Genome-wide microRNA identification in drought tolerant wild emmer wheat: Assesment of antimicrobial activity of surface active antimic agent on raw fruit and vegetable packaging
Kuraklığa dirençli yabani buğday genomunda mikroRNA tesbiti: Yüzey aktif antimikrobiyal antimic ürününün yaş meyve ve sebze paketlemede etkinliğinin değerlendirilmesi
- Tez No: 461044
- Danışmanlar: PROF. DR. HİKMET BUDAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Mikrobiyoloji, Genetics, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 165
Özet
Ekmeklik buğdayın A ve B genomları atası olan yabani emmer buğdayı (Triticum turgidum spp. dicoccoides) biyotik ve abiyotik stres yanıtında görev alan pek çok genin kaynağıdır. Emmer buğdayı genomu, senelerdir süregelen kültürleme ve seçilim uygulamalarının sonucu olarak stres-direnci genlerini kaybetmiş olan ekmeklik buğdayına yönelik geliştirme çalışmaları için zengin bir kaynak niteliğindedir. Bu nedenle tetraploid emmer buğdayının stres metabolizması ve bu metabolizmada görev alan elemanların anlaşılması büyük önem arz etmektedir. Küçük ve protein kodlamayan RNA türlerinden olan mikroRNA'lar hücre metabolizmasında post-transkripsiyonel regülasyonda görev alır ve birçok önemli yolağı kontrol ederler. Buğdayda mikroRNA aracılı kuraklık yanıtı ile ilgili çalışmalar mikroRNA'ya dayalı ekin geliştirme stratejileri için umut verici sonuçlar ortaya çıkarmıştır. Mevcut çalışmada kuraklığa dayanıklı tetraploid Zavitan emmer buğdayına ait 10.8 Gb boyutundaki genom sekansı kullanılarak potansiyel mikroRNA, tRNA ve genomic mikroRNA benzeri tekrar sekansları bulunmuştur. Prekürsör mikroRNA sekanslarının ekspresyonu, hexaploid ve tetraploid buğdaya ait ekspresyon verilerinden derlenerek hazırlanan ekspresyon veritabanında gösterilerek bilgisayar tabanlı olarak kanıtlanmıştır. Rastgele seçilen olgun mikroRNA'ların ekpresyonları RT-qPCR yöntemi ile deneysel olarak kanıtlanmıştır. Bu mikroRNAların kuraklık stresinde, farklı stres süreleri ve farklı dokulara göre değişen anlatım profilleri şok-kuraklık stresi uygulanan bitkilerin kök ve yaprak dokularında incelenmiştir. Bu çalışma, yabani emmer buğdayı genomuna ait mikroRNA repertuvarının tesbitinin yanı sıra doku ve stres süresi bazlı değişen mikroRNA profillerini tanımlayarak ileride yapılacak kuraklığa dayanıklı ekin geliştirme çalışmaları için önemli bir kaynak oluşturmuştur
Özet (Çeviri)
As the progenitor of A and B genomes of hexaploid bread wheat, wild emmer wheat (Triticum turgidum spp. dicoccoides) is the source of genes that are involved in several biotic and abiotic stress responses. It constitutes a rich genetic resource for the improvement of common wheat which has lost its stress resistance traits as a trade-off to high yield and quality due to years of cultivation and selection practices. Thus, untangling the genetic elements involved in the stress-response metabolism in the wild progenitors and exploitation of this genetic diversity holds great importance. microRNAs (miRNA) are small non-coding RNAs which post-transcriptionally regulate many vital cell metabolism pathways in plants across diverse tissues and stress conditions. miRNA mediated drought response of wheat have been investigated in a number of studies and the miRNA over-expression studies of other cereal species are giving promising results towards the development of drought tolerant crops. In this study, we utilized the 10.8 Gb whole genome shot-gun assembly of Zavitan, a highly drought tolerant wild emmer wheat accession to computationally identify its putative miRNAs, repeat-related fold-back structures (TE-miRs) and tRNAs. After constructing a wheat expression database, we have searched the identified miRNA precursors in it for the in silico expression evidence. Furthermore, expression of randomly selected mature miRNAs was demonstrated with RT-qPCR. To further investigate the involvement of these miRNAs in drought metabolism, we comparatively screened their stress induced expression profiles in root and leaf tissues across two different shock drought stress durations. In addition to exploring the miRNA repertoire of the wild emmer wheat, our results have delineated spatio-temporally changing drought-responsive miRNA profiles, bringing forth new miRNA gene candidates for future crop improvement studies.
Benzer Tezler
- LEA (Late embryogenesis abundant) genlerinin salatalık (Cucumis sativus L.) genomunda belirlenmesi, biyoinformatik analizleri ve kuraklık stresi altında gen ifade profillerinin çıkarılması
Identification, bioinformatics analysis of LEA (Late embryogenesis abundant) genes in cucumber genome and analysis of gene expression profiles under drought stress condition
PINAR BALOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
GenetikKastamonu ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
- Plant noncoding RNAS and comparative analysis of insect tolerance loci
Bitkilerde kodlanmayan RNA ve böcek toleransı lokuslarının karşılaştırmalı analizi
TUĞDEM MUSLU
Doktora
İngilizce
2021
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERAL YÜCE
- Kangal akkaraman kuzularında büyümeye bağlı mikroRNA'ların tanımlanması
Identification of growth related microRNAs in kangal akkaraman lambs
GONCA SÖNMEZ
Doktora
Türkçe
2021
GenetikSelçuk ÜniversitesiZootekni (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEREF İNAL
- Domates (Solanum lycopersicum) bitkisinde kuraklık stresi ile ilişkili mikrorna'ların analizleri
Analyses of microRNAs related to drought stress in tomato (Solanum lycopersicum) plants
BİLGİN CANDAR ÇAKIR
Doktora
Türkçe
2017
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN ARICAN
DOÇ. DR. BAOHONG ZHANG
- Menengiomalarda mirna-21, mirna107, mirna137 ve mirna-29b ekspresyonu
Menengi̇omalarda mirna-21, mirna107, mirna137 ve mirna-29b ekspresyonu
SALİM KATAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
NöroşirürjiSağlık BakanlığıBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ADEM YILMAZ