Development of SSR markers by next generation sequencing in pistacia, genetic linkage mapping and QTL analysis using an inter-specific F1 population
Yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak pistacia türlerinde SSR markörlerin geliştirilmesi ve türlerarası F1 populasyonu kullanılarak genetik haritalama ve QTL analizleri
- Tez No: 463864
- Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 273
Özet
Antepfıstığı (Pistacia vera L.), dünya sert kabuklu meyve üretimi içerisinde önemli bir yere sahiptir. Pistacia cinsi Anacardiaceae familyasının bir üyesi olup içerisinde on birden fazla tür bulunmaktadır. Antepfıstığının genom yapısını belirlemek için yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak P. vera'nın Siirt çeşidinde yaklaşık 40 kat yoğunluklu sekanslama yapılmış ve genomun bütünüyle ilgili bilgiler ortaya çıkarılmıştır. Sekanslama sonucunda toplam 26.77 Gb sekans verilerinin birleştirilmesi ile 27.069 adet dizi N50 = 3.4 kb olacak şekilde elde edilmiştir. Bunlar içerisinden 59.280 SSR motifi elde edilmiş ve 8.67 kb'de bir SSR tekrar dizisine rastlanmıştır. Toplam 206 SSR lokusu Pistacia vera'ya ait 24 adet antepfıstığı çeşidi ve 20 yabani Pistacia genotipini karakterize etmek amacıyla kullanılmıştır. Genetik haritalama çalışması Siirt x Pa-18 (monoik atlantik sakızı) F1 populasyonu kullanılarak yapılmıştır. Gerek bu çalışmada gerekse önce yapılan çalışmalarda geliştirilen SSR markörleri kullanılarak toplamda 388 SSR markörü 15 genetik bağlantı grubunda haritalanmıştır. Harita uzunluğu 1.492 cM ve her bir bağlantı grubuna düşen ortalama markör sayısı 3.7 cM olarak hesaplanmıştır. F1 bitkileri 2015 ve 2016 yıllarında yaprak uzunluğu, yaprak genişliği, yaprakçık çifti sayısı, yaprak rengi ve bir yıllık sürgün rengi bakımından karakterize edilmişlerdir. Yapılan QTL analizleri sonucunda yaprak ve sürgün özellikleri ile bağlantılı 17 adet QTL belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Pistachio (Pistacia vera L.) is one of the most important nut crops in the world. There are about 11 wild species in the genus Pistacia. Genome survey sequences of pistachio was obtained at 40x depth by next generation sequencing to understand genome structure. The assembly of 26.77 Gb Illumina data produced 27,069 scaffolds in the P. vera cv. Siirt genome. A total of 59,280 SSR motifs were detected with a frequency of 8.67 kb. A total of 206 SSRs were used to characterize 24 pistachio cultivars and 20 wild Pistacia genotypes. The novel SSR loci developed from cultivated pistachio were highly transferable to wild Pistacia species. The SSR-based genetic linkage map was constructed using an inter-specific F1 population derived from P. vera L. 'Siirt' and monoecious Pistacia atlantica Desf. (Pa-18 genotype). A total of 388 SSR markers were mapped. The length of consensus map was 1,492 cM along with 15 linkage groups with an average marker distance of 3.7 cM. Sex-linked markers in the literature were also mapped with the SSR markers in LG1. Phenotypic data were collected during 2015 and 2016 growing season for five traits: leaf length (LL), leaf width (LW), number of leaflet (NLF), young shoot color (YSC), and leaf color (LC). QTL analysis were performed for the five traits using the the 'Siirt' and 'Pa-18' SSR-based genetic maps and 17 QTLs were identified. The novel SSR markers, linkage maps, and QTLs reported in this study will be useful resources for future genetic linkage maps and QTL analysis, and for identification of important genes in Pistacia as well as genome sequencing projects.
Benzer Tezler
- Antepfıstığında yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak ssr markörlerin geliştirilmesi ve referans genetik haritanın oluşturulması
Development of novel SSR markers by next generation sequencing and constructon of the first SSR linkage referance maps in Pistachio
MORTAZA KHODAEIAMINJAN
Doktora
Türkçe
2017
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Susamda Yeni Nesil Dizileme Verileri Kullanılarak Indel Markerlerin Geliştirilmesi
Development Of Indel Markers Wıth The Use Of Next Generatıon Sequencıng Data In Sesame
SİBEL UZUNOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENGİN YOL
- Mersin bitkisinde (Myrtus communis L.) yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak transkriptom analizi ve SSR markırlarının geliştirilmesi
Transcryptom analysis and development of ssr marks by using new generation listening technology in Mersin plant (Myrtus communis L.)
ÖZLEM ŞİMŞEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YILDIZ AKA KAÇAR
- Kabakta (Cucurbita pepo L.) yeni SSR ve SNP markörlerinin geliştirilmesi ve fonksiyonel anotasyonu
Development and functional annotation of novel SSR and SNP markers in pumpkin (Cucurbita pepo L.)
ŞERİFE EYLÜL DUMAN
Doktora
Türkçe
2019
BiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBiyomühendislik ve Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET KAYRALDIZ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ TEVFİK UNCU
- Bazı aspir genotip ve melezlerinin karakterizasyonu ve ileri kademe ıslah materyallerinin oluşturulması
Characterization of some safflower genotypes and their hybrids, and development of advanced breeding lines
EMRULLAH CULPAN
Doktora
Türkçe
2021
ZiraatTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BURHAN ARSLAN