Antepfıstığında yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak ssr markörlerin geliştirilmesi ve referans genetik haritanın oluşturulması
Development of novel SSR markers by next generation sequencing and constructon of the first SSR linkage referance maps in Pistachio
- Tez No: 453424
- Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 204
Özet
Pistacia türleri için literatürde sınırlı sayıda SSR markörleri vardır. Bu nedenle, bu çalışmada yeni nesil sekanslama (NGS) yöntemi ile in silico olarak yeni polimorfik SSR markörler geliştirilmesi ve antepfıstığında ilk SSR tabanlı genetik bağlantı haritalarının oluşturulması amaçlanmıştır. Üç Pistacia vera L. çeşidinden (Siirt, Ohadi ve Bağyolu) ve bir monoik P. atlantica Desf (Pa-18) genotipinden yaklaşık 10x yoğunluğunda elde edilen Illumina sekanslarından polimorfik SSR lokusları elde edilmiştir. Toplam 750 polimorfik SSR lokusu dizayn edilmiş ve 79 adedi (%10.5) yapılan PCR reaksiyonlarında amplifiye olmamıştır. Geri kalan markörler altı P. atlantica genotipi ve 18 P. vera çeşidinde kapiler elektroforez ile polimorfizm bakımından test edilmiştir. Kopleks bant üreten 53 SSR lokusu çalışma kapsamından çıkarılmıştır. Skorlanabilir bant veren toplam 618 SSR primer çiftinden 625 SSR lokusu elde edilmiştir. Gerek bu çalışmadaki gerekse literatürdeki SSR'lar ile Siirt x Bağyolu F1 populasyonu kullanılarak antepfıstığında SSR tabanlı ilk genetik bağlantı haritasını oluşturmak için kullanılmıştır. Ebeveynler, birleştirilmiş ve referans genetik haritalar ayrı ayrı oluşturulmuştur. Birleştirilmiş haritada %70.9'u ortak markör olmak üzere 15 bağlantı grubunda toplam 385 adet markör yer almıştır. Bağlantı gruplarının uzunluğu 61.3 cM (LG8) ile 131.0 cM (LG12) arasında değişmiş ve toplamda 1,511.2 cM uzunluğunda genetik harita elde edilmiştir. Markörler arasındaki uzaklık 3.9 cM ve markör yoğunluğu ise 0.25 olarak hesaplanmıştır. Bu çalışmada geliştirilen yeni SSR markörleri ve oluşturulan genetik haritalar bundan sonra antepfıstığında yapılacak genetik haritalama ve genetik karakterizasyon gibi çalışmalar için referans olacaktır.
Özet (Çeviri)
There are a limited number of simple sequence repeat (SSR) markers in the literature for Pistacia species. Therefore, this study aims to develop novel polymorphic SSR markers in silico by next generation sequencing (NGS) and to construct the first SSR-based genetic linkage maps in pistachio. About 10x coverage of Illumina sequences were obtained from three Pistacia vera L. cultivars (Siirt, Ohadi and Bagyolu) and one monoecious P. atlantica Desf. genotype (Pa-18) to find polymorphic SSR loci in silico among them. A total of 750 polymorphic SSR loci were detected and 79 (10.5%) did not have amplification in SSR-PCR reactions. The remaining loci were tested for polymorphism by capillary electrophoresis in 18 pistachio cultivars in six P. atlantica genotypes. Fifty-three SSR loci produced complex patterns, and they were discarded. A total of 625 SSR loci were produced from 618 SSR primer pairs. The novel SSRs in this study as well as SSRs in the literature were used to construct the first SSR based genetic linkage map of pistachio using Siirt x Bağyolu F1 population. The parental, consensus and reference genetic maps were constructed. The consensus map included 385 SSR markers along with 15 chromosomes and 70.9% of them were common markers. The LG length changed between 61.3 cM (LG8) and 131.0 cM (LG12) with a total length of 1,511.2 cM. The avarage distance between the markers was 3.9 cM, and the marker density was 0.25. The novel SSR markers and constructed genetic linkage maps in this study will be reference for further genetic linkage mapping and genetic characterization studies in pistachio.
Benzer Tezler
- Development of SSR markers by next generation sequencing in pistacia, genetic linkage mapping and QTL analysis using an inter-specific F1 population
Yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak pistacia türlerinde SSR markörlerin geliştirilmesi ve türlerarası F1 populasyonu kullanılarak genetik haritalama ve QTL analizleri
ELMIRA ZIYA MOTALEBIPOUR
Doktora
İngilizce
2017
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Antepfıstığında (Pistacia vera L.) yeni nesil tekrar-sekanslama verilerinde biyoinformatik araçlarla mutasyonların tespiti ve meyve özellikleri ile bağlantılı lokusların ilişkili haritalama yöntemi ile belirlenmesi
Detection of mutations using bioinformatic tools in next generation re-sequencing data and determination of loci linked to nut traits by association mapping in pistachio
HARUN KARCI
Doktora
Türkçe
2022
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Şanlıurfa ili Antepfıstığı bahçelerinde karagözkurdu, Hylesinus vestitus (Mulsant & Rey, 1860) (Coleoptera: Scolytidae)'nun bulaşıklık oranı ile sürdürülebilir mücadelesinde kitlesel yakalama ve mekanik mücadele yöntemlerinin etkinliği
The efficiency of infestation rate of pistachio bark beetle Hylesinus vestitus (Mulsant & Rey, 1860) (Coleoptera: Scolytidae) in pistachio orchards in Şanlıurfa province and effectiveness of mass trapping and mechanical technique for its sustainable control
CEYHAN SÖNMEZ
- Ticari öneme sahip bazı sert kabuklu meyvelerin ın vitro protein sindirilebilirliklerinin ve kalın bağırsak mikrobiyotası üzerine etkilerinin belirlenmesi
Determination of the in vitro protein digestibility of some commercial hard fruits and their effects on the large boot microbiota
MERVE ŞAHİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Gıda MühendisliğiNecmettin Erbakan ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUNUS EMRE TUNÇİL
- Antepfıstığında fusarium spp. mücadelesinde bazı fungusitlerin in vitro etkinlikleri üzerine araştırmalar
Researchs in vitro effect of fungicides on fusarium spp. in pistachio
CEREN TANRIÖVER