FoxP2 gen ve proteininin biyoinformatik analizi
Bioinformatic analysis of FoxP2 gene and protein
- Tez No: 455631
- Danışmanlar: PROF. DR. CEMAL ÜN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 73
Özet
FoxP2 beyin, kalp ve akciğer gibi birçok organın embriyonik gelişimi sırasında üretilen ve embriyogenez ile ilişki çeşitli genlerin regülasyonunu kontrol eden önemli bir transkripsiyon faktörüdür. Bu proteini kodlayan FOXP2 geni ilk defa konuşma bozukluğu olan bir ailede, 7q31. kromozom lokasyonunda saptanan bir mutasyon ile keşfedilmiş olup, konuşma ve dil ile ilgili saptanan ilk gendir. FoxP2 proteininin bir glikoprotein olduğu ve glikozilasyon geçirdiği bilinmektedir. Glikozilasyon hücrede proteinlere şeker birimleri (glikan) eklenmesi olayı olup, N- bağlı ve O- bağlı glikozilasyon olmak üzere temelde iki tipi mevcuttur. Bu çalışmanın amacı farklı organizmaların FoxP2 geninde türe spesifik kodon farklılıklarını ve FoxP2 protein yapısındaki N- ve O- glikozilasyonprofillerini belirlemektir. Bunu gerçekleştirmek için 13 farklı organizma türünün, her bir türden ikişer birey olacakşekilde toplamda 26 FoxP2 gen ve 26 FoxP2 protein dizisi biyoinformatik açıdan karşılaştırılarak, kodon farklılıkları ve glikozilasyon profilleri analiz edilmiştir. Analiz sonucunda çalışmaya dahil edilen türlerin evrimsel akrabalıkları ile ilişkili olarak türe spesifik kodon farklılıkları ve korunmuş benzer glikozilasyon motiflerinin bulunduğu belirlenmiştir. 13 türden 26 organizmanın FoxP2 gen dizilerine dayanılarak oluşturulmuş olan filogenetik ağaç ile birlikte elde edilen bu bilgiler yorumlanmış, FoxP2 gen ve proteininin moleküler evrimine daha derin bir bakış açısı kazandırılması hedeflenmiştir.
Özet (Çeviri)
FoxP2 is an important transcription factor produced during the embriyonic development of many organs such as brain, heart, lung; and controls the regulation of various genes related to embryogenesis. The FOXP2 gene coding this protein was first identified in a family sufferingfrom speech impairment after discovering the mutation at 7q31 chromosomal location. It is the first gene detected related with speech and language. It is known that FoxP2 is a glycoprotein and undergones glycosylation.Glycosylation is the attachment of sugar subunits (glycans) into proteins. It basically has two types: N- linked and O- linked glycosylations. The aim of this study is detection of species specific codon differences in different organisms FoxP2 gene sequences and N-and O- glycosylation profiles in FoxP2 protein structures in different organisms. For this reason, two individuals from each of 13 different species were selected and 26 FoxP2 gene sequences and 26 FoxP2 protein sequences were compared. Then, codon differences and glycosylation profiles were analyzedbioinformatically. The results revealed species specific codon differences and similar conserved glycosylation motifs in parallel to their evolutionary relations among the samples analysed.The information obtained from the phylogenetic tree reconstructed based on FoxP2 gene sequences from 26 organisms was interpreted with care aiming at bringing a deeper perspective to the molecular evolution of FoxP2 gene and protein.
Benzer Tezler
- Multiplex-PCR based screening and computational modeling of virulence factors and T cell mediated immunity in Helicobacter pylori infections for accurate clinical diagnosis
Helicobacter pylori enfeksiyonlarının doğru klinik tanısı için virülans faktörleri ile T hücreye bağımlı bağışıklığın çoklu-PZT ile taranması ve biyoinformatik modellemesi
SİNEM ÖKTEM OKULLU
Doktora
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
PROF. DR. ZÜHTÜ TANIL KOCAGÖZ
- Meme kanserinde FOXP1' in PI3K/akt sinyal yolağı tarafından düzenlenmesi
The regulation of FOXP1 by the PI3K/Akt signaling pathway in breast cancer
SEVİL OSKAY
Doktora
Türkçe
2012
Moleküler TıpHacettepe ÜniversitesiTemel Onkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. LALE DOĞAN
- Transcriptional regulation of IL-7R alpha gene in T lymphocytes
IL-7R alfa geninin T lenfositlerde transkripsiyonel düzenlenmesi
İZZET MEHMET AKÇAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyolojiSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BATU ERMAN
- Otizmde kalıtsal mirna'ların hedef gen profillerinin ve ilişkili yolaklarının araştırılması
Investigation of the target gene profiles and their related pathways of inherited mirnas in autism
NESLİHAN BAŞGÖZ
- Functional interactions between Helicobacter-activated B(HACT-B) cells and CD4+ T cells
Helicobacter-aktive B(HAKT-B) hücrelerinin CD4+ T hücreleri ile fonksiyonel etkileşimleri
GÜLİZ TUBA BARUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN