Dynamics of hepatitis C NS5b polymerase protein studied with molecular dynamics and elastic network model
Hepatit C NS5b polimeraz proteininin dinamiklerinin moleküler dinamik ve elastik ağ modeli ile incelenmesi
- Tez No: 450428
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSTAFA TEKPINAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yüzüncü Yıl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Hepatitis C virüsü (HCV) dünya genelinde 170 ila 200 milyon insanı etkileyen küresel bir sağlık problemidir. HCV enfeksiyonlarını tedavi etmek için pek çok ilaç kullanılmasına karşın mevcut tedavilerin başarısızlığı literatürde defalarca bildirilmiştir. Virüslerin çoğalmasından viral polimerazlar önemli bir rol oynarlar. Bu nedenle, bu polimerazlar viral enfeksiyonları tedavi etmek için önemli tedavi hedefleri haline gelmiştir. HCV RNA'sına bağlı RNA polimeraz (gen ürünü NS5B), hepatit C virüsü yayılmasında temel teşkil eden moleküllerden biridir. NS5B polimerazdaki mutasyonlar HCV ilaç direncine yol açabilmektedir. NS5B polimeraz proteininin dinamiklerinin ve mutasyonların bu dinamiklere etkisinin anlaşılması bu nedenle oldukça önem taşır. Moleküler dinamik (MD) protein dinamiklerinin atomik ölçekte anlaşılması için kullanılan önemli bir hesaplamalı yöntemdir. Bu yöntemin yanısıra, elastik ağ yöntemi (ENM) de iri-taneli (amino asit) ölçekte protein dinamiği bilgisi sağlayabilir. Bu çalışmada HCV NS5B proteininin dinamiklerini anlamak için iki hesaplamalı yöntemi, MD ve ENM'i, kullandık. Yabani (PDB ID: 4aep) ve mutant (T385A) (PDB ID: 2xym) NS5B proteinleri MD ve ENM yöntemleri ile mutasyonların etkilerini incelemek üzere ele alındı. MD sonuçları, T385A mutasyonunun yerel protein salınımları üzerinde değişikliklere neden olduğunu göstermiştir. Elastik ağ modeli ile B-faktörleri ve çapraz korelasyonlar, normal modlar hesaplanmış ve bunlar MD sonuçları ile kıyaslanmıştır. MD ve ENM ile hesaplanan parametrelerin deneysel verilerin yanısıra birbirleri ile de uyumlu olduğu görülmüştür.
Özet (Çeviri)
Hepatitis C virus (HCV) is considered as a global health problem that causes chronic infection for about 170 to 200 million people worldwide. The viral polymerases play an important role for the virus. Therefore, these polymerases became important targets for therapies in order to treat viral infections. The HCV RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) (gene product NS5B) considered as one of the important molecules for viral reproduction. NS5B polymerase is an important drug target for HCV disease. Mutations in NS5B polymerase can lead to HCV drug resistance. Therefore, it is very important to understand dynamics of NS5B and influence of mutations on the dynamics. Molecular dynamics (MD) is an invaluable computational tool for understanding protein dynamics in atomistic detail. Elastic network models (ENM) can also provide a sufficiently accurate dynamics information at a coarse-grained level. In this study, we used two computational tools, namely MD and ENM, to understand dynamics of HCV NS5B protein. Wild type and a mutant of NS5B (T385A) was investigated by MD and ENM to study the effect of this mutation on NS5B dynamics. Molecular dynamics simulations were analyzed in terms of the Root Mean Square Distance (RMSD), Root Mean Square Fluctuations (RMSF), B-factors, Cross-Correlation and Principal Components Analyses. Moreover, B-factors and cross-correlations and normal modes were calculated using elastic network model as well. This study shows compatibilities and differences among experimental, MD and coarse-grained elastic network model results.
Benzer Tezler
- Microcantilever based lab-on-a-chip sensor for real-time mass, viscosity, density and coagulation measurements
Gerçek zamanlı kütle, özkütle, viskozite ve pıhtılaşma ölçümleri için mikroçubuk tabanlı mikroakışkan algılayıcılar
ONUR ÇAKMAK
Doktora
İngilizce
2015
Makine MühendisliğiKoç ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÜREY
- Türkiye'de HIV insidans ve prevalanslarının matematiksel modelleme ile tahmini
Determining HIV incidence and prevalence in Turkey with mathematical modeling
ZİKRİYE MELİSA ERDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE YAYLALI
- COVİD-19 ve IL28B gen polimorfizmi
COVİD-19 and il28B gene polymophism
ESRA ARAÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHADIR FEYZİOĞLU
- Cost-effectiveness analysis for hepatitis C treatments in persons who inject drugs in Turkey
Türkiye'de damariçi ilaç kullanan kişilerde hepatit C hastalığının tedavilerıne ilişkin maliyet-etkinlik analizi
ŞAHİNCAN ÜÇLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE YAYLALI