Narrow escape time in biology
Molekülün reseptöre ilk kez gelme anının hesaplanması
- Tez No: 459424
- Danışmanlar: PROF. OSMAN TEOMAN TURGUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Fizik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Biyolojik sistemlerde hücre içi molekül geçişlerinin modellenmesindeki temel sorunların başında hücre içinin heterojen yapıda olmasıdır ki bu durum hücre içinin daha değişken bir yapıda olmasına neden olmaktadır. Diğer bir parametre ise molekül kimyasal olarak aktif bir reseptöre ulaşmaya çalışır ki bu durumda da reseptör molekülü emen bir yüzey olarak işlev görür. Bu süreç içerisinde hücre içindeki diğer organeller aktif bariyer olarak düşünülebilir. Bunlar oldukça karmaşık problemlerdir. Tüm bu parametreleri hesaba kattığımızda bunların çözümü için kullanacağımız en güvenilir yol stochastic modeller geliştirmektir. Sürekli random olarak gelişen süreçlerde, kimyasal moleküllerin hücre içi geçişlerinin modellenmesinde genel olarak Brownian hareketi kullanılır. Bazı özel durumlarda, kimyasal moleküller hücre yüzeyi üzerinde iki boyutlu Brownian hareketi yapmaktadır. Bu nedenle biyolojik süreçlerin takibinde moleküllerin ilk geçiş ya da varış anının hesaplanması temel mekanizmadır. Bu durum stochastic süreçlerin iki boyutlu yüzeyler üzerinde çalışılmasını gerektirmektedir. Bu iki boyutlu yüzeyler topolojik olarak üzerinde küçük diskler barındıran daire olarak düşünülebilir. Bu küçük disk yüzeyler emici yüzeyler yani reseptörler olarak işlev görür. Bazı çalışmalar göstermiştir ki hesaplanan ilk geçiş anı diske benzeyen alanların boyutlarının logaritmik değişimi ile büyümektedir. Bazı durumlarda hücrenin hareketi düşünüldüğünde zaman oldukça uzun olabiliyor. Dinamik modeller için ki burada yüzey yavaşça dalgalanmaktadır molekülümüz yüzey üzerinde Brownian hareketi yapmaktadır ve burada biz daha değişken bir metric kullanabiliriz. Metric değişimi oldukça yavaş olduğundan adiabatic yaklaşımı kullanarak biz bu çalışmamızda dinamik modellerde ilk geçiş anını hesapladık.
Özet (Çeviri)
In biological systems, the main challenges in modeling transport processes can be summarized as being inside a heterogeneous medium, which is a fluctuating environment, and striving to reach to a chemically active receptor, which acts like an absorbing boundary while the other organelles of the interior of a living cell acting like active obstacles. These are very complex problems in general. The only viable approach known is to develop some stochastic models to take into account these aspects. A continuous random process, mostly Brownian motion, is commonly used to model the motion of chemicals in the intracellular transport. In certain cases, these chemicals display Brownian motion on the 2D surface of the cell. Therefore, the first passage time of such chemicals is the main determining mechanism for triggering critical biological processes.This requires studying a stochastic process on a two-dimensional surface which is topologically a sphere with small disks on them. These small disk like regions represent absorbing boundaries corresponding to the receptors. Some studies show that the calculated first passage times for such environments grow with the logarithm of the size of the disk like regions. In some cases, this time scale can be very long compared to the motion of the cell in its environment. For the dynamical model where the surface is fluctuating slowly as the particle executes Brownian motion on this surface, we can make use of a stochastic process with a variable background metric. Since the variations of the metric are slow we may use an adiabatic approximation. We analyze the variation of first passage times within this dynamical model.
Benzer Tezler
- Ege bölgesi keçi liflerinin bazı önemli fiziksel, kimyasal özellikleri ve değerlendirme imkanları
Başlık çevirisi yok
NİLÜFER ERDEM
Doktora
Türkçe
1985
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLSEREN YAZICIOĞLU
- 1,3-difenil-4,5-bis(hidroksiimino)-imidazolidin ve Ni(II), Cu(II), Pd(II), UO2(VI) komplekslerinin sentezi
Başlık çevirisi yok
VEFA AHSEN
Doktora
Türkçe
1984
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZER BEKAROĞLU
- Le Refus du reel dans la porte etroite d'Andre Gide
Başlık çevirisi yok
M.SERDAR ÜNAL
Yüksek Lisans
Fransızca
1986
Fransız Dili ve EdebiyatıCumhuriyet ÜniversitesiBatı Dilleri ve Edebiyatları Ana Bilim Dalı
- Çizgisel kaynaktan ışıyan elektromağnetik dalgaların mükemmel iletken silindir takkesinden optik gibi saçılması
Başlık çevirisi yok
ADNAN GÖRÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Makine MühendisliğiUludağ ÜniversitesiElektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. H. ERGUN BAYRAKÇI
- Beton basınç dayanımının hızlandırılmış deneyle saptanması
Başlık çevirisi yok
ALİ TÜREN ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
İnşaat MühendisliğiKaradeniz Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERBİL ÖZTEKİN