Comparative bioinformatics analysis of omics in some animals
Bazı hayvanlarda omiklerin karşılaştırmalı biyoinformatik analizi
- Tez No: 446666
- Danışmanlar: Prof. Dr. EMİN ÖZKÖSE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 201
Özet
Bu çalışma temel olarak insan mt-DNA gen dizi bilgileri ile 16 hayvana ait aynı bölgelerin biyoinformatik yaklaşımlarla nükleotid ve amino asit dizilerinin evolusyon süreçli kartşılaştırmaları ile sığırlarda Brusella'ya dayanıklılık olgusunun moleküler evolusyon ve immunomiks açılarından analiz edilmesini amaçlamıştır. Bu amaçla, bazı bilgisayar dilleri (PERL) ve yazılımlarla, matematiksel çözümlemeler ve algoritmalar veri tabanlarında alınan gen dizi verileri üzerine uygulanmış ve sonuçlar dört ana başlık altında toplanmıştır. İlk olarak tamamlanmış insan mt-DNAsı ile diğer 16 hayvana ait aynı bölgelerin gen dizi verilerinin evolusyonel uzaklıkları maximum-likelyhood estimation yöntemiyle analiz edilmiştir. Çalışma kapsamında kullanılan 17 organizmanın mt-DNA gendizi verilerinin yaklaşık 17000bç olduğu, 13 protein, 22 t-RNA ve 2 r-RNA sayılarının tüm organizmalar için sabit olduğu gözlemlenmiştir. İkinci bölümde insan ve 16 hayvanın tamamlanmış mtDNA gen dizi verilerine göre maksimum olabilirlik metodu kullanılarak filogenetik soy ağaçlarının oluşturulması calışılmıştır. Bu iki bölümde ayrıca insan, şempanze ve goril mtDNA larına asit moleküler yapılarının benzerlikleri ile bu bölgelere ait gen dizi verilerine göre domuz ve tavukların diğerlerinden evolusyonel uzaklıkları belirlenmiştir. Sığırlarda patojen olan brusellanın nükleotid ve amino asit dizi analizleri tezin üçüncü bölümünde değerlendirilmiştir. Son bölümde farklı Brucella suşlarına ait her iki kromozomum gen dizi verilerinin analizleri yapılmıştır. Sığırlarda brusella oluşumuyla ilgili olan makrofaj protein 1 (NRAMP) immunoinformatik kapsamında analizlere tabi tutulmuştur.
Özet (Çeviri)
This study aimed fundamentally on bioinformatical approach to analysis the sequences of nucleotides and amino acids, through evolutionary comparation between human complete genomic of mt-DNA versus 16 animals, additionally, study the resistance of Brucellosis in cattle from the molecular evolution and immunomics points. For this aim, mathematical solutions and algorithms, within a particular computational language (PERL) and software, were applied on downloaded sequences from database resources and the results were categorized mainly in four chapters. Firstly, maximum likelihood estimation of the evolutionary distance of complete genomes of mitochondrial DNA between Human's and 16 animals were studied. The length of mt-DNA of 17 organisms were ca 17000 bp and 13 proteins, 22 t-RNAs and 2 r-RNAs were constant for all of them. Secondly, construction of phylogenetic tree of human's and 16 animals according to the complete sequence of mitochondrial DNAs using maximum likelihood method was studied. These two chapters concentrated also on the similarity between human with chimpanzee and gorilla, and the divergence of the pig and chicken from other mammals were also discussed. Nucleotide and amino acid sequences analysis in pathogen and host of brucellosis in cattle were evaluated in third chapter. Finally, immunoinformatics, antigenicity epitopes prediction in the solute carrier family 11 of the natural resistance associated macrophage protein 1 (NRAMP) related with Brucellosis in Cattle were studied using omics approaches.
Benzer Tezler
- Renal AA amiloidoz hastalığının karşılaştırmalı idrar proteomik ve metabolomik analizi ve klinopatolojik özellikler ile korelasyonu
Comparative urine proteomics and metabolomic analysis of renal AA amyloidosis and correlation with clinopathologic scores
DENİZ ARAL ÖZBEK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
NefrolojiHacettepe Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜLENT ALTUN
- Türkiye'deki farklı hipersalin ortamlardaki virüs popülasyonlarının omik teknolojileri ile karakterizasyonu
Characterization of virus populations of different hypersaline environments in Turkey via omic technologies
ECE ŞENEL
Doktora
Türkçe
2022
BiyolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BURÇİN MUTLU
- Structural bioinformatics analysis of the candidate tumor suppressor protein CTCF
Aday tümör baskılayıcı protein CTCF'in yapısal biyoenformatik analizi
SİNEM DARWISH
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Biyoistatistikİstanbul Medipol ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KIVANÇ KÖK
- Meklofenamik asit ile FTO (fat-mass and obesity associated gene) proteini baskılanmasının prostat kanseri hücre proteomu üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of FTO (fat-mass and obesity associated gene) protein inhibition with meclophenamic acid on the prostate cancer cell proteome
BÜŞRA SAĞLAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiKocaeli ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLİN KANLI
- Molecular and bioinformatic identification of two sterol methyltransferases which are involved in plant sterol biosynthesis in olive (Olea europaea L.)
Bitki sterol biyosentezinde görev alan iki sterol metiltransferaz geninin moleküler ve biyoinformatik olarak zeytin (Olea europaea L.) genomunda tanımlanması
KÜBRA ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL MELİH TAŞKIN