrachromosomal molecule. Each parasite cell harbours 100-200 copies of kDNA. Because of these properties, the kDNA has often been target of detection of Leishmania species. In this study, we designed concensus PCR primers for amplification of kDNA that recognise kinetoplast DNA for all Leishmania species. We obtained kDNA sequences which belong diferent Leishmania spp. from GeneBank. The performance characteristics of devoloped method was tested with Leishmania tropica. Serial dilutions containing 1-104 parasites were prepared using from Novy-MacNeal-Nicolle (NNN) culture. Nucleic acid extraction was performed by Chelex method. Real-time PCR reactions were performed by LightCycler 2.0 instrument. For detection of PCR products, SYBR-Green Dye added to the reaction and the fluorescence signals were monitored. In this study, the lower detection limit was found single parasite and intertest coefficient of variation (CV) was 0,98 and regression analysis (R2) was 0,9589. Real-time PCR method is a good alternative as diagnostic test that allow the automation, objective and sensitive result interpretation. The developed protocol can be applicable for any molecular laboratory for detection of Leishmania spp. because of it's simplicity, rapidness and sensitivity.
Benzer Tezler
- Leishmania kinetoplast ve nükleer DNA'sının moleküler biyolojik tanıdaki yeri
Başlık çevirisi yok
MEDİHA GÜL ATAY
- Amfoterisin B,vorikonazol,kaptopril ve lisinopril'in leishmania tropica üzerindeki antileishmanial etkinliklerinin mikrokültür yöntemi ile belirlenmesi
Efficacy of amphoterisin B,voriconazole,captopril and lisinopril against leishmania tropica with microcultured system
BARIŞ BÖLÜKBAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2007
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT HÖKELEK
- Hibridoma yöntemi ile Leishmania tropika parazitinin cell surface antijenine karşı monoklonal antikor üretimi ve saflaştırılması
Monoclonal antibody production and purification against the cell surface antigen of Leishmania tropica with hibridoma method
ALİ RIZA OCAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
BiyokimyaHarran ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDURRAHİM KOÇYİĞİT
- Leishmania spp. enfeksiyonlarının makrofaj polarizasyonu üzerine etkilerinin araştırılması
Role of Leishmania spp. infections in macrophage polarisation
NEVİN TAYMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ParazitolojiEge ÜniversitesiTıbbi Parazitoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAY TÖZ
- Edirne Merkez İlçesi Kedi Ve Köpek Evindeki Köpeklerde Leıshmanıasıs Seroprevalansı
Seroprevalance Of Leıshmanıasıs Among Dogs Hosted In Munıcıpıal Dog-Cat Shelter In Edırne
AYŞE DÜZBEYAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
MikrobiyolojiTrakya ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. NERMİN ŞAKRU
PROF.DR. SERAY ÖZENSOY TÖZ